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想要在哲学史上留名，牢靠的办法之一就是发表惊人之见，但又说得艰深或晦涩——如果既艰深又晦涩，就更好了。赫拉克利特就是一例。他以“晦涩者”“隐秘者”和“出谜者”的称号而闻名，又以傲慢和厌世为自己的晦涩增色。他是个贵族，在约公元前540年或不久之后生于以弗所。他的家族属于城邦的统治精英，但他把自己继承到的权位“巴西琉斯”（Basileus）让给了一位兄弟，之后自己过起了乡野隐士的生活。但他在患病后回到了城邦，并在六十岁时去世。
他写过一本书，剧作家欧里庇得斯（Euripides）曾把其抄本送给苏格拉底（第欧根尼·拉尔修是这么说的，但这大概只是个传说）。欧里庇得斯问苏格拉底怎么看这本书，苏格拉底回答说：“我所读出的内容是极好的，我没读出的内容大概也是极好的，但要靠一个提洛潜水者才能探到这部书的最深处。”
要理解赫拉克利特的哲学，最大的困难是，现存的他的著作残篇本身就晦涩难懂，而且我们不确定要如何排列这些残篇。这是个问题，因为不同排列顺序下的文本支持不同的解读。亚里士多德在《修辞学》中抱怨说，人们很难确定要如何给赫拉克利特的文章断句，以明确其意义。亚里士多德还给出了一个句子作为例证，这是在全篇中我们唯一知道确切位置的一句话，即开头的那句：“这一说法（logos）成立永远人们无法理解。”这句话是说这个说法永远成立呢，还是说人们永远无法理解呢？
我们甚至不知道他的书的题目，而本来我们可以通过题目大概知道它是关于什么的。后代的学述家说，这本书有三部分，一部分论自然，一部分论政治，还有一部分论神学。这异于此前的哲学传统，因为它所涉及的论题远比宇宙学要广泛。那么在这些领域中，赫拉克利特想说的重点在哪个领域呢？这本书看来是有意写成神谕体的——我们可以在想象中把它与尼采的《查拉图斯特拉如是说》相比（或许也可以把两个作者相比），就可以体会到这种文体如何增大了解读难度。
赫拉克利特的残篇中除了对世界本质的解释，还有关于知觉、知识和探究的评述：“自然喜欢藏匿起来……眼睛是比耳朵更准确的见证者。”（他的意思是不是：自己观察要好过听别人讲？）他说，即便是像毕达哥拉斯那样从事科学研究的人，做研究的方法也不对：“关于众多事物的丰富学识并不能给予人们理解力，不然赫西俄德、毕达哥拉斯还有色诺芬尼和赫卡塔埃乌斯（Hecataeos）就应该已经从他们的学识中获得了理解力。”赫拉克利特认为他已经把握了正确的“逻各斯”（logos）。逻各斯这个词在希腊哲学家那里有太多不同的用法，它可以指“说法”“理论”“框架”“词语”“理性”“意义”“原理”，不一而足，还可以表达我们现在所说的“（某件事的）内在逻辑”这样的意思。无论如何，以下是对赫拉克利特理论的一种合理的重构。
万物都在流变之中。柏拉图在《克拉底鲁篇》（ Cratylus ）中写道：“赫拉克利特说过，万物皆会过去，无物可以停留。他把存在之物比作河中的水流，并说你不能两次踏入同一条河流。”赫拉克利特的学生克拉底鲁十分确信万物都在持续地流变，于是他在别人对他讲话的时候并不会回应，只会摇摇手指，表明他已经听到了，因为在他准备回答的时候，世界已经变了。
一些评注者不认为赫拉克利特的原意是柏拉图认为的那样。相反地，他们说他的意思是事物只有通过变化才能保持同一，就像河流一样。它的流变并不破坏它作为同一条河流的连续性，而恰恰构成了这种连续性。
