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新中国成立以来，特别是近年来，国家投入到中医药学科研、医疗、教学的经费在不断增长，但中医药学的发展与投入不成正比，一个重要原因是忽视了“现代中医基础医学体系”的建设。没有现代中医基础医学，就不可能有现代中药学、现代中医临床医学，显然就不会有中医现代化。因此，“现代中医基础医学”是中医现代化的基石。
传统中医学的基础医学是以《黄帝内经》为代表的医学体系，建立了从自然界的天、地、四时变化规律，探讨人体生理、病理的人体观和方法论。这是中医学历经数千年，仍在今天对人们的防病治病、健康保健发挥重要作用的根本原因，是中医学现代化必须尊重、坚持的重要内容。
任何一门学科都要与时俱进，都要尽可能地利用当代适用的理念、技术方法为学科发展所用。这是今天中医学所面临的重要课题，也是中医学发展不可逾越的一个关键节点。
要突破此节点，首先要建立和完善现代中医基础医学。生理学是西医学的基础学科，在此基础上，发展出了药理学、免疫学、人体生物化学等一系列基础学科。众所周知，基础医学是临床医学基础，没有基础医学，何谈临床医学？
建立现代中医基础医学，是建立、发展现代中医学首先要开展的工作。现代中医基础医学建立的标志，便是现代中医生理学的诞生。其任务是在遵从《黄帝内经》认识论、方法论的基础上，引入现代科学技术方法，研制出适用于中医学基础研究的仪器设备，构建现代研究平台，开展实验研究。与西医学不同的是，现代中医基础医学，将以人为主要研究对象、以中医脉象仪为主要研究手段。
“学医功夫，须先明人身之生理，生理既明，而养生之理寓其中矣；养生之理既明，而治病之理寓其中矣。”这是百余年前，张锡纯先生对于生理重要性的论述。由此可见，张先生对于“衷中参西”的路径已经有了非常清晰的认识，其眼界甚至超出了某些现代的学者和管理者。
现代中医基础医学体系是指在尊重传统中医学理法的基础上，引入适用的现代科学技术方法，打造属于中医学的实验仪器——中医脉象仪，构建中医学的实验体系，逐步形成现代中医生理学、现代中医药理学等系列学科。由此可见，现代中医基础医学体系是传统中医学发展为现代中医学不可逾越的重要节点。
中华人民共和国成立以来，一方面，国家投入了大量的人力、物力发展中医药事业，并于2017年7月1日开始实施《中华人民共和国中医药法》。另一方面则是中医现代发展一直未能取得突破性进展，不能满足人们的需求，产出不能与国家的投入成正比。其中一个重要原因就是未按科学规律办事。
中国中医科学院是中国最高等级的中医药科学研究机构，下设二十余个研究所，其中包括临床医学研究所、临床基础医学研究所，却唯独没有“中医基础医学研究所”。这个现象凸显的是管理层对于“现代中医基础医学”重要性的忽视，也是多年来，“中医学现代化”举步维艰，困难重重，没有突破性进展的根本原因所在。