淮河流域由于其特定的地理位置、气候条件等情况,历史上洪涝灾害频繁。1194年黄河夺淮之前,淮河是一条直接入海的河流,河床深广,尾闾排泄通畅,黄河泛滥对淮河流域的影响较小。在经历了长达六个半世纪的黄河夺淮后,淮河水系发生巨大的变化。到1851年,淮河下游入海故道淤塞,淮河洪水汇聚洪泽湖被迫改道入江。原先比较畅通的水系,由于黄河夺淮期间洪水所带的泥沙,造成河床淤垫,洪泽湖底淤高。中游洪水下泄缓慢,一遇大水便加剧中游地区洪涝灾害。
据统计,1856—1948年,淮河水系发生特大洪涝灾害的年份有1866年、1887年、1889年、1898年、1906年、1916年、1921年、1931年和1938年,其中1887年、1938年的洪涝灾害为黄河洪水所造成,而1938年的洪涝灾害完全是人为扒口所造成;沂沭泗河水系特大洪涝灾害年有1890年、1909年、1911年、1914年和1947年。
根据史料记载,历史上淮河流域以1593年的洪水为最大,水灾遍及120个州县,淮北平原地区洪涝并发,灾情最为严重。沂沭泗河水系以1730年的洪水为最大。由于该年水灾,次年春灾,以致“米价如珠,藻满市,人相食,民多逃亡”。20世纪中,1921年的洪水造成淮河上、中、下游普遍成灾。据文献统计资料表述,1921年,淮河流域水灾损失计:淹田4903万亩,损失禾稼3267万石,毁房88.1万间,灾民766万人,死亡2.49万人。1931年洪水造成的灾害遍及流域内豫、皖、苏、鲁四省100多个县。当年除里下河开启归海坝3处外,里下河东西堤还溃口80多处,加之当地暴雨成涝,里下河地区尽为泽国。据统计,全流域淹没农田7700余万亩,受灾人口约2000万,死亡人数约22万。1938年的洪水灾害是由于当时国民党企图阻止日军西进,于6月2日和6日先后在黄河赵口和花园口扒开黄河南堤所造成(造成黄河原河道断流达9年之久,至1947年黄河才回归原道)。黄河水往东南倾泻,在贾鲁河、颍河和涡河之间地带造成严重灾害。据当年统计:受灾面积共5.4万km 2 ,黄泛区44县(市)共391万多人外逃,89.3万人死亡,死亡人数占原有人口的4.6%。
中华人民共和国成立后,淮河流域四省开展了大规模的治淮运动,取得了伟大的成就,基本建成了除害兴利的水利工程体系,洪涝灾害大大减轻。但是,由于黄河夺淮所造成的祸根以及淮河流域的气候等因素,流域内洪涝灾害仍较频繁。1949—2006年,按洪涝成灾面积统计,淮河水系较大洪涝灾害年为1950年、1954年、1956年、1962年、1963年、1964年、1965年、1968年、1969年、1975年、1982年、1991年、2003年和2007年,沂沭泗河水系较大的洪涝灾害年为1949年、1950年、1951年、1953年、1956年、1957年、1960年、1962年、1963年、1974年。全流域成灾面积最大的为1963年(10124万亩),其后依次为1956年(6232万亩)、1954年(6123万亩)、1991年(6024万亩)、2003年(3887万亩)、2007年(3748万亩),其中1963年、1956年的灾情遍及全流域。在这些年中,产生严重灾害的有1954年、1957年、1963年、1975年、1991年、2003年和2007年等。1954年的淮河大水,造成上游堤防漫决,中游淮北大堤2处决口,大片土地受淹。据统计,全流域被淹耕地达6464万亩;1957年沂沭泗河水系的暴雨洪水,造成沂、沭河地区受灾面积605万亩,南四湖受灾面积1850万亩;1963年由于暴雨时空分布不一,全流域5月和7、8两月的平均降雨量均较大,虽然1958年以来山区修建了不少水库,但由于洪水量大,以致造成灾害的面积为1949年以来最大;1975年洪汝河、沙颍河水系发生的特大暴雨,造成河南省2座大型水库、2座中型水库和58座小型水库垮坝失事及多处堤防漫决,京广铁路因冲毁而交通中断,受灾耕地1100万亩,受灾人口550万人,倒塌房屋560万间,死伤牲畜44万余头,淹死26000人;1991年洪水造成全流域受灾耕地8275万亩,成灾耕地6024万亩,受灾人口5423万人,此外,积水还淹没或浸泡了津浦线、淮南线、淮阜线等铁路干线,影响铁路交通;2003年洪水造成全流域受灾耕地5770万亩,成灾耕地3887万亩,受灾人口3730万人。