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“东死鼠，西死鼠，人见死鼠如见虎；鼠死不几日，人死如圻堵。昼死人，莫问数，日色惨淡愁云护。三人行未十步多，忽死两人横截路。”清代云南诗人师南道在《鼠死行》一诗中描写了鼠疫暴发时死人无数的凄惨场景，让人读之心有戚戚焉。从诗作中可以看到，至少从那时起，先民们已经了解了这种瘟疫与鼠有关，而且已有了应对之法，多位中医编著鼠疫防治著作，其中以广东中医罗汝兰的《鼠疫汇编》影响最大，加减解毒活血汤这一药方备受推崇。
作为四大文明古国之一，中国幅员辽阔、历史悠久，很长一段时间处于农耕文明时期。大多数人定居于某地，开荒种地，形成紧密的小社会。田里的庄稼和仓库里的粮食吸引了不少动物，以鼠为主。为了减少损失，人们开始养狗和猫来抓老鼠，也驯养了不少动物作为家畜。正因为人与动物的频繁互动，一些疾病开始在二者之间流转。
自秦汉时期起就有了不少关于瘟疫的记录。由于气候变化、自然灾害、人口迁徙、连年征战及贸易通商等因素，民间不时暴发传染病，死亡者众多。甲骨文的“疫”字由来，便是战争期间军队中容易暴发瘟疫。
汉朝与匈奴持续130余年的战争，不仅让异族的铁蹄踏上中原大地，还令来自游牧民族的人畜共患病病原体肆意传播。匈奴败北后的西迁，又将本地病原体带往欧洲。汉代张骞出使西域，打通了丝绸之路，这条起始自西汉的贸易通路将亚洲与地中海各国联系在一起。明朝郑和下西洋，扩展了自先秦时期就有的海上丝绸之路，加强了王朝与他国的联系。丝绸之路的兴起，也让贸易通道成为疾病传播的桥梁。混在商队中的动物可能顺着丝绸之路走向世界各地，也将未知的病原体传播到世界各地，或从世界各地带回中国。
明朝万历时期，由于异常干旱和寒冷的天气，饥荒肆虐了整个中国北方，民不聊生，兵荒四起。而这次气候反常推测与公元1257年左右发生的萨拉马斯火山爆发所导致的小冰期有关。无论原因为何，结果是确定的，包括鼠疫在内的瘟疫合并着饥荒造成大明王朝最终被女真人所建立的清朝取代，中国本土的瘟疫学说也从此开始。
1642年，即大明崇祯十五年，也是明朝最后的时期，全国瘟疫横行，十户九死。彼时医生们都用伤寒“经方”治疗，但毫无效果。来自江苏吴县的吴有性（字又可）亲历了多次疫情，大胆提出“疠气”致病之学说，肯定了瘟疫的感染源自某种物质，开创我国传染病研究的先河，影片《大明劫》正是描述了这一段历史。吴有性后著有《瘟疫论》，被后世称为“瘟疫学派”的创始人。
吴有性的《瘟疫论》（民国二十六年二月初版）封面
现在我们知道，这种物质就是微生物。而且恶性传染病多是由动物传播给人类，经过变异后具有人传染人的能力。但在一般情况下，动物身上的病原体并不会贸然传染给人，那些已经与动物宿主和平共处的病原体，在寄生环境发生变化时，为了自己的生存，会换一个宿主，只不过刚好选中了人而已。气候变化和人类活动对动物栖息地的破坏，都可能导致传染病病原体从动物到人体的传播，所谓“天灾人祸大疫饥荒”往往同时发生。
19世纪末的中国，又是这样一个境况，正处于内忧外患中。1894年，清政府又遭遇当头一击——岭南暴发瘟疫。这次疫情是19世纪中期云南鼠疫的延续。由于特殊的地理环境，云南自古就是一个多瘟疫的地方。对于云南鼠疫的扩散，有两种不同的说法。一说是由于云南种植鸦片原料罂粟，鼠疫随贸易路线传播至广东地区，另一说是镇压云南起义的军人将鼠疫带往全国。
岭南瘟疫迅速传播至广州、香港等地。广州因疫情死亡人数有十万余人，香港及时施行防疫措施，死亡人数约为2500人，1/3香港居民外逃，贸易一度停滞。
作为一个开放的港口城市，当时香港居住着不少欧洲人，这波疫情自然引起了多方关注。正是在这次疫情中，鼠疫这一古老瘟疫的病原体终于被科学家找到了。