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“肝藏魂”是中医藏象理论的重要内容之一。《灵枢·本神》曰：“肝藏血，血舍魂……”肝具有贮藏血液和调节血量的生理功能，肝的藏血功能正常则魂有所舍。王冰注曰“人静则血归于肝脏”。在安静时，血归于肝，则魂易得血养而不妄动。魂以阴血为舍养，其性属阳。血与魂的关系，从阴阳属性来说，阴阳互根互用，相互依存，各以对方的存在为自己存在的前提。正如《素问·阴阳应象大论》所云：“阴在内，阳之守也；阳在外，阴之使也。”从人体来说，阳气所代表的功能产生，必须依附于阴所代表的精血等物质为基础。所以，“肝藏魂”是以阴血作为物质中介而发生的。
关于“魂”，《黄帝内经》（以下简称《内经》）中“魂”的概念，一说“魂”为神之别灵，一说“魂”为知觉之属。《灵枢·本神》云“随神往来者谓之魂”。《灵枢·天年》云：“血气已和，营卫已通，五脏已成，神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”魂是人生命活动的重要组成。《内经》认为魂由肝血所藏，随神往来，与人的睡眠、梦境有关。如《素问·六节藏象论》中记载“肝者，罢极之本，魂之居也”，肝是魂的居所，即魂居肝中。《灵枢·本神》说：“肝藏血，血舍魂……”魂不仅居肝中，还需要肝血的濡养，只有肝血充足才能随神往来。若魂失养则表现为思维呆滞反应迟钝，且伴有头晕目涩。《灵枢·淫邪发梦》说：“与营卫俱行，而与魂魄飞扬，使人卧不得安而喜梦。”《内经》认为人的睡眠与营卫的运行有关，只有卫阳营阴协调，人方得寐。若魂魄飞扬，则人睡不安、卧不稳，且易产生梦境。由此分析可知，魂参与人的睡眠及梦境。
杨上善注：“魂者，神之别灵也。”汪昂注：“魂属阳，肝藏魂，人之知觉属焉。”汪昂认为《内经》所言之“魂”与离开形体而独立存在的“魂”不同，它是依附形体而存，由肝脏所藏，是属于人的知觉系统。而张景岳在《类经》中进一步发挥：“精对神而言，则神为阳而精为阴；魄对魂而言，则魂为阳而魄为阴。故魂则随神而往来，魄则并精而出入。”阐释了神与精以及魂与魄相对的阴阳关系，并指出魂的安定与否和心神的是否清明有着密切的关系。南怀瑾言，“魂”字左边的“云”字，就是象征云气的简写。一个人的精神清明，如云气蒸蒸上升，便是“魂”的象征。在白天的活动，它就是精神，在睡梦中的变相活动，它便是灵魂。
1.魂是阳神，主外，主动 古人想象人的精神能离开形体而存在，如《易经》认为精气为物，游魂为变中。在中医阴阳学说，魂阳而魄阴，如《说文解字》：“魂，阳气也。魄，阴神也。”据魂属阳的这种特性所以将之归入肝，如《五行大义·卷三》云：“肝藏魂者，魂以运动为名，肝是少阳，阳性运动……阳中魂。”魂乃阳气所化，如《礼记·郊特牲》中记载：“魂气归乎天，故气之清者曰神，即阳魂也。魂者，生气之源。又云，魂者，生气之精，心之精爽是谓魂魄。”魂表现在病理上为幻觉与梦境，如《类经》说：“魂之为言，如梦寐恍惚、变幻游行之境，皆是也。”《白虎通义·性情》云：“魂魄者，何谓也？魂犹伍云也，行不休于外也，主于情……魂者，芸也，情以除秽。”魂主外，主运动，运行不休，白天营运周身，夜晚归藏于肝。若夜晚魂游于外，则易产生梦境。
2.魂是精神活动的核心 魂是一切万物精神活动的代表，表现在人以外的事物如花魂、鸟魂，而在人则表现为重要的精神活动。如《韩非子·解老第二十》曰：“凡所谓祟者，魂魄去而精神乱，精神乱则无德。”《国越绝书·外传枕》亦说：“寡人闻人失其魂魄者，死；得其魂魄者，生。”《抱朴子》云：“人无贤愚，皆知己身有魂魄，魂魄分去则人病，尽去则人死。”可谓魂是人生命活动中的核心物质。
3.魂与五脏精血有关 魂是阳气所化，主外，主动，津能载气，津血同源，故魂依赖精血的滋养才能运行不休，精血充沛则魂强。如《左传·昭公七年》记载：“阳曰魂，用物精多，则魂魄强。”
1.体现人的生命活动 人的生命活动既包括生理活动又包括精神活动，肝藏魂是神主宰生命活动的重要基础。神魂被认为是有关生死存亡的一种物质，若人的生命即将衰竭，意味着人的神魂亦即将离别。如《文白对照诸子文粹》云：“庶人中：死，魂魄去亡。”《难经·十四难》云：“再呼一至，再吸至，名曰无魂，无魂者当死也，人虽能行，名曰行尸。”魂是神的一种，神主导着人的生命活动，所以无魂脉的人就如同只有形体而无灵魂的行尸走肉一般。魂参与人的生命活动，无魂则影响人的生命活动。
