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周师认为，慢性肾脏病的病因病机，先天主因肾虚，而后天则与五脏相关。各种原发性肾脏病与肾关系最为密切，而继发性肾脏病则多因他脏及肾。
周师指出，肺失宣肃，通调水道功能失职，必累及肾，导致少尿、水肿；而肾阳不足，关门不利，则水泛为肿，甚至上为喘呼，咳逆倚息而不得卧。正如《素问·水热穴论》所云“其本在肾，其末在肺，皆积水也”。此时应“开鬼门”，“腰以上肿者当发汗乃愈”，常采用麻黄连翘赤小豆汤、越婢汤、越婢加术汤、防己黄芪汤等以宣肺解表发汗为主，佐以利水消肿。
若水肿日久，必损伤脾肾，易致外邪犯肾，导致正虚邪实证，病情迁延。正如《灵枢·经脉》所说“足少阴之脉，其直者从肾上贯于肝膈，入肺中，循喉咙，夹舌本”，咽喉不仅为肺之门户，也是外邪循经伤肾之门户。外邪犯肾，又可发为“风水”“肾风”，出现水肿、蛋白尿、血尿等。故临床常见肾病患者因咽喉部炎症发作而加重血尿，这与慢性肾脏病急性发作的症状类似。正如《诸病源候论》云“风邪入于少阴则尿血”。肺肾气虚者，肺虚卫外不固，易反复外感，邪犯肺卫，搏结咽喉，下扰及肾，肺失宣肃，通调失司，导致肾病反复发作。故周师认为，肺肾相关，从肺论治，可阻断和缓解疾病发展。
同时，她常强调明辨标本主次的重要性。若正虚邪实状态下，外邪较甚者，以标实为急，本虚为辅。如风热犯肺证，可用银翘散加减；风寒犯肺证，可用麻杏石甘汤加减；风湿袭肺者，可用防己黄芪汤加减；湿热蕴结证，常用麻黄连翘赤小豆汤加减。待标实减轻而呈虚实夹杂证时，多在治本基础上加用连翘、黄芩、蒲公英等品。对于因“风咳”而致发作性咽痒作咳和（或）皮肤瘙痒者，多加用炒僵蚕、蝉蜕、徐长卿、白鲜皮、地肤子等品，以祛风止咳、止痒。对于因“肺失宣降”而致慢性咳嗽者，常仿国家级名老中医杨少山先生之经验，加用止嗽散；肺阴不足或阴虚肺热者，常仿杨师之经验，选用千金苇茎汤合（或）沙参麦冬汤加减。
中医学认为，肝藏血，肾藏精，肝血与肾精相互滋生转化，即所谓“精血相生”；肝阴和肾阴息息相通，称之为“肝肾同源”；两者皆由水谷精微所化，相互资生，休戚相关。若肝血不足，可导致肾阴不足，可见肝肾阴虚证。故周师多在补益肾阴的同时，不忘滋养肝阴，以滋水涵木，使肝阳不亢，可防肝阴亏损日久，续损真阴。
同时，周师常告知学生，水肿的治疗需时刻注意疏肝理气。她认为，在水肿的发生、发展过程中，需重视水、气、血三者的关系。气行则水行，气滞则水停；“血不利则为水”，“经水前断后病水，名曰血分”，“先病水后经水断，名曰水分”等论述，提示我们血能病水，水能病血。同时她认为，水与血的关系，实则是反映了肝与水液代谢的关系。若肝气条达而无气滞，则不易产生瘀血；若肝失疏泄而气机不畅，气滞血瘀，则可形成水肿。
另外，周师指出，各种原因导致的慢性肾脏病，不论虚实，勿忘从“肝”论治。她常言，临床上肝肾同病者屡见不鲜。如乙肝相关性肾炎患者，在治疗过程中运用某些免疫抑制剂、雷公藤制剂、激素后，可出现肝功能损伤；慢性肾炎合并慢性胆囊炎、脂肪肝发作时，出现肝功能异常等情况。详审脉症后，多可发现其中医辨证存在“肝郁血虚”或“肝郁气滞”的表现。周师强调，在上述情况下，可考虑从肝论治。
肾为水火之宅。肾水不足，不能上济于心，则心火偏亢；而相火禀命于心火，正如《医门棒喝·六气阴阳论》所言“人之心火，名为君火，而其运用施为、生化气血者，相火之功也”，故心火亢盛则相火妄动，水火失济，临床表现多见心烦不寐、心悸不安、眩晕耳鸣、健忘、五心烦热、口干咽燥、腰膝酸软、遗精带下、舌质干红、脉细数等表现。
周师临证常采用大补阴丸加味以“泻南补北”，调节机体水、火之平衡。她认为此时应少用熟地黄、阿胶等大补滋腻之品，应补而不滋，滋而不腻。即使需要使用补益重剂，也宜轻投，从而以平稳和缓之法顾护肾水。
周师临床治疗慢性肾脏病，多从脾、肾论治，认为这是“常法”；然针对变证，则需采用“变法”，起到提高疗效之作用。
现代医学已证实，感染源系引起免疫复合物性肾炎最为常见的外源性抗原。多项临床研究发现，约60％～70％的急性肾炎患者的发病与上呼吸道感染相关。咽喉部的红、肿、热、痛是导致慢性肾脏病反复发作和蛋白尿、血尿增多及肾功能损害加重的重要因素之一。故周师临证反复强调，治疗肾脏病应善于“抓咽喉”，望诊时需注意观察患者咽喉，因为咽喉为肾经循行的重要部位。在治疗上，周师多主张先以祛邪为主，兼顾扶正；待外邪减少后，予扶正祛邪兼顾法。
如前所述，肝肾之间在生理和病理上均有明显相关性，肝肾疾病可同时并存。周师强调，若单治肾，常疗效不显。她主张扶正、祛邪兼顾。故临床上对湿热余邪未净、肝郁脾虚兼血瘀证患者，她常以清利湿热、疏肝健脾、活血化瘀之法治疗，自拟“清利保肝方”（详见“第四章之经验方”）。
周师曾治一徐氏女性，患者经肾活检后，确诊为乙肝后肝硬化相关性肾损害。前医以治肾常法治之，而反致肾功能减退。周师予前方加减化裁，治疗十余年，患者的血肌酐处于正常范围内，肾小球滤过率在70～90mL/min。