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（1）“十一五”期间是我国进入全面小康社会的关键时期。全国各行各业必须遵照科学发展观，全面贯彻以人为本、人与人和人与自然和谐共处协调发展的方针，保持社会经济的快速发展，遏制生态环境的恶化，在节约资源、保护环境方面取得明显进展。水利建设是社会经济发展和生态环境保护的重要基础设施和不可缺少的支撑条件，水利建设的每个环节都必须体现科学发展观的要求。
（2）根据中国自然环境的特点和社会经济发展的历史背景，今后一个相当长的时期，水利发展的基本任务应是：①建立健全防洪减灾的科学体系，切实保护人民生命财产安全，尽量减少特大洪水对社会经济发展战略部署的干扰破坏；逐步建立人与洪水和谐共存的洪水防治和风险管理系统，保障可持续发展的安全进行。②采取综合措施，保证水资源的可持续利用，在节约、高效用水和全力遏制水源污染的前提下，满足社会经济发展对水资源的需求，逐步减少由于供水短缺对社会经济发展的制约作用，尽快达到社会经济发展与水资源开发利用和保护的和谐共进。③充分利用自然气候条件，局部辅以人工供水，遏制自然生态系统的继续退化和科学合理地扩大人工生态系统和恢复局部地区被人为严重破坏的生态系统，逐步建立山川秀美、人与自然和谐共处的人类生存和发展环境。要达到上述水利基本任务，是十分艰巨和需要坚持不懈地长期工作，必须始终坚持科学发展观，按照科学规律，循序渐进，既要积极推进，又不能急于求成。
（3）按照水利发展的基本任务和水利发展的现状、存在的问题，科学部署“十一五”水利发展计划。1998年长江、松花江等主要江河发生大洪水以后至2005年，水利建设得到突飞猛进的发展，治水思路有了明显的创新和扩展，同时也取得了不少新的实践经验。“十一五”期间的水利发展需要摆正巩固、改造和发展的关系，在管好、用好现有工程设施，使其逐步提高效益的前提下，积极建设新工程、采取新措施，达到水利规划的目标，提高水利在整个社会经济发展和生态环境保护中的总体作用。“十一五”期间迫切需要解决的重点内容是：加强主要江河（特别是沿江河城市）的防洪薄弱环节，提高防洪的整体能力，确保常遇洪水的安全；迅速解决广大农村居民的饮水安全和提高粮食生产用水的保证；积极推进跨流域调水工程，缓解城乡供水矛盾，控制地下水超采；全面遏制生态环境的恶化，重点推进经济发达地区的环境治理工程，加速水污染防治和水土保持工作；深入改革水管理体制。应注意的具体问题是：
1）在防洪减灾方面，薄弱环节主要存在于：大江大河干支流堤防的接合部位，城市圈堤不闭合；城乡结合部分标准低、质量差、管理缺位；江河规划中的蓄滞洪区，居民安全缺乏保障，生产条件很差，灾后恢复重建、经济补偿机制不健全，实施不到位，普遍存在的山地、丘陵区山洪和地质灾害防治滞后。在“十一五”期间，防洪减灾的计划安排，除按防洪规划继续进行工程和非工程措施的建设外，要特别重视对上述薄弱环节的加强和完善，使江河干支流堤防和城市圈堤的城乡结合部分标准协调、工程闭合、保证质量、统一管理，提高防洪的总体效益。对蓄滞洪区的建设，要从蓄滞洪区居民与防护保护区居民共同奔小康的目标出发，妥善安排住房和对外交通条件，认真解决居民赖以生存的土地和有关产业的发展空间，将灾后恢复和救济资金纳入有关地方财政的预算之中，同时推行防洪保险，使居民解除蓄滞洪运用时的后顾之忧，做到适时适量地分蓄洪水，达到整个防洪体系的安全有效运用。从中央到基层，都要十分重视山地丘陵区的山洪及其引发的山地灾害的监控和预防，开展山地丘陵区中小河流洪水风险分析，对高风险区的居民要有计划地迁移安置，既保护了居民生命财产的安全，又保护了生态环境，同时还节省了为分散居住于深山、沟壑居民修路、输电、通邮等基础设施的建设和管理费用，为山丘区居民走向小康、富裕创造条件。
2）在水资源开发、利用和配置方面：首先要提高城乡供水的安全，特别应结合解决“三农”问题，加速农村水利建设，基于以人为本的考虑和新中国成立以来对农村人民的“欠账”的补偿，应优先解决贫困和边远地区人畜饮水困难，有计划地提高农村饮水质量标准，提高农村居民健康保障；加速灌区节水和中低产田改造，适当扩大灌溉面积，提高基本农田的生产能力，保证全国粮食的稳定增产和农业结构的有效调整；城市节约用水和强化污水处理，提高中水利用是解决城市水资源短缺的主要出路；力争南水北调和其他利用出境河流水资源的引水工程能尽早发挥作用，以缓解北方地区水资源短缺的水危机；积极推进南水北调工程在内的已立项实施的跨流域引水工程，缓解严重缺水地区水资源短缺问题。
