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“和”与“通”是中医关于人体气机功能活动的两个概念。“和”指气机运行的协调状态，“通”是气机的正常功能活动。注重调整气机以求“和”“通”，是《伤寒论》辨证施治的重要特点，是扶正祛邪之重要途径之一。
气机学说贯穿于《伤寒论》的理论和实践中。气机统指气的功能活动，是一定物质基础的生命运动形式。由于气机运动有沟通整体上下，以调节和维持机体各种生理功能的动态平衡的功能，因而是机体消除疾病的中间环节和内在依据。调整气机就是调整气的功能活动，以调动或增强人体生理功能，而获得扶正祛邪效果的非特异性治疗方法。它是仲景论治疾病的重要特点之一，是其气学理论在治疗上的反映。
仲景的生理观认为，人之一身必须气机畅达和调。张仲景在观察大量生命现象的基础上，把气机的生理状态高度概括为气“和”与气“通”，从而把握了维持人体健康和消除疾病的内在依据。仲景曰：“若五脏元真通畅，人即安和。”这种气机通畅的生理观，从一定程度上发展了《黄帝内经》从气之虚实来认识人体生理病理的思想，深化了对人体生理功能的认识层次，因而成为仲景气学理论的重要特点之一，也是其调整气机，使元真通畅，“勿令九窍闭塞”的治疗思想的形成基础。
仲景的病愈观以气机自和为基础。气“和”指气的功能活动谐和，即协调之意。如营行脉中、卫行脉外，是谓营卫和；脾气上升，胃气下降，是谓脾胃和等，仲景统称“阴阳自和”。在仲景看来，疾病是气机失和，造成脏腑功能活动障碍、气血阴阳失调的结果。既病而只要“自和”能力尚未丧失，气机仍可不依赖治疗，自我调和，从而消除疾病，恢复健康，此即“凡病……若亡血、亡津液，阴阳自和者，必自愈”之意。观三阳病往往得畅汗而解，即是阴阳气机自和的反映。太阴病“虽暴烦下利，日十余行，必自止”，则是脾阳恢复，升降复和，推导腐秽外出的征象。因此，仲景的病愈观又以气机和为依据。如果气机失调而不能“自和”，则需通过针药调整气机，创造条件，使之“自和”，促进“自愈”。《伤寒论》的“复发其汗，营卫和则愈”“胃气不和，谵语者，当和胃气”“胃气和则愈”“冒家汗出自愈，所以然者，汗出表和故也；里未和，然后复下之”等，皆体现了这一观点。
如果说气“和”与气“通”是仲景调整气机的生理基础，那气“不和”与气“不通”便是其病理依据。《伤寒论》中“胃气不和”“此表解里未和”“此卫气不共荣气谐和故尔”的“不和”“未和”“不共……谐和”，显然是对气机升降、运行的谐和关系失调的病理概括，而“气上冲胸”“气上冲咽喉，不得息”“胃中虚，客气上逆”，以及呕吐、哕、咳、喘、衄、悸、眩、冒、耳聋目赤、腹中雷鸣、下利不止、四肢厥冷等，则是对气“不和”临床表现的具体描述。此外，“卫气不行，即恶寒”“阳气怫郁不得越”则发热，以及由气滞、气聚、气结所致的痞满、结痛、痹阻、大便不通、小便不利等，皆是气“不通”的征象。气不通则气不和，气不和亦可致气不通。既然仲景已认识到气“不和”与气“不通”是许多疾病病证的本质所在，那针对不同气机状态进行调整，以“和之”“通之”，自然是其辨证论治思想的体现。
气机失调的原因不外虚实二类，正气虚则气机升降无力，壅滞不行；邪气实则直接痹阻气机，导致升降失常，气行不畅。然调整气机何以能补虚泻实而达到扶正祛邪效果呢？其理有三。
