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以完善江河流域防洪体系、优化水资源配置格局为重点，按照“确有需要、生态安全、可以持续”的原则，在科学论证的前提下，集中力量建设一批打基础、管长远、促发展、惠民生的重大水利工程，加强突出薄弱环节建设，完善水利基础设施网络。
加强江河治理骨干工程建设 。以东北三江治理、太湖进一步治理等为重点，进一步完善大江大河大湖防洪减灾体系，提高抵御洪涝灾害的能力。加强长江中下游河势控制和崩岸治理、上游干流治理、洞庭湖鄱阳湖综合整治和蓄滞洪区工程建设。继续实施黄河下游、宁蒙河段和上游河道治理，开工建设黄河古贤、陕西东庄等水利枢纽工程，深入开展黑山峡河段开发工程前期论证。加快淮河出山店水库、平原洼地排涝治理、行蓄洪区调整与建设等治淮骨干工程建设，推进淮河入海水道二期工程前期工作。推进海河流域蓄滞洪区建设与调整，加强重要河道治理。加快西江大藤峡水利枢纽、西江干流河道治理工程建设。全面完成黑龙江、松花江、嫩江干流防洪治理，整体提高东北地区防洪排涝能力。加快太湖流域水环境综合治理和防洪重点工程建设。加快新疆叶尔羌河防洪治理以及阿尔塔什、卡拉贝利等水利枢纽工程建设，推进大石峡水利枢纽等工程前期工作。
进一步加强防洪薄弱环节建设 。加快列入规划的流域面积3000平方公里以上的中小河流治理，使治理河段基本达到规划确定的防洪标准。在完成原有规划任务的基础上，扩大流域面积200～3000平方公里中小河流治理实施范围。继续开展山洪灾害防治，完善山洪灾害监测预警系统和群测群防体系，对重点山洪沟进行防洪治理。加强重点易涝区治理，对东北平原、淮河流域、长江中下游、珠江三角洲、闽浙沿海平原等涝灾问题突出的重点圩垸和涝区进行治理，加强区域应急排涝设施建设。加快实施大中型病险水闸除险加固，继续推进病险水库及病险淤地坝除险加固，结合2016年防洪抢险情况，进一步推进小型病险水库除险加固。开展水库清淤试点。开展重点海堤达标建设，以保护沿海地区重要城市、重要经济区、重要基础设施为重点，逐步构筑完善的沿海防潮减灾体系。加快建成国家防汛抗旱指挥系统，形成覆盖地市和重点县区的异地视频网络、覆盖重要水库和水电站的防汛抗旱调度体系。完善水文监测站网体系，提高自动化监测水平。
加快重点水源工程建设 。加快西藏拉洛、贵州马岭、重庆观景口、湖南莽山、黑龙江奋斗、云南德厚等在建水库的建设步伐，力争在“十三五”期间建成发挥效益，着力提高水资源调蓄能力。新开工建设安徽江巷、四川李家岩、贵州黄家湾、云南阿岗、福建霍口、浙江朱溪等一批重点水源工程。继续加强西南等工程性缺水地区中型水库工程建设，增强城乡供水保障和应急能力。
实施一批重大引调水工程 。加快陕西引汉济渭、甘肃引洮供水二期、贵州夹岩水利枢纽及黔西北供水、鄂北水资源配置等在建工程建设进度。坚持“三先三后”（先节水后调水、先治污后通水、先环保后用水）原则，深入做好引调水工程前期论证工作，深化引江济淮、滇中引水、引绰济辽等工程前期工作，推进工程尽快开工建设，疏通水资源调控动脉，提高区域水资源水环境承载能力，保障重要经济区和城市群供水安全。加快南水北调东中线一期受水区配套工程建设，充分发挥工程效益。推进南水北调东中线后续工程建设。根据经济社会发展新形势、新理念、新要求和黄河流域水沙变化等情况，进一步深化南水北调西线工程前期论证。
加快抗旱水源工程建设 。以干旱易发区、永久基本农田集中区、粮食主产区等为重点，因地制宜建设一批蓄引提调抗旱水源工程，通过科学配置和优化调度，发挥各类水源调节互补的抗旱作用。在中西部山丘区，以水窖、水池、塘坝等为重点，提高雨水集蓄能力，解决干旱期群众生活生产用水问题。
鼓励非常规水源利用 。加大雨洪资源、海水、再生水、矿井水、微咸水等开发利用力度，把非常规水源纳入区域水资源统一配置。以缺水及水污染严重地区为重点，加快建设再生水利用设施，工业生产、城市绿化、生态景观等优先使用再生水。加大海水淡化和直接利用力度。完善雨洪资源利用设施，增加对雨洪径流的滞蓄利用能力。积极实施人工增雨（雪），科学开发利用空中云水资源。