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内蒙古黄河流域主要包括乌海市、鄂尔多斯市、巴彦淖尔市大部分和呼和浩特市部分、包头市部分、乌兰察布市部分、阿拉善盟部分，该区水资源较匮乏、生态环境较脆弱，水资源紧缺已成为该区经济社会发展的重要制约因素。同时该区集中分布了河套、黄河南岸、镫口、民族团结、麻地壕和大黑河六个大型灌区，是农田灌溉面积比较集中的地区，也是社会经济用水大户。特别是黄河干流区有5个大型灌区直接从黄河引水，农田灌溉面积集中，人口、城市、工业密集，城市和工业用水与农田灌溉用水之间的争水矛盾突出。
农牧业上，根据水资源条件，合理配置水资源，协调生产、生活、生态用水，科学确定水土资源开发和灌溉发展规模，因地制宜地压缩耗水量大的作物种植比例，发展耐旱高产品种，发展生态农牧业，减少农牧业面源污染。对现有六个大型灌区实施节水改造配套建设，采用先进高效的节水措施，提高灌溉用水效率，提升灌溉水平；大型灌区实施节水改造后，节余水量不再扩大灌溉面积，部分节水量通过水权转换方式，跨区域、跨行业转换，优化水资源配置。继续推进“西部节水增效”工程建设，采用先进高效的节水措施，提高灌溉用水效率，扩大高效节水灌溉面积。积极推广覆盖集雨、保护性耕作和深松蓄水保墒等旱作节水技术，建设一批旱作节水灌溉示范区，提高降水利用率。积极推进水权转换工作，在保障灌溉面积、灌溉保证率和农民利益的前提下，建立健全工农牧业用水水权转换机制。
工业上，按照国家西部大开发规划、呼包鄂经济“金三角”规划，构建水资源优化配置与高效利用体系，合理配置本地水、外调水和非常规水源等各类水源。加快对高耗水行业实施节水技术改造，重点发展低用水、高附加值产业，严格控制新建高用水项目，鼓励大型高用水企业向水资源相对丰富的地区转移。积极发展循环经济，推进清洁生产，提高污水处理率和再生水利用率，培育一批循环经济示范行业和园区。全面实行最严格的水资源管理，开展废水“零排放”示范企业创建活动，树立一批行业“零排放”示范典型，加快建立科学的水资源开发利用与保护机制。加大再生水、微咸水等非常规水源利用力度，建立激励机制，鼓励企业优先使用非常规水源，加快建设一批综合利用示范工程。
根据《内蒙古自治区水资源公报》(1998—2017年）统计数据，内蒙古黄河流域1998—2002年、2003—2013年、2014—2017年多年平均水资源总量分别为44.70亿m 3 、45.94 亿m 3 和 45.84 亿m 3 ，其中地表水资源量分别为11.74亿m 3 、13.07亿m 3 和9.78亿m 3 ，地下水资源量分别为54.24亿m 3 、47.22亿m 3 和46.14亿m 3 。