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除“癃闭”只用两个穴位之外，其他疾病处方用穴都在八个以上。所选穴位包括主穴和备用穴两大部分，其中主穴5～8个，备用穴4～9个。主穴针对主病或主证，而备用穴用于随症加减，主穴推拿次数多，备用穴推拿次数少。
运用五脏间生理上的相助或相制的五行生克关系加以配伍。五行相生配伍有补肾水以养肝木，升肝木以助心阳，益心阳以温脾土，健脾土以充肺金，降肺金以滋肾水。五行相克配伍有疏肝木以制脾土壅塞，温脾土以制肾水泛滥，滋肾水以制心火亢旺，清心火以制肺金不降，肃肺金以制肝阳上亢。
运用推拿补虚泻实，调整脏腑营卫，最终要达到“阴平阳秘”的目的。因此，临证处方用穴要表里阴阳相互配合，表现在分手阴阳时阳池与阴池操作力度轻重及时间长短上，也表现在推三关和退六腑何者多推何者少推上。
小儿推拿特定穴与脏腑经络具有相关性，虽然有些特定穴在部位上和《黄帝内经》的十二经不完全相同，但小儿推拿特定穴是借由经络的作用来调整生理机能，这一结论是可以肯定的。小儿推拿特定穴与经穴配合，兼顾舒适性和准确性，起到取长补短的效果。
借助解剖学、生理学相关理论指导临床配穴，不仅可以有效缓解局部症状，还有利于整体调整作用的发挥，达到事半功倍的效果，这也是孙重三流派的一大特色。例如，在治疗尿闭时，用推箕门、按揉膀胱点；在治疗脱肛的时候，用揉龟尾、推上七节骨；在治疗便秘的时候用拿肚角、推下七节骨、四步摩腹。处方配穴都很好地结合了现代解剖学理论。张素芳教授在此基础上加以发挥，运用揉按天突治疗咽炎，揉扁桃体体表投影区治疗扁桃体肿大等，都是对本流派治疗方法的发展。