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我国古代劳动人民，对灵芝早就有了朴素的认识，先秦古籍《山海经》中就有许多关于灵芝的记载。随着认识的深入，古人对当时所发现的灵芝进行了简单的分类。
《神农本草经》《抱扑子·内篇》等古籍中，主要根据中医阴阳五行学说，按颜色将其划分为：青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝五类，另加紫芝合称为六芝，并加以形态描述。葛洪《抱朴子·内篇》曰：“赤者如珊瑚，白者如截肪，黑者如泽漆，青者如翠羽，黄者如紫金。而皆光明洞彻如坚冰也。晦夜去之三百步，便望见其光矣。”“六芝”的出现，无疑是古人对芝类认识的发展。需指出的是，现在对“六芝”的认识是一种群体概念，各代表的是一个群体。古人所谓的“灵芝”，是不能与当今真菌分类上的灵芝相混同，它除指灵芝及近缘种外，有的还包括多孔菌目和伞菌目的其他菌类，很难用现代真菌分类学的方法对古代每一类的代表种冠以准确的拉丁学名。
这种分类，其实是对“六芝”不同功用的简介。明代李时珍继承前人的研究成果，从性味和药效功能对“六芝”进行分类，他在《本草纲目》（1578年）中，记载并列举了青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝六种灵芝的药用性能，指出：“芝类甚多，亦有花实者。本草惟以六芝标语，然其种属不可不识。”书中记载了灵芝等真菌有30多种。他的研究和总结，为后人对灵芝的研究奠定了坚实的基础。此前的唐《新修本草》（659年），对“六芝”的药用也有较详细阐释，被认为是我国古代记录“六芝”重要的典籍。
葛洪，号抱朴子，西晋著名道教人物、医学家，潜心于古代菌类文献整理、探索，在其撰著的《抱朴子·内篇》中，按质地将芝草分为石芝、木芝、草芝、肉芝和菌芝等“五芝”，并记载了“五芝”的生态习性、采集及其药用价值。
根据形态绘图，这也是古人认识和鉴别灵芝的一种方法。一些古代医学家在对实物观察的基础上，绘出灵芝的形态图。如《抱朴子·内篇》的“仙药篇”，收载灵芝近百种，并绘有图谱。唐开元年间（713—741）的古代菌史料《太上灵宝芝品》一卷，记芝草127种，并皆有图，是国内传世第一部菌类图谱。宋代的《菌谱》中，亦绘有灵芝图谱。清朝吴其浚的《植物名实图考长编》中也有灵芝记载。