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云南是全国断陷湖盆集中分布的地区，这些湖泊大多为晚新生代断裂陷落形成，形态大小不一。主要分布在滇西北和滇东一二级支流源头的分水岭地带。云南省湖泊众多，湖泊资源丰富，全省湖泊面积大于1km 2 的有30余个，水面面积总和约1100km 2 ，集水面积总和约10000km 2 ，湖泊总储水量约300亿m 3 。全省湖泊面积30km 2 以上的有9个：滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖、杞麓湖、洱海、泸沽湖、程海、异龙湖，称九大高原湖泊（简称“九湖”）。
九湖是云南水资源的重要载体。九湖流域面积约8000km 2 ，湖容量近300亿m 3 。九湖流域面积约占全省面积的2%，人口约占全省人口数的11%，是全省居民最密集、人为活动最频繁、经济最发达的地区，每年创造的国内生产总值占全省的1/3以上。九湖流域还是云南粮食的主产区，汇集全省70%以上的大中型企业，云南的经济中心、重要城市也大多位于九湖流域内，对云南省的经济和社会发展具有极其重要的支撑作用，是云南省城市经济、农业经济、旅游经济和特色经济的基础资源和重要环境。
九湖主要分布于两个区域，滇西北地区东经100°05′～100°51′，北纬25°35′～27°45′的范围，分布有洱海、程海和泸沽湖；滇中地区东经102°28′～103°02′，北纬23°38′～25°02′的范围，分布有滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖、杞麓湖和异龙湖。九湖中，滇池、程海和泸沽湖属长江流域，阳宗海、星云湖、抚仙湖、杞麓湖和异龙湖属珠江流域，洱海属澜沧江流域。
九湖海拔为1414～2690m，处于高海拔地区，同属低纬度高原季风气候，流域内干湿季节分明，降雨分布极不均匀，有着冬无严寒、夏无酷暑、日照充足、日温差大、年温差小的特点。程海、杞麓湖、异龙湖属封闭型湖泊，滇池、阳宗海、抚仙湖、星云湖、洱海属半吞吐型湖泊，湖面蒸发量大，出湖水量小于入湖水量，水体容量大、流动性差。
据《2010年云南省水资源公报》，九大高原湖泊年末容水量284亿m 3 ，与2009年基本持平，滇池、星云湖、洱海年末容水量比上年有所增加；泸沽湖与上年相同；程海、阳宗海、抚仙湖、杞麓湖、异龙湖均有不同程度减少。
九大高原湖泊中，泸沽湖水质为Ⅰ类；抚仙湖水质大部分为Ⅰ类、局部为Ⅱ类；洱海为Ⅲ类，局部为Ⅱ类；滇池、星云湖、杞麓湖、阳宗海、程海、异龙湖均为劣Ⅴ类。滇池超标项目主要为pH、氨氮、总氮、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、总磷；星云湖为pH、总磷、总氮、高锰酸盐指数；杞麓湖为pH、总磷、总氮、高锰酸盐指数、五日生化需氧量、氨氮；阳宗海为砷；程海为pH、氟化物；异龙湖为总氮、总磷、高锰酸盐指数、氨氮、五日生化需氧量。
营养状态为贫营养的有泸沽湖；中营养的有抚仙湖、洱海、程海、阳宗海4个，占44.5%；轻度富营养的有星云湖1个，占11.1%；中度富营养的有滇池、杞麓湖、异龙湖3个，占33.3%。九大高原湖泊富营养化严重，蓝藻水华频繁暴发，水华面积逐渐扩大，水生高等植物、鱼类等显著减少，生物多样性下降，生态系统退化。
随着人口增长和经济的发展，云南省九大高原湖泊均出现了不同程度的水环境问题，归纳起来主要有以下几方面：①水资源普遍短缺，湖泊调蓄能力低，水资源供需矛盾突出；②入湖污染物不断增加，部分湖泊富营养化过程加剧；③生态环境恶化，湖泊生态系统退化；④湖泊淤积萎缩、沼泽化程度严重；⑤水功能降低或丧失，影响可持续利用。
近十几年来，相关部门制定了治理保护高原湖泊的相关法律法规，采取了一系列的治理和保护措施。但从目前高原湖泊开发利用与保护治理的现状来看，仍然存在以下几方面的问题。
（1）经济社会快速发展需求已超过湖泊的承载力。高原湖泊流域经济快速增长，水环境压力将越来越大。云南省有94%的国土面积为山地，坝区经济、湖泊经济是云南省长期形成的经济发展格局。流域内的经济社会发展水平、经济社会活动往往直接对湖泊产生影响。经济发展快，人口密度大，湖泊所承受的污染压力也就越大。高原湖泊由于各流域的经济社会发展水平不同，污染类型与污染程度也不尽相同。滇池的污染以生活污染为主，洱海、抚仙湖、杞麓湖、星云湖、异龙湖、程海的污染以面源污染为重，阳宗海、泸沽湖以旅游污染为主。2008年6月，阳宗海由于磷化工企业存在不同程度的环境违法行为，造成水体砷污染。
（2）面源污染加剧，水环境压力越来越大。随着九湖流域人口逐年增加，对水资源的需求量也不断加大，导致了对水资源的过度开发。水资源过度和不合理开发，生态用水被挤占并严重短缺是部分湖泊水污染严重和恶化趋势难于得到遏制的主要原因之一。经济作物种植面积不断扩大，耕地施肥强度增加，农田氮、磷流失加重等原因使湖泊水质受到不同程度污染。农村面源污染是导致九湖水质污染的重要原因。九湖流域的生活污水和垃圾随意排放和堆放，畜禽养殖废弃物污染，农业、农村面源污染严重。另外，九湖流域湖滨生态破坏问题突出。以矿业为主的开发对滇池、阳宗海、抚仙湖等流域的生态破坏和环境污染日益加重，小而散乱的豆制品加工废水排放污染异龙湖，螺旋藻养殖废水污染程海。湖滨湿地的占用使九湖流域生态系统功能受到严重损害。
（3）流域陆地生态系统脆弱，水土流失治理任重道远。泸沽湖植被覆盖率与水土流失情况并不成正比，以松次生林为主，特别是湖周植被以云南松中幼林为主，山垮河、王家湾河和三家村河流域范围内，水土流失污染较为严重。程海森林覆盖率约为38.65%，以云南松林和华山松林为主，森林质量差，水源涵养能力低。星云湖缓冲带内生态系统主要为人工生态系统，生态功能不完善，生境破碎化严重。阳宗海周边森林覆盖率较低，不足昆明市平均森林覆盖率的一半；现有森林植被多为人工纯林，森林生态服务功能较差，逆向演替明显，林地生境向贫瘠型退化；湖泊东西两侧冲沟发育，水土流失严重。
（4）环境监管力度不够。随着人民生活水平的提高，广大人民群众对湖泊水环境的要求越来越高，公众环保意识的提高对九湖流域水污染防治工作提出了更高的要求。但是九湖流域环境监测、预警、应急处置和环境执法能力薄弱，不能满足环境管理工作的要求，有些地区有法不依、执法不严现象较为突出，环境违法处罚力度不够。监管手段薄弱，企业偷排、超标排污、超总量排污的现象不能得到有效遏制。