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牛痘疫苗出现前，欧美的人痘接种法会在接种人的胳膊上切开十字形的切口，似有宗教意味。人们尽管接受了这一新事物，内心仍充满恐惧。
人痘接种法仍存在2%左右的死亡率，一些接种后没有产生抗体的人，依然会感染而亡。而那些接触了天花患者却没有发病的例子，即所谓的“幸存者偏差”，也成为反对者攻击接种法的案例。
但实际上，与不接种相比，接受人痘接种的人死于天花的概率显著低于未接种者。而意外死亡率极低的牛痘疫苗显然是更为妥帖的选择。
即使如此，牛痘法同样遭遇了不少人的抵制，理由是侵犯自由、健康和人权。宗教认为人不能代为行使上帝的职责，天花是上帝的考验，况且牛痘来自动物，把动物体内的东西放到人体内，是无论如何也难以接受的。另一派则是人痘接种法的既得利益者，以萨顿为首的人痘接种法推广者，设定高昂的接种价格，在各地设置接种点获取利益。而詹纳的牛痘接种是完全免费的。此间也有人模仿詹纳，提供收费的牛痘接种服务，但半吊子的技术与不规范的操作造成了不少接种者感染天花。
针对担心牛痘接种的讽刺漫画，来源：维基百科
为了方便存储和运输，有人研制出干天花疫苗，但效果最稳定的要数添加了甘油的牛痘疫苗。
19世纪末，手臂对手臂的接种方式被禁止，牛痘疫苗进入批量生产阶段。
牛痘疫苗可以被视为第一种现代疫苗，毫无疑问，詹纳的贡献是巨大的。正是在他的启发下，当19世纪末，病菌学说逐渐被科学界广泛接受后，法国微生物学家路易斯·巴斯德发明了狂犬病疫苗——病毒在动物体内传代后，对人类的威胁变小，但能刺激人体免疫系统抵抗同类病毒的入侵。
詹纳在发明牛痘接种法之后，余生都致力于这一技术的推广，只要来函索要，他总是免费寄送疫苗给世界各地的人。为了穷人也能接种牛痘，他从不收费，即使自己日子过得捉襟见肘也没有通过牛痘接种营利。生活窘迫的他最终接受了英国国会的资助，却将其全部投入牛痘接种的推广中，并未留下多少遗产。
正是因为詹纳对牛痘接种的规范化研究，才使牛痘接种从一种民间尝试上升到接近科学的水平，真正能挽救许多人的性命。“大医精诚，妙手仁心”，詹纳是这句话的真实写照。他的发现启发了后来的微生物学家发明更多疫苗，在与致病微生物的对抗中，人类在运气和技术的加持下，逐渐掌握了主动权。