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（1）外口：根据外口的形态和位置，可以初步判断瘘管的走向。
①外口形态：外口平坦，肉芽不高出皮肤，瘘管多单纯浅表；外口组织增生，肉芽突起，多为形成肛瘘时间已较长；外口较大，平塌凹陷，边缘不整齐且在皮下潜行，周围皮肤灰暗，可能为结核性肛瘘。
肛门直肠周围的解剖结构
②外口位置：根据肛门直肠周围的解剖结构和肛腺理论的感染扩展途径，肛瘘外口位置与瘘管走行、内口位置之间的关系有一定规律性。
③外口分泌物：分泌物多而稠厚，表示急性炎症期或活动期；脓液混有鲜血或呈淡红色，多为脓肿溃破不久；脓液清稀或呈米泔水样，可能为结核杆菌感染；脓液色黄而奇臭，多为大肠杆菌感染；脓液带绿色，多为绿脓杆菌感染；若脓液呈透明胶冻样或呈咖啡色血性黏液并有特殊恶臭，应考虑恶变可能。
（2）皮肤色泽：肛瘘周围皮肤有色素沉着，较正常肛门皮肤颜色暗，且皮纹增粗。
（3）肛外触诊：了解有无条索状硬结及其行经方向、位置深浅及范围。轻按可触到明显条索状管壁，表明瘘管较浅；重按隐约或未能触及条索状管壁，表示瘘管较深。
（4）直肠指诊：根据瘘管的走向，如在肛窦附近触及隆起或凹陷性硬结，此可能为内口的位置。为了判断瘘管与肛门直肠环的关系，有时需配合探针检查。肛内指诊若有触痛，可能局部伴有急性炎症。直肠指诊还可以了解以往手术导致的肛门缺损及肛门括约肌功能。