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1985年，祁老师通过20多年中医眼科医、教、研工作实践，深切地感到中医眼科是中医学中的一枝奇葩。然而当时师资力量、实习带教力量和床位门诊量等均达不到要求，教学质量得不到保证，而眼科、口腔科、耳鼻喉科三个科室联合试办，上述问题均能解决。于是祁老师向当时学院领导提出了在高等中医教育开设“中医五官科定向班”的建议，学院领导接受了此建议，经过简短有序的筹备，在东直门医院五官科全体同人的支持下，开办了“中医五官科定向班”，并组织五官科部分骨干成员在短短的2个月时间里编写了近200万字的《中医五官科学》定向教材。
在祁老师中医眼科学术思想形成的过程中，有两本眼科专著对其影响甚大，其一是元末明初倪维德所著《原机启微》，其主导思想是师承李杲，重视调补脾胃、升阳益气。倪氏把眼病与人体功能和外界环境联系起来，从而改变了认为眼病与整体没有联系的传统看法，而跳出了唐宋以来的眼科诊治的思路。为此祁老师于1982年撰文“《原机启微》对中医眼科的影响”，发表于《北京中医学院学报》1982年第3期上；1992年撰文“试论《原机启微》的学术思想渊源与影响”，发表于《中国中医眼科杂志》1992年第3期上。另一本是现代已故的中医眼科大师陆南山所著的《眼科临证录》。在学习此书时祁老师体会到：①没有深厚的中医功底，就不可能当好中医眼科医生，更谈不上医治疑难眼病；②中医理论确能指导临床；③诊治眼病必须要辨证与辨病相结合。为此祁老师还写出读书笔记，制成光盘，并给中国中医科学院眼科医师做了学习《眼科临证录》的辅导讲座。