这后一种解读与赫拉克利特的另一个关于“对立统一”的学说更为一致。对这个学说的一种解读是，一个事物可以把两种对立的属性结合在一起：“海洋既是最纯净的水，也是最恶劣的水：对鱼来说，海水是可以喝的，是有益健康的；而对人来说，海水是有害而不能喝的。”类似的，青春与衰老、梦与醒、生与死都是“我们身上的同一样东西……一会儿它们是这一样，再过一会儿它们又是那一样”，尽管在这些例子中，对立的属性并不同时存在。然而他的其他一些残篇又似乎说，对立的东西其实是一样的：“梳毛轮中的轨迹既是直的也是弯的……向上的路和向下的路是同一条。” [2] 这些说法都是对的，一个楼梯同时既是上行的也是下行的，其区别只在于你是在上楼，还是在下楼。“人们不理解内有分歧的东西如何能与自身相容。这是相反张力间的调和，就像弓和里拉琴。”
另一段把对立者视为同一的残篇，则需要更细致的研究才能释读。这段残篇说：“善与恶为一。”这是否隐含了哈姆雷特的那个观点：“世事并无好坏，人的想法让它们成为好或坏”？真正的含义很可能更深，因为赫拉克利特似乎认为，只有通过冲突或对峙，相反者才能共存，存在本身才是可能的。他说：“荷马的这句话是错的：‘但愿争斗从神和人的生活里消失！’
他不明白，他所祈求的是宇宙的毁灭，如果神听从了他的祈祷，万物都会消逝……万物都由争斗而来，也随争斗而去……斗争就是正义，万事万物都依据斗争和必然性而发生。”
沿袭亚里士多德的看法，许多评注者都认为，赫拉克利特遵从了先前的爱奥尼亚哲学家的传统，是一个唯物的一元论者，即认为世界有一个单一的、根本的、物质的本原。我们已经看到，他的前辈们先后认定水、无限定或者气为本原，而他提出的是火。“世界对一切都是同一的，它不是神或人所造，但它曾是、现在是、也将是永生的火，一部分被照亮，一部分在熄灭……火既是匮乏又是充足……万物都是用火换来的，火是由万物所换来的。”火变成水，而一半的水变成土，另一半变回火。这些变化都是斗争的结果，而斗争实现了正义，正义就在于不断逆转某物的优势地位，而改由他物来主导。
永恒的流变似乎让知识变得不可能，柏拉图也认为赫拉克利特是这么想的。但他对学识之价值的评价，以及批评其他人即便学习钻研之后仍未达到理解，都说明情况并非如此。实际上，赫拉克利特似乎认为知识有重大的伦理价值：“可靠的思考是最大的美德和智慧。[它就是]说出真理，并依据对事物本性的恰切理解而行事。”
毕达哥拉斯教导人们采取一种生活方式，而赫拉克利特的智慧教导人们采取另一种。和其他许多人一样，他劝人在诸如饮食等事项上要节制和克己。但与其他许多人不同，他坦然地推崇对声名的追求：“最优秀者偏爱一件事物胜过其他所有，那就是长久的声名。”他不一定指的是哲学上的声名，因为他也认为最好的死亡是战死沙场。他说，“性格就是命运”，还说总能得到自己想要的东西并非一件好事。
在政治上他提倡法治——“人们必须像保卫城邦的城墙一样保卫城邦的法律”，还提倡明智地选任统治者。这两条建议，都与宇宙之逻各斯的思想相一致，这一思想可以解释为：宇宙受普遍法则的支配。这两条主张还隐含了，理性即是对这些普遍法则的理性把握，而理性既适用于宇宙学，也适用于伦理学和政治学。但赫拉克利特不是一个原始民主派，他对“傻瓜们”和“群氓”没什么耐心。“大部分人的老师是赫西俄德，这些人相信，他知道大多数事情，但他甚至不明白，日与夜是同一的。”
不可否认，后代哲学家们被赫拉克利特的观点所震惊，但我们不能说他们受了这些观点的“影响”，因为他们像我们一样都不太确定这些观点到底是什么意思。当然，他的同代人和后代人对他的观点有自己的解读，并肯定受到了这些解读的影响，但从这些影响出发，我们可以外推出很多种不同的思想史结果。一些人认为，巴门尼德有意将自己的哲学建立在赫拉克利特的对立面上，另一些人觉得德谟克利特在他的伦理学主张中呼应了赫拉克利特。人们在解读柏拉图时，也经常认为他是运用了对赫拉克利特的一种解读，来论证可感世界的短暂和无常，又运用了巴门尼德来论证可知世界（intelligible world）的永恒不变。在一些人看来，赫拉克利特完全处在爱奥尼亚物理学传统之中，而另一些人认为他是怀疑主义者。这就是“出谜者”这一身份所带来的命运，也是它的用处。