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由于河流生态修复涉及的空间单元不同，需要在不同单元和尺度内对制度、规划和方案进行协调，包括全国、流域、河段等尺度。这种协调通常包括以下内容：
（1）国家法律、地方法规和相关政策。这些法律法规和相关政策可确定河流生态修复的优先目标，例如，水质改善目标，或者最需要保护和修复的生态资源。
（2）国家、流域或区域尺度的河流生态修复战略规划。这些规划可能涉及河流生态修复的优先领域和总体要求，提出规划目标，同时为区域或具体项目层级的有关决策和资金安排提供框架。
（3）河流生态修复项目方案。这些方案明确某特定干预措施的目标和做法。这类方案可针对某个特定区域（如河段尺度的河岸带修复项目），或某个特定问题（如改善河流水文情势）。
上述三种协调关系呈现出一种自上而下的层级结构，其中法律法规和相关政策为河流生态修复规划指明方向，而规划又为项目层级的修复方案提供指导（图3.3）。
图3.3 河流生态修复政策、战略和项目实施方案之间的层级关系
在实践中，河流生态修复战略规划的制定可采用多种方式，并需要满足现有的法律、政策、计划和项目要求。因此，如已制定相关国家政策（如西班牙《全国河流生态修复战略》，见专栏7），河流生态修复战略规划可以自上而下开展；对于那些在地方先行开展河流生态修复的，其国家层面的相关政策或战略会根据地方实践进行调整的情况（如美国华盛顿州《皮吉特海湾鲑鱼恢复计划》；专栏7），也可以自下而上开展河流生态修复战略规划。事实上，自上而下和自下而上两种规划方法可以交替使用，多瑙河流域就是一个最好的范例。
1.西班牙
作为欧盟成员国之一，西班牙致力于实现《欧盟水框架指令》制定的旨在改善水体生态状况的目标。《欧盟水框架指令》是指导西班牙河流生态修复活动的一项关键政策。为配合并满足“水框架指令”的要求，西班牙环境部于2006年颁布了《全国河流生态修复战略》（专栏8）。该战略将制定全国性的原则和规程作为目标，协助流域管理机构执行《欧盟水框架指令》，并确定纳入流域管理计划的河流生态修复措施（图3.4）。
图3.4 西班牙河流生态修复措施的层级结构
2.美国哥伦比亚河
哥伦比亚河的修复工作主要通过三种层级的管理进行协调：①流域层级，涵盖计划的愿景、科学基础、生物目标、总体战略和实施规定，所有这些都在整个规划中得以体现，并在整个流域尺度得到实施。②生态区层级，哥伦比亚河流域被划分为11个生态区，每个生态区代表一种独特的地形及相关的生物群落类型。③亚流域层级，包括一个综合计划和两个单独的计划。综合计划包括58个亚流域和哥伦比亚河主河段的具体目标和措施，其中一个单独的计划将哥伦比亚河主河道和斯奈克（Snake）河的管理结合在一起，另外一个计划是有关哥伦比亚河河口的保护管理。亚流域管理计划由美国西北电力和保护委员会（Northwest Power and Conservation Council）于2005年编制，确定了哥伦比亚河流域位于美国境内的栖息地和鱼类及野生动物种群的优先保护和恢复战略。这些管理计划为该委员会《哥伦比亚流域鱼类和野生动物保护计划》（ Columbia River Basin Fishand Wildlife Program ）的实施指明了方向。该委员会将每年大约2.5亿美元的电力收入用来保护和改善受水力发电影响的鱼类及野生动物的生存状况。亚流域管理计划综合考虑了由其他方提供资助的战略和行动计划，确保每个计划均可服务于该委员会遵从的《西北地区电力法 》（Northwest Power Act ）的各项目标，同时满足美国《濒危物种法》（ Endangered Species Act ）和《洁净水法》（ Clean Water Act ）的各项法规要求。
3.美国华盛顿州皮吉特海湾
按照美国华盛顿州水资源法的规定，华盛顿州分为若干水资源规划区，被称为水资源存量区（WRIA）。《皮吉特海湾鲑鱼恢复计划》（ Puget Sound Salmon Recovery Plan ）于2007年通过。在编制该计划时，许多水资源存量区已开始开展流域恢复规划。该计划强调了当地知识的重要性、恢复工作的归属感，以及生态恢复用于保护当地亚流域特征的必要性。因此，该计划综合考虑了当地亚流域的具体恢复计划。每个亚流域已经制定了自身的鲑鱼恢复策略，而整个《皮吉特海湾鲑鱼恢复计划》则确定了针对所有亚流域的十大行动计划。
4.澳大利亚昆士兰州东南部
《昆士兰州东南部自然资源管理计划》（2009—2031）是澳大利亚昆士兰州东南部地区的一个综合性的规划文件，确定了该地区环境和自然资源状况方面可量化的目标，其中包括水资源的目标。河流生态修复作为一项重要的管理举措，有助于实现《昆士兰州东南部自然资源管理计划》和《昆士兰州东南部健康水道管理战略》（2007—2012）中需要达到的区域性目标。该项战略包含多个具体计划，如《非城镇地区分散污染源管理行动计划》，其目标是在2026年前将非城镇地区的分散污染负荷减少50%。
5.澳大利亚墨累达令河流域
