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随着人类对自然界生长的各类生物种类认识的不断加深，瑞典的林奈（Linnae，1753）首先建立了生物分类学。有关灵芝的分类地位，最初是划分在植物界中，但经过科学家对真菌类的深入研究，发现灵芝与动、植物及细菌等有明显差异，因而将它从植物界中分出来，与地衣等合并称为菌物界（Fungus，Mycota），灵芝则隶属于真菌门的一个属的代表种。现根据林志彬主编的《灵芝的现代研究》中对灵芝属的分类见解介绍如下：
见《中国的真菌》（1963年），将灵芝属划在多孔菌科内，即：
植物界 Plantae
孢子植物 Sporophyta
真菌门 Eumycota
担子菌纲 Basidomycetes
多孔菌目 Polyporales
多孔菌科 Polyporaceae
灵芝属 Ganoderma
见《中国灵芝》（1973年），将灵芝、假芝等属组合成灵芝亚科，即：
担子菌纲 Basidiomycetes
多孔菌目 Polyporales
多孔菌科 Polyporaceae
灵芝亚科 Ganodermatoideae
灵芝属 Ganoderma
见《真菌分类学》（1984年），将真菌作为菌物界中一个门，灵芝属在真菌门中5个亚门、18个纲、68个目中的分类位置是：
真菌门 Eumycota
担子菌亚门 Basidiomycotina
层菌纲 Hymenomycetes
非褶菌目 Aphyllophorales
灵芝菌科 Ganodernataceae
灵芝属 Ganoderma
灵芝属（ Ganoderma ）是由芬兰学者P.Karsten所建立（1881），并以灵芝（ G . lucidum ）为本属的代表种。
见《中国真菌志》第18卷（2000）：
灵芝科 Ganodermataceae Dook
Ⅰ灵芝属 Ganoderma P.Karst（76种）
1.灵芝亚属Subgen.Ganoderma（55种）
（1）灵芝组Sect.Ganoderma（29种）
（2）紫芝组Sect.Phaeonema（26种）
2.树舌灵芝亚属Subgen.Elfvingia（P.Karst）Imazeki（20种）
3.粗皮灵芝亚属Subgen.Trachyderma Imazeki（1种）
Ⅱ假芝属 Amauroderma Murrill（20种）
Ⅲ鸡冠孢芝属 Haddowia Steyaert（1种）
Ⅳ网孢芝属 Humphreya Steyaert（1种）
以上分类系统正在被真菌分类学家们所接受。如宋斌、吴兴亮等（2004）据此分类系统进行调查，发现中国灵芝科（灵芝属灵芝组、紫芝组、粗皮灵芝亚属、树舌灵芝亚属）已知种有4属，108个种和变种（包括有9个存疑种）。
以下分别介绍灵芝菌科、灵芝属和假芝属的主要特征。
子实体木生，一年生或多年生。菌盖半圆形或扇形，盖面上常有硬质皮壳，有柄或无柄。双系或三系菌丝，具骨架菌丝，有锁状联合。子实层托为管状。孢子卵圆形至球形、杏仁形，顶端常呈平截状，双层壁，内孢壁褐色，有刺状或疣等纹饰，外孢壁平滑，无色，非淀粉质。
本科包括108种，分为灵芝属、乌芝属和扁芝属三个属。
据赵继鼎等（1992）报道，中国有灵芝亚科的真菌88种，包括灵芝属中灵芝组21种、紫芝组27种，粗皮灵芝亚属1种，树舌亚属17种，假芝属（乌芝属）20种，鸡冠孢芝属1种，网孢芝属1种。
子实体一年生或多年生，木质或栓质。有柄，菌柄侧生、偏生或中生。菌盖表面常有硬质皮壳，皮壳有油漆样光泽。菌肉1层、单色，或2～3层、不同色。三系菌丝。菌管单层至多层。孢子卵形，顶端平截，内孢壁褐色，有小刺突或较粗糙。
假芝属即乌芝属，子实体一年生，木栓质或硬革质，有柄或无柄，菌盖半圆形、近圆形、肾形、扇形或其他形状，表面乌黑色到几乎黑色，无似漆样光泽或有光泽；皮壳组织呈栅栏状或非栅栏状。菌肉淡白色、淡褐色到肉桂色。菌管一层。管口略圆形、多角形或不规则形，管壁厚或薄，每毫米3～4个到6～7个或更小。菌柄中生、偏生、侧生或背侧生，通常圆柱形，细而长。孢子球形、近球形或椭圆形，灵芝形，双层壁，外壁无色，平滑，内壁有小刺或小刺不明显至无小刺，几乎无色到褐色，大小差异很大，直径5～14μm或更大。无囊状体。生于亚热带和热带林中地上或腐木上。模式种：白肉假芝 A . auriscalpium （Pers.）Pat.。