《黄帝内经》曰：“正气存内，邪不可干。”这里的正气相对病邪来讲，就是机体的抗病功能。机体能否有效地抵抗疾病，取决于正气是否存内，而正气存内的实质是气机通畅和升降、运行谐和，也就是说只有在气机通和的情况下，正气才能发挥抗邪作用。若气机失调，则抗邪作用减弱，就会发生疾病。因此，疾病的发生除了气量不足，即“其气必虚”外，更有气质下降，即气的功能活动障碍或失调，所谓“气血冲和，百病不生；一有怫郁，诸病生焉”即是其意。因此，调整气的功能活动，就能调动或增强机体自身的抗病功能，消除疾病。如风寒袭表，卫气郁遏，失其卫外、温表、开合汗孔、谐和营气的功能，就会发生太阳病。而用麻黄汤、桂枝方等方，辛温宣通卫气，使其功能恢复，即能鼓邪外出，令营卫和则愈。从“针足阳明，使经不传则愈”也可看出，针刺足阳明经穴，旨在使其经气流通，抗病功能增强，邪气自无立足之地，乃出太阳而解。《黄帝内经》云“用针之类，在于调气”，揭示了针刺治病的内在机制。
气“不和”与“不通”不仅反映了气机本身的异常，而且标志着脏腑功能活动的失调。《黄帝内经》云：“器者生化之宇，器散则分之，生化息矣。故无不出入，无不升降。”这说明五脏六腑等是气机活动的场所，它们的生理功能和病理变化皆通过气机运动形式来表现，皆由气之象来判断，“凡脏有象，凡证皆象，凡象皆气”。因此，辨证即所以辨脏腑气机之变。《伤寒论》除用“胃气不和”“胃中虚，客气上逆”等语明确表述脏腑病变外，更多的是体现在证候描写和立法遣方上。如“攻其热必哕”，以哕示胃气上逆。“脏腑相连，其痛必下，邪高痛下，故使呕也”。显然，痛由气滞，呕属气逆，而病机系于胆胃，与胆胃相关，郁在胆，逆在胃是也。
既然气机之变是脏腑功能失常的反映，则辨证施治，调整气机，自然有助于脏腑功能活动的改善或恢复。脏腑功能复常，升清降浊，吐故纳新，则正复邪去。如治疗小儿肺炎有良好效果的麻杏石甘汤，虽实验表明对肺炎双球菌等多种球菌无直接杀灭作用，但从中医药理论分析，是该方进入人体后，调动了机体自身生理功能而产生抗病作用的结果，而这一结果在辨证施治上又是通过宣肺理气，改善其宣降功能来实现的，与针对病因的抗菌消炎治疗有异曲同工之处。又如理中汤本为中焦脾胃虚寒而设，但仲景不言补中焦而云“理中者，理中焦”，此说明补之所以扶正，在于调理中焦升降气机。只有升降复职，运化正常，化源充沛，正气才得以恢复，是以仲景用“理中焦”示人，补塞之剂，亦在调整气机，恢复脏腑升降之功能。
气机的作用十分广泛，就水谷精微的吸收输布和津液、血液的生化运行来看，全赖气的主持、统摄、推动和气机升降有序的运动。因此，运用各种药物治疗疾病也赖气机以吸收、运化、输布，方可奏效。离开了气机的正常功能运动，药物就不能发挥治疗作用。张仲景“知胃气尚在，必愈”“除中，必死”。后世李中梓更明确指出：“胃气一败，百药难施。”说明脏腑气机存亡与治疗效果和疾病预后有密切关系，故张仲景很重视气机对人体的调节作用，运用调整气机的方法来治疗疾病，并积累了丰富的经验。
《伤寒论》调整气机的特点在于因势利导，或疏气令调，或寓调于通，或透转枢机，或调理升降，但无论何种方法，皆以恢复气机之“和”“通”为宗旨。
