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中医学术思想形成，是一个漫长的过程。这其中需要一个较长的年限，在这个过程中由浅入深，不断修正，不断升华。通过知识和实践经验逐渐积累，螺旋式上升，修炼到一定火候，才能言其学术思想。
祁老师认为，眼虽属局部视觉器官，但与全身脏腑经络密不可分，故学术思想核心是：眼是人身整体的一部分，现代检测仪器进一步扩大了望诊范围，在处理眼病时，应辨证与辨病相结合，不能一味强调“辨证论治”。在用方用药方面，祁老遵循“勤求古训，博采众方”，即不局限在眼科领域中挑方选药，且选方用药要求平和，忌蛮用峻补，也慎用苦寒攻下，总以照顾脾胃为先，因为服药全靠脾胃摄取吸收发挥药效。在辨病过程中，汲取现代科技之长，“心知其意，不为所囿”，不轻易对号入座。在继承与创新方面，祁老师遵守“发皇古义，融汇新知”，相信学术有继承性，学术随着时代发展，知识的积累呈螺旋式上升。在处理与病人的关系上，祁老师认为，章太炎大师“道不运人，以病者之身为宗师；命不苟得，以疗者之口为依据”，是处理医患关系的警世通言。因为医学尤其是中医的疗效是靠患者体现出来的，即疗效结果来源于患者，所以医者应以患者为师，善待患者是不为过。祁老师经常告诉年轻大夫，棘手难治之病取得疗效，其功是患者占七成，医者占三成，不能把功劳归于自身。因为没有患者遵守医嘱，坚持服药，则疗效弗得。在治病手段上，除内服、外治、针刺外，心理疏导，耐心解释，特别是因情志而致眼病者，其作用不可忽视。