3）在保护生态环境和解决生态环境需水方面：根据中国综合自然区划，全国分为三大区域，即：东部季风区，西北干旱区和青藏高寒区。东部季风区和西北干旱区、青藏高寒地区中部分降雨量大于400mm的温湿地区，总面积大约占国土总面积的50%，人口占全国总人口的95%的地区，雨热同期，水分和热量都可以保证草原和森林草原的生态系统良性生长。形成生态环境的退化，完全是人类活动所造成的。主要是：过量开发利用土地和水资源，使河湖的基本功能退化；北方大量超采地下水，形成大面积的地质和水质灾害；城乡污染物的急剧增加，造成地表水和地下水水质的严重恶化，对人和自然生态系统生存和繁衍形成致命的危害。保护生态环境最重要的是控制人对自然的干扰，改变人对水土资源开发利用的不良方式和政策。水利工作要为这些措施提供支撑条件，也就是要为保持现有生态环境状况，不使继续恶化和局部生态环境严重破坏地区（如华北地下水超采区）提供必要的生态环境需水。在东部地区主要是合理满足河流中下游和河口地区维持河流基本功能的河道内用水；关于湿地保护，在不再缩小现存湿地面积的前提下，对国家确定保护湿地中的核心部分适当进行人工补水，其他湿地应由大自然的水热条件调剂其生存需水；在东部地区“退耕还湿”、“退田还湖”和生态环境的重建靠人工供水都是不现实的。城乡提高绿化水平，建立河湖水系，是必要的，但必须考虑水资源供需条件，控制人工绿地和人造河湖水域面积，选择节水型林草品种，采取科学的绿化方式。对西部干旱和高寒地区（大约占全国总国土面积的1/2和全国5%的人口）生态环境的保护，最关键的是严格控制人工绿洲的扩大，必须严格限制开荒，盲目扩大耕地和盲目引水改造沙漠；要按草原合理的载畜能力开发利用草地，适当解决草原人畜供水和发展少量灌溉草地，调节过冬饲料；要合理地调控和调度水资源，维持主要河流的河道内用水和湖泊水域。保护生态环境的关键问题还在于积极防治城乡污染，如果不能按河湖水域功能区划的水质标准达标排放，生态环境需水是永远得不到满足的。水土保持既是生态环境的必要工作，又是江河治理、防洪减灾和改善山地丘陵区居民生存发展空间的重要措施，在水利发展中应给予重点安排，除继续加强黄河、长江和其他大江大河上中游水土保持工作力度外，对东北地区的黑土地保护、西南地区“石漠化”问题要特别给予关注，尽快控制其不断恶化的局面。此外，滨海区的土地盐碱化，土地改良所需淡水在水资源的配置中应给予适当考虑。
（4）要使水利事业按客观规律健康地发展，必须抓好“两头”的工作：一头是做好建设的前期工作，使江河流域综合规划、工程项目的可行性研究和具体设计提高到一个新水平。充分体现以人为本、全面、和谐的科学发展观，体现可持续发展的基本要求。要使规划、设计的指导思想、措施原则以及江河治理的对策方针，能在总体布局、具体措施以及投资分配中得到实际反映；要积极主动协调处理地区之间、部门之间、行业之间的关系，要自觉地摆脱地区、部门和行业的局限性；要真正站在国家和全局利益的高度，科学地开展前期工作。在前期工作中要积极合理地采用先进技术，必须注重实际的社会、经济和生态效益，避免过分追求时尚、尖端、超前和缺乏实际效益的所谓“新技术”，在前期工作中，需要安排必要的新技术开发利用的科研专题研究，要有科学根据地突破已有规范标准的限制。另一头是进一步做好管理工作，希望“十一五”期间使“重建轻管”的历史顽症得到明显的改进。要做好管理工作，首先必须对已有的各种水利工程设施的维修、养护、更新、改造工作落到实处，健全规章制度，落实经费渠道，提高管理队伍的人员素质和科学技术水平。随着社会经济体制的改革，水利管理的内涵不断扩大和更新，除要求工程设施长期保持良好工况外，要求通过科学的调度运用，充分发挥工程设施的效益；过去工程设施服务对象比较单一，现在则须面向多种行业、多种服务对象；同时每一类服务对象的工作内容也在不断更新之中，如防洪减灾中的风险管理，水资源供需中的随机适时调整和多种供水水源的合理调配等。面对新的形势，要做好管理工作，必须有一支高素质的队伍和必要的技术装备，在修建工程设施时必须同时考虑管理的需要，并筹建管理机构，配备管理人员，落实管理经费。当前水利管理工作的历史“欠账”很多，特别是基层水利，机构不健全，经费不落实，人员庞杂，素质很低，必须进行彻底整顿改革。才能适应发展需要。