宿食、燥屎、痰饮、瘀血等有形之邪停聚内阻、气机为之不通，不通则升降反作而生诸疾。只有祛除实邪，气机方可和通，而祛邪之法又当借诸宣通气机。如燥热结聚，肠腑不通，胃气不降则见发热、谵语、腹满硬痛、大便不通等阳明腑实证。腑以通为用，腑之不通，由气之不能承顺，故仲景拟大承气汤，方中重用枳实、厚朴之气药，又以芒硝、大黄之下实，是调气以助下实，下实以利气承，所谓“承气者，承其胃降之气，通其壅闭”是也。若燥热轻而气机壅逆重者，仲景用小承气汤；若燥热重而气机壅逆轻者，则用调胃承气汤。前方不用芒硝而取枳实、厚朴、大黄，重在承顺肠腑气机，后方不用枳实、厚朴，而独取芒硝、大黄加甘草，意在泄热下实以承气。他如瓜蒂散吐痰、十枣汤逐饮，也皆属祛实求“通”之例。
外邪侵袭，常致机体气机郁滞而产生诸病。气机不宣，则邪难外泄，故仲景本辛通之药，宣畅气机，开郁泻邪。如风寒侵袭太阳，“阳气怫郁在表”，卫气不行即恶寒，阳气不越则发热。若阳气怫郁较重，致腠理闭塞，营阴郁滞而无汗者，用麻黄汤宣卫泻邪；若阳气怫郁较轻，腠理疏松，营阴外泄而汗出者，用桂枝汤宣卫和营，开中有敛。若阳气怫郁日久，宣泄无力，不得小汗出，发热恶寒，热多寒少，面色反有热色者，则取桂枝麻黄各半汤，轻量合剂，小通卫气，微汗泻邪。若热郁胸膈，心中懊
，甚或胸中窒或心中结痛者，用栀子豉汤开郁泄热。若热结在里，阳明热气壅盛，身热汗多，腹满身重，甚或脉滑而厥者，用白虎汤辛寒宣气，开结泄热。即令是水郁诸证，如太阳蓄水的五苓散证、太阳表郁兼水饮内停的桂枝去桂加茯苓白术汤证（根据《注解伤寒论》，当为桂枝汤加茯苓、白术。验之临床，常以桂枝汤原方加茯苓、白术而取效）等，也皆以桂枝等辛温宣通之品配淡渗之茯苓，通阳化气，宣散水邪。至于少阴病阳衰阴盛之证，阴盛格阳，阳遏不通者，仲景也在姜附温阳破阴之中，伍葱白辛通气机，促进阳回阴消。《伤寒论》之白通汤、白通加猪胆汁汤等皆是。故俞根初《通俗伤寒论》云“凡伤寒病，均以开郁为先”，实在切中肯綮。
少阳为表里气机出入之枢，故凡表里气机郁滞之病，仲景皆从透转少阳枢机入手。如热郁少阳，枢机不利，表里气机不通，胸胁苦满，往来寒热，心烦喜呕，嘿嘿不欲饮食；影响胃气和降，则秽垢渐趋滞留而大便不通。胃气阻闭，则少阳枢机郁滞，致气遏热伏，邪闭不出。但胃肠邪热尚未结实，说明气机仍有升腾之机，故治不可下。表里不通，邪亦难出，但非卫气怫郁在表里一汗可愈，故不可汗。仲景用小柴胡汤和解枢机，通达表里，和畅三焦，使正气自内达外而祛邪外出。不破气而满自去，不攻下而便自通，所谓“上焦得通，津液得下，胃气因和，身濈然汗出而解”是也。
对于升降失调的气机病变，仲景每从调理中焦气机着手。因为中焦内居脾胃，纳化水谷，行升清降浊之令，为人身气机升降之枢纽。“脾宜升则健，胃宜降则和”，调理脾胃升降不仅是治疗脾胃病的关键，也是恢复全身脏腑功能的有效途径。而调理之法重在升脾降胃，和顺气机。
仲景十分注重升降反作的程度差异，若以清气不升为主者，则升清以降浊。如少阴元气虚惫，清气下陷，下利清谷，厥冷不回者，当用四逆汤补火暖土，振奋元阳上腾以助脾气升清之功能。若病属浊阴不降者，则治以降浊为主。若升降反作之势趋于均衡，则辛开苦降，升降并调。
此外，仲景还十分注意用药法度。升清时升而即止，防止升发太过。降逆时，少佐升清之品或降而即止，防止降泻无度。