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水体是全球生命支持系统的一个基本组成部分，也是一种有助于实现可持续发展的宝贵财富（联合国《21世纪议程》），对海洋、河流、湖泊等水体的全面认知、开发、利用和保护越来越受到全人类的高度重视。
地表水体的底层处于地球内、外圈层的边界，是自然演化与人类活动的重要承载面，对水下底质的研究有多方面的意义。第一，从水底科学研究的角度来看，水下底质可反映水下自然现象、性质以及变化规律，是海洋、湖泊地质学，地球物理学，地球化学，水下生物学，海洋工程学等多个学科的重要研究对象之一；第二，从水下资源开发的角度看，海洋、河流、湖泊底质蕴含的矿产资源、海底能源、生物基因资源、海洋渔业资源等具有重要的经济价值。第三，从水下空间利用的角度看，了解水下底质对于海洋、内河交通运输、水下管线铺设、滩涂利用和围海造地等水下及近海工程具有重要意义；第四，从海洋主权和海洋安全维护的角度看，基于水下探测的海底勘察在维护国家的海洋权益（大陆架、专属经济区）、分享国际海底权利、保障国家海洋安全，以及水下应急搜救、海洋地质灾害防护等领域也发挥着重要作用。