2.主宰人的睡眠梦境 《杂症会心录·魂魄论》说：“梦寐变幻，魂也。”《类经》也提道：“魂之为言，如梦寐恍惚、变幻游行之境，皆是也。”此外唐容川在《血证论》中亦提道：“梦乃魂魄役物，恍有所见之故……梦中所见，即是魂魄。”由此可见，魂也是影响睡眠的一个因素。白天神主司，晚上魂主司，在人的寤寐交换之际，先由藏在脏腑内的阳精所化之阳气化成魂，进而转化为神。也正如《四圣心源·精神化生》中所云：“神发于心，方其在肝，神未旺也，而已现其阳魂……盖阳气方升，未能化神，先化其魂，阳气全升，则魂变而为神。魂者，神之初气，故随神而往来。”由此得出，若神魂颠倒，则易引发失眠疾病。总之，人的睡眠活动与魂伴随阴阳的出入密切相关。故白天，阳气方升，推动着心血运行全身，晚上气归于静，血归于肝，则心神、肝魂、肺魄安静，人卧而寐，正如《医学启蒙汇编·阴阳》中所云：“昼则属阳，阳主动，其呼吸气息皆从乎动，气从肺使血随心运；夜则属阴，阴主静，其呼吸气息皆归于静，血归于肝，气纳于肾，心神安静，魂魄肃清，人卧而寐矣。”
3.影响人的精神情志 魂是伴随心神活动而做出较快反应的思维意识活动，情志是人的正常心理活动。情志之中，郁、怒与魂关系最为密切，而郁与怒又与肝关系密切，因肝在志为怒，而肝脏易郁结。不仅肝脏自身可导致魂失常，其他情志也会影响魂，如《灵枢·本神》云“肝悲哀动中则伤魂”。肝在志为怒，肝气易郁，而肝藏魂，怒伤魂，郁伤魂。肝藏血，血舍魂，肝血亏虚则魂失养。肝为体阴用阳之体，一方面，若肝血虚则不能制阳，肝阳上亢易化火发怒；另一方面，在中医体系中始终贯穿着阴阳的总纲，根据阴阳互根互用的理论，若肝气、肝血有一方异常，都会失去平衡：肝血虚，肝气亦行气不畅，易郁结，从而魂伤；若肝气郁滞，气机不畅则血亦不行，血不行则血不充，则血虚无以舍魂，魂亦伤。
4.控制人的形体动作 正常人不仅具备形体，还要有灵魂，即一个完整的人既需要肢体活动又要有精神活动，而魂作为主导精神活动的物质之一，藏于肝，亦影响肝的生理功能。而肝为五脏之一，五脏作为人体重要的组织系统，根据中医的司外揣内治则思想，若肝脏受损，则会出现表现于外的症状，如离魂症：人卧则觉身外有身，即另有一个和自己一样的人，但是不说话。究其原因，是人卧则魂归于肝，此由肝虚邪袭，魂不归舍所致。再如《医学心悟·入门看证诀》记载：“凡病中循衣摸床，两手撮空，此神去而魂乱也。”可见，魂伤则形体无主。
魂是由阳气所化生，魂乃神之辅弼，肝属阳而藏血舍魂，若肝魂不能安定，那么神亦无主，因为神魂主司人的精神情志活动，所以神魂无主会导致诸如惊恐之疾的发生。恽铁樵认为寐中惊恐与肝藏魂有关，他在《恽铁樵医书合集·神经系病理治要》中说：“寐中惊与咬牙，因液干血行不流利，寐中不能充分供给各组织之需要，其变化与醒时受惊，肝藏骤受刺激略同，故惊跳，古人肝藏魂之说，当即从此处悟得。”与魂相关的疾病包括痫、癫狂、虚劳、谵语、郑声、不寐、健忘等。
1.谵语与郑声 二者属于神志异常范畴，其症状为语言的高亢和无力，无论语声高或低，均是神志不清的表现，而神魂主司人的精神活动，所以神魂与谵语、郑声的关系不言而喻，正如张景岳所说：“夫谵语郑声，总由神魂昏乱，而语言不正。”
2.不寐 不寐乃魂不归肝所致，若有因肝血虚而魂不归藏者，治以补肝血之剂，则肝血充而含魂，不寐得治。如《医学纂要·不寐》曰：“但人卧则魂归于肝，有因肝经血少，魂不归肝而为不寐者，其证多烦躁忿怒，治宜滋肝养血，三阴煎之类主之。”此外，任何原因所致的魂魄不安，均可引发不寐。
3.癫狂 其属于神志病的一种，其中癫相当于现今所指的癫病，狂即指躁狂症。狂证的病因一般认为多是因火邪，而火属于心，此外肝气易化火，因肝在志为怒，怒生火，肝气易郁，郁化火，而火扰肝与心，即神魂不守，正如《景岳全书·癫狂痴呆》中所说：“凡狂病多因于火。此或以谋为失志，或以思虑郁结，屈无所伸，怒无所泄，以致肝胆气逆，木火合邪，是诚东方实证也。此其邪乘于心，则为神魂不守。”
4.谵妄 其属于神志异常的一种表现，表现为神志不清，进而肢体的无意识运动，如眼神游离、搓手捻物等，均是神志失常的表现，即所谓的失魂。正如冯兆张在《冯氏锦囊秘录·痘疹全集·谵妄》中论谵妄所说：“如目直视，手寻衣领，及乱捻物，此发于肝，是为亡魂。”
5.健忘 《济阴纲目》在论健忘时引李氏言：“阴魂不足善忘者，当大补气血及定志丸。”由此可见，健忘因气血不足所致的阴魂不足，进而精神无养，故善忘也，所以治疗应以大补气血为宜。
6.痫 亦属于神志病之一，病因与受惊史有关，精神上表现为神志恍惚。此乃惊恐扰乱神魂，神魂无主是也，故《全幼心鉴》云：“惊痛者，初惊叫、大啼、恍惚，神魂是也。”