澳大利亚《墨累-达令河流域管理计划》确定了整个流域中各个亚流域的“可持续引水限量”。“可持续引水限量”是为实现生态目标，流域中不同地区可承受的长期平均引水量。在流域中的许多地方，拥有取水权的消耗性用水户的取水量大多已超过了流域计划设定的引水限量。为了使该计划得到有效的实施，澳大利亚政府制定了针对墨累-达令河流域的水资源恢复战略，提出了减少消化性用水量、改善环境流量的方法。这些方法包括提高用水效率的投资措施以及从农场主和其他用户手中回购取水权等。《墨累-达令河流域管理计划》提供了相关的框架，用于指导“恢复平衡”（restoring the balance）回购计划，确定生态环境所需要的水资源的地区和水量。
6.英国横跨汉普郡、威尔特郡和多塞特郡的埃文河
为支持英国埃文河（River Avon）的修复工作，英国环境署、英国自然管理局（Natural England）、威塞克斯水公司（当地一个公用事业公司）以及多个渔业和自然保护基金共同制定了《埃文河修复战略框架》（图3.5）。该战略制定了对该河流200km的干流及其主要支流进行物理性修复的计划。该修复计划是应对埃文河流域问题的众多计划之一，另有其他项目针对该流域其他方面的问题，如水流、水质、分散污染源和水位管理等。该战略的作用与其他主要修复项目类似，属于整个埃文河流域总体规划和行动计划的一个组成部分。
图3.5 《埃文河修复战略框架》
除了上述这些需要协调的内容之外，还有许多跨领域的综合性问题也需要协调，具体包括以下几点：
（1）水资源管理体系，确保与其他流域水资源管理工作保持协调一致。
（2）科学研究，提供科学依据，从物理学和社会学的角度评估各种问题、风险、优先领域、行动对策，并监测和评估行动的有效性。
（3）提供用于河流生态修复的资金，确保实施和维持河流生态修复措施资金的可用性。
（4）利益相关方的参与，为规划过程提供建议，这有助于河流生态修复的优先次序的确定，同时也保证了规划可以得到社会的支持和遵守。
（5）机制安排，确保相关体制机制可以保障不同方面的行为协调一致。
流域规划至关重要，是确定流域内水资源开发利用目标、规范流域内的开发利用和保护活动的顶层设计。河流生态修复规划制定时，应与流域规划进行协调，河流生态修复规划可视为实现流域规划目标的一种途径。涉水规划的层级关系如图3.6所示。例如，澳大利亚2012年制定的《墨累-达令河流域管理计划》，确立了有关该流域的总体目标（专栏7），同时该流域的《水资源恢复规划》提出了实现流域规划中有关用水量上限和环境流量保障目标的具体措施。
图3.6 涉水规划的层级关系
河流生态修复规划的地位有时可能超越流域综合规划。例如，当已经制定了国家层面的河流生态修复总体战略时，就需要制定或调整流域规划，以确保流域规划满足总体战略目标的要求。国家层面的河流生态修复战略与其他涉水规划的关系如图3.7所示。例如，在西班牙，《全国河流生态修复战略》就规定了流域规划中必须采纳的原则、规程和措施（专栏7）。
图3.7 国家层面的河流生态修复战略与其他涉水规划的关系
河流生态修复规划不可避免地会与水资源管理涉及的其他涉水规划相重叠。这种重叠即可能是协同的，也可能是冲突的。这表明，制定河流生态修复规划的人员和制定其他涉水规划的人员必须重视之间的协调，以确保不同规划保持一致。河流生态修复规划应满足以下要求：
（1）认识到其他规划可能会影响河流生态修复。
（2）为其他规划提供支持。
（3）推动其他规划的调整，以实现河流生态修复目标。
在河流生态修复规划制定和实施过程中，必须考虑到上述风险和机遇。图3.8具体阐释了河流生态修复规划与其他相关规划之间的关系。
流域水量分配方案确定了同一个流域内不同用户的用水量。该方案对水文情势有很大的影响，包括可直接或间接地影响环境流量。如果水量是河流健康的主要制约因素，那么河流生态修复的效果可能会受到水量的影响。这时，河流生态修复规划必须注意：①在当前水量分配和流量的制约因素下，要认清什么样的措施是可行的（如在河流健康方面）。②需要建立可以调整水量分配的机制，以保证环境流量，例如，通过回购水权，或借助水量分配或水利工程调度的调节。
图3.8 河流生态修复规划与其他相关规划之间的关系
水资源保护规划需要确保河流系统中的水资源可适用于多种用途，例如，人类消费、灌溉、实现生态目标等。而改善水质往往是河流生态修复的一大目标，这是因为水质是评价河流健康的关键因素。许多河流生态修复的目标在水质差的地方可能无法实现，这时需要注意以下几点：
（1）意识到流域内不同区域的水质目标及其对河流生态修复目标的影响。例如，在水质相对较差的地方，必须确保较差的水质不会削弱河流生态修复的效果。
（2）或者调整水质目标（及其相关行动计划），例如，修订相关的水资源保护规划，使水质目标与总体的河流生态修复目标保持一致。
河流生态修复措施还能有助于改善水质，实现水质保护计划所设立的目标。
防洪规划通过综合方式管控洪水风险。防洪规划及相关措施与河流生态修复活动之间有许多联系：一方面，防洪措施对水文情势的改变及相应基础设施（如大坝或防洪堤等）的修建，可能不利于实现河流生态修复的目标；另一方面，部分河流生态修复措施（如为保护上游流域、湿地或洪泛平原所采取的措施）可减小洪灾风险。
生态保护规划可与河流生态修复规划保持紧密联系。河流生态修复规划有助于生态保护规划中对生物多样性的保护。反过来，生态保护规划可以通过限制自然保护区内的人类活动来保护河流生态修复的成果，从而为受威胁物种提供避难所，改善河湖及其滨岸带的生态状况，并降低再次开展河流生态修复的必要性。