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古人根据灵芝子实体的颜色将灵芝分为“六芝”，按照现代生物学分类，设想用灵芝科的所有品种来容纳“六芝”，使它们能一一对应起来，这是非常难的，甚至是不可能的。迄今为止，相对能确定的只有赤芝、紫芝。
中国科学院微生物研究所赵继鼎教授，曾根据《本草纲目》中对“六芝”的记载与现代生物学分类方法的有关种作了对比分析，现归纳介绍如下：
赤芝又名丹芝，性味苦、平，无毒。主治胸中结，能益心气，补中，增智慧，不忘，久食轻身不老。葛洪在《抱朴子·内篇》中描述其：“赤者如珊瑚。”当今人们应用最多、也最熟悉的灵芝可能是此类的代表种，类似赤芝的还有松杉灵芝等。主要特征是菌盖肾形、半圆形或近圆形，其盖表面黄褐色、红褐色，具油漆光泽，菌柄表面光滑，与菌盖同色或较深。
紫芝又名木芝，性味甘、温，无毒。主治耳聋，能利关节，益精气，坚筋骨，好颜色，疗虚劳，治痔。可以认为紫灵芝（中国灵芝）为此类的代表种。主要特征是菌盖褐色、紫黑色至近黑色，菌肉为均匀褐色至栗色，其担孢子较一般赤芝为大。
黄芝又名金芝，性味甘、平，无毒。主治心腹五邪，能益脾气，安神。根据葛洪在《抱朴子·内篇》中所描述：“黄者如紫金……大者达十余斤，小者三四斤。”可以认为硫黄多孔菌为黄芝的代表种。这种真菌新鲜时菌盖肉质多汁，新鲜标本常可达数斤重，黄色，老后变硬而脆。
白芝又名玉芝、素芝，性味辛、平，无毒。主治咳逆上气，益肺气，通利口鼻，强志意，安魄。《抱朴子·内篇》中描述：“白者如截肪。”因此，苦白蹄（即药用层孔菌）可能属此类。这种真菌菌肉质白，形似马蹄状，大者可达数千克，生于松树和其他针叶树上。
黑芝又名玄芝，性味咸、平，无毒。主治癃，利水道，益肾气，通九窍，聪察。《抱朴子·内篇》中记载：“黑者如泽漆。”依《采芝图》记载：黑芝生山谷之阴，黑盖赤理，黑茎，味咸苦。据此，黑芝可能就是假芝，此种菌盖黑色，新鲜时伤处变血红色，具黑色长柄；也可能是黑柄多孔菌，这种菌也是具有黑色菌盖和菌柄的真菌。
青芝又名龙芝，性味酸、平，无毒。主明目，补肝气，安精魂。《抱朴子·内篇》中记载：“青者如翠羽”。据此，云芝可能就是青芝。这种真菌亦具革质菌盖，表面有短绒毛，因此富多样色彩变化，这与《抱朴子·内篇》中“青者如翠羽”的描述有相似之处。