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《伤寒论》自问世以来，研究及运用历经千年而不衰。研究方法多种多样，这正是伤寒之学得以不断发展的根本原因。此处所说的《伤寒论》向内伤杂病的横向渗透，即运用传统方法，在现有基础上扩大其研究和使用范围，使《伤寒论》能在深度和广度上突破古人成就的一种途径。
众所周知，《伤寒论》与《黄帝内经》同为中医各科的理论基石，因而寓有向临床各科渗透的内涵。张令韶在《伤寒论直解》中曾说道：“书虽论伤寒，而脏腑经络，营卫血气，阴阳水火，寒热虚实之理，靡不毕备。神而明之，千般疢难，如指诸掌，故古人云，能医伤寒，即能医杂证，信非诬也。”事实上，仅从仲景“虽未能尽愈诸病，庶可以见病知源”，即可以体会仲景著书之目的，在于广治诸病。例如，内伤杂病，用《伤寒论》六经辨证者有之；温病学倡卫气营血及三焦辨证，但宗六经辨证论治者亦不乏其人；甚至眼科疾病，在审五轮、察八廓的既定方法下，又合以辨六经，相得益彰，自成一家。
《伤寒论》在古代多用于治外感病，而今社会在发展，医学模式有所改变，感染性疾病减少，内伤杂病相对增多，如何将古代有效的经方应用于现代广泛的疾病，是值得探索的问题。《伤寒论》方配伍严谨，疗效卓著，若运用得当常能愈大病，起沉疴。所以，《伤寒论》方的研究对治内伤杂病及疑难杂症有其重要意义。
对于许多内科杂病，依据《伤寒论》原文证候而用《伤寒论》方、法进行治疗，其桴鼓之效已被长期的临床实践所证实。这种方法是《伤寒论》的一大特色，时至今日，甚至在今后仍为一种有效的方法。如用《伤寒论》方治疗癫痫，仅凭心下支结（腹直肌痉挛）一个腹证，而用柴胡桂枝汤合芍药甘草汤治疗。流行性出血热发热期，常并见柴胡桂枝汤证和蓄血证，治疗中观察到，凡是先用柴胡桂枝汤以解外，后用桃核承气汤者，治疗多较为顺利，未用柴胡桂枝汤即用桃核承气汤者，病情发展多为意外，此即是原文所明训的“其外不解者，尚未可攻，当先解其外；外解已，但少腹急结者，乃可攻之”。当然，《伤寒论》证简意深，方义难解，要使方证相对达到珠联璧合，必须做到既不违背原文意旨，又不按图索骥，这就有待医者细心体察原文，准确地抓住患者的证候方可。
由于六经分证之中本就寓有八纲分证的病机，所以，内伤杂病或是各种疾病，只要符合《伤寒论》方证病机者，都可以选用适当的《伤寒论》方剂进行施治。一般可遵循下述模式：①方名：当归四逆汤。②方义：养血温经。③病机：血虚寒凝，经脉痹阻。④主治：即符合此病机的若干病证，在上的颈椎病、肩背痛等，在下的坐骨神经痛、腓肠肌痉挛、雷诺病等，在里的腹痛、呕吐、痛经、寒疝等，在外的手足厥冷、皮肤麻木、冻疮等。凭借于此，则可以将伤寒论方扩大运用于各科疾病，以发挥更大的作用。
《伤寒论》113方，却有397法之说，可见仲景理法之轻灵活泼。时代在发展，运用有限之经方难以应无穷之疾病，只有掌握辨证论治的精髓，借鉴仲师之妙法，方能以应万病。历代医家遵从仲景理法创造时方治病者，大有人在。河间防风通圣散，内寓伤寒理法，又具自身特色，疗效显著，可谓得伤寒之真谛者。
时方是经方的补充和延续，有着自身的发展规律，带有那个时代的疾病特点。伤寒理法历经验证，已成规矩，若能深刻领会《伤寒论》中的理法，参合现代疾病发展变化的特点，选用恰当的药物，顾及现代患者的体质特点，创造新的时方治疗疾病，一定可以大大提高中医疗效。如梅国强教授治疗一中年男性患者，颈淋巴结肿大，西医诊断为增殖性淋巴结炎，使用了多种抗生素无效。据《伤寒论》之法断为厥阴风木化火，灼津成痰，法宜清解少阳，散结化痰，考虑到单纯用经方未必对证，故用伤寒理法，结合现代用药的特点，选用柴胡、黄芩、龙胆草、黄药子、白药子、夏枯草、浙贝母、牡蛎、生地黄、丹参等，数剂而获显效。
对合病和并病，《伤寒论》中明确论述者并不多，但实际上，三阳经、三阴经、阴阳经之间的证候兼夹，以及表里同病，都属于合病和并病的范畴。在临床上，单一的证比较少，以合并、兼夹的形式出现者为多，运用单一的方剂常顾此失彼。随着社会的发展，人的思想变得复杂，心、身两方面的疾病交相为患，疾病的夹杂和兼证还将更为常见，故合病和并病的研究更有实用价值和发展前景。
在合病和并病的治疗中，表里先后治则不再赘述，关键应在阴阳共调、表里同治、寒热并用和补泻兼施这些组合方面下功夫，即更直接地体现合治同治的原则，以提高疗效。组建复合方剂，可从下面几个方面进行。
第一，经方与经方相配合。在患者出现两个或两个以上证候时，就可以使用相应的合方，甚至在合并病态并不明显而证候复杂时，也可以使用几个经方相合。如水肿水停于下，有肾虚见证，又兼见微热、口渴、头目眩晕等，用真武汤、苓桂术甘汤合五苓散进行治疗，疗效显著。从药味上看，它只是一个基础方的加味，但因它包含了三个方剂，已非一般加减可比，它代表了几个方剂的结构和性能。
第二，经方与时方相配合。临床上这样运用的机会更多，辨证可按伤寒论法，也可以用脏腑辨证等方法。如治疗水肿用五苓散合五皮饮，治疗阳虚感冒、咳嗽用麻辛附子汤合二陈汤，治痞证脾胃虚弱用甘草泻心汤合六君子汤等类，都是这种用法。
第三，经方与验方相配合。有些方药经过反复运用，已经形成特定的验方，若与经方配合运用，效果更佳。如笔者在临床上治外寒内饮的咳嗽，以小青龙汤合山药牛蒡子汤（山药30g，牛蒡子10g）治疗，疗效颇为满意。
由于经方具有双向调节作用，在同法复方中呈现的是协同效应，在多法复方中体现的却是各走其道或相反相成。再因每个方剂的组合都有自身的特殊性，合在一起就能兼顾局部与整体，从而提高临床疗效。这不仅值得《伤寒论》研究者研究，而且值得中医方剂学深入研究。