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中国水资源问题主要包括：水灾防治，水资源开发利用，水环境保护和改善。这是三个互相紧密联系而又必须区别对待的问题。
水灾包括：洪、涝、潮、渍、碱等多种灾害。灾害的形成是自然地理条件和人类社会经济活动的综合结果。水灾防治的实质是控制和处理多余的地表水和地下水，防治的措施必须是科学技术与社会经济手段的密切结合。
当前水灾防治的主要问题是：以科学技术为基础的工程措施，能力有限，发展不平衡，只能使大江大河的重点保护地区（如黄淮海平原、长江中下游平原、松辽平原和沿海局部地区）达到防御常遇洪涝水的能力（即10~20年一遇的防洪标准和3~5年一遇的除涝标准），遇到大洪、大涝、大的风暴潮，必须采取临时措施，牺牲局部，保全大部。同时，人类和社会经济活动在不断削弱防灾措施的能力和增加人为灾害的速度。如河湖萎缩；人为设置行水障碍；森林及天然植被的减少和破坏；基本建设对河流自然流路的限制破坏和增加人为的水土流失；行政分割，边界水利纠纷增多，形成新的地区之间矛盾等。其结果是：每年治理提高的防灾能力，抵消不了人为削弱的能力。年年治水，水灾不见减少，损失越来越大，固然有社会经济增长的必然因素，但人为增加灾害是不容忽视的。
出路何在呢？①提高全社会的防灾意识，要将防灾作为全民的行动。②跳出单一地依靠工程措施防灾，加强综合治理，点、线、面措施（控制性工程、河道整治、水土保持）密切结合，工程与非工程措施紧密配合。③加强法治，统一规划，各部门协调行动，按流域水系统一调度管理。使水灾的危害控制在社会经济能承受的范围之内。
水资源的开发利用，首先是要满足人类生存所必需的生活用水和食品生产用水；其次是水资源的综合利用，如水能利用（发电和航运），水域利用（水产养殖、水利旅游等）等。其前提是必须保持人类生存发展所必须的生态系统的最低需水要求。
当前水资源开发中存在的主要问题是：①供水紧缺与普遍浪费并存。②开源增水条件困难，代价很高。③水源污染，水质下降，可利用水资源减少，不少地区从多水区变为污染性缺水。④由于水资源时空分布不均，不少地区由于水资源的开发利用受到限制，直接影响其他资源的开发利用和社会经济的发展。
解决水资源问题，不仅要有量的满足，而且要有质的保证。办法还是开源节流和保护并重，不可偏废。北方属于资源性缺水，南方属于工程性和污染性缺水。
北方干旱、半干旱地区要以年降水量作为可利用水资源量的上限，充分利用降水量，提高年降水量的利用率，是走出水危机的重要途径。在北方干旱、半干旱地区推行分散的雨水集流措施，解决人畜饮水的困难和发展分散小面积灌溉，使非常缺水的地区（如黄河上游西海固地区）获得起码的生存条件，当然地表径流的利用和各种保墒措施的配合也是不可少的。黄淮海平原及灌区，要合理利用地下水，并对地下水进行科学的调控，增加雨水对地下水的补给和减少土地水分的无效蒸发，可以在很大程度上满足当地需水要求。在北京东南郊，通过18年的试验研究，证明年降水量600~650mm可以保持地下水基本平衡，年降水800~900mm无涝碱灾害和径流损失，近10年来在没有河水补给的情况下，粮食产量增长3倍，生产稳步发展。在南方多水地区，要继续修建供水工程，满足城市工业供水并提高水资源综合利用水平。跨流域引水，补充缺水地区的水源，虽然工程艰巨，费用大，解决问题有限，但势在必行。
节约用水，逐步建立节水型社会，应当是长远的国策。它是一项长期的工作，需要大量投入，缜密的计划，综合措施，坚持不懈，才能逐步见到效果。如果急于求成，措施失当，也可能事倍功半。也不能对节水寄托过高的希望，认为只要一提节水，水危机就都可解决，这是不切实际的。
防治水污染，既是保护环境的需要，又是节水的重要措施，又是保证水质的关键所在。抓水源保护、水污染防治，要与抓水利建设、抓增加水量同样下力气，同时大力增加投入，要放在更重要的位置上。
通过近50年的大规模水利建设，在很大范围内水环境有所改善，不少的地区建立了良好的人工生态环境，如一些大型灌区，西北干旱地区的人工绿洲。但是水污染普遍存在，大面积地下水超采，部分河流下游水量大幅度减少，甚至长期断流，湖泊干涸或面积缩小，以及部分地区水土流失的加重，这些都是不容忽视的水环境恶化。
控制和改善水环境的恶化是当前和21世纪最重要的水利任务。在南方要控制和治理河湖水库等水域污染，这与建设新水源工程同样重要，而且应放在优先地位。在北方，水资源紧缺地区，除防治水污染外，还须在开发分配水资源时，要把环境用水作为重要的用水组成部分，绝不能以大面积的水环境恶化为代价换取部分地区的过量利用水资源而获得的局部利益。水资源紧缺地区，必须研究水资源的承载能力，适当分配社会经济发展和保护环境的需水。
我国的水资源问题十分复杂，既有自然资源问题，又有社会经济问题。值得全社会广泛深入研究，共同关心和解决我国的水问题。中国水资源的数量虽然紧缺，但只要科学治水、用水，满足中国人的生存和发展还是完全可以做到的。