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信息系统的复杂性是由异质性、自主性和发展三个因素造成的，这给信息系统工程方法的建模和定义带来了挑战。管理这些特性，可以增加不同企业信息系统的个体和整体能力。
异质性： 与所使用模型的多样性和多元性有关，即不同视角下的多种模型，不同的抽象层次（概念的、具象的等），抽象类型（数据、交易等），使用类别（经理、用户等），领域（研究、生产、财务等）。
自主性： 当系统断开连接并独立于其他系统时，它是自主的。自主性由这样一个事实驱动：信息系统从来都不是孤立的；它被嵌入到它的环境中，通过接口、技术设备、时间或事实事件等与其他系统和环境交互。这种环境限制了信息系统的自主性（时间、材料、人力、财务资源等限制）。
演进和动态性： 演进和动态性构成了信息系统的“生命”。信息系统响应环境变化而升级（公司正在经历的战略、业务或技术变革）。
此外，信息系统的复杂性随着信息系统要素的异质性和演进而增加，同时其自主性会降低。