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1059年以后，这些诺曼统治者加强了他们在大陆的统治。在梅尔菲宗教会议时期，巴里和南阿普利亚的几座重要城镇还在拜占庭人手中，吉斯卡尔亟待解决的问题是征服卡拉布里亚和肃清反抗。尽管征服卡拉布里亚只花了几个月的时间，但是击垮拜占庭人在阿普利亚的最后阵地却花了大约12年。然而，其原因主要不是拜占庭帝国的坚决抵抗，而是在于诺曼人内部的分歧，因为不是所有人都赞同罗伯特成为他们的君主。况且在当时，拜占庭帝国正面临着更大的威胁，在小亚细亚，突厥人对其东部边境的威胁越来越严重。因此，当吉斯卡尔于1060年在里奇奥投降后回到阿普利亚时，他的各级诸侯表现出诸多不满，并且当他不在时，这些诸侯便掠夺了他的部分私人领地。
11世纪60年代早期，罗伯特忙于应付卡拉布里亚的新问题，并处于准备侵略西西里岛的初始阶段。因此在1063—1064年，他们从拜占庭人手中夺走塔兰托（Taranto）和马泰拉（Matera）时，都被看作其他诺曼人独自采取的行动。最终，吉斯卡尔于1067年秋天遭遇到拜占庭人支持下的严重叛乱，在这次叛乱行动中，阿普利亚的绝大多数比较重要的贵族都卷入其中，也包括吉斯卡尔自己的外甥孔韦尔萨诺的杰弗里和阿贝拉尔（Abelard）。
1068年夏天，这次叛乱接近尾声，罗伯特最终包围了巴里，这是拜占庭人在意大利统治的最后一块领地。尽管巴里能获得来自海上的支援，但围攻仍几乎用了三年时间，才最终获得成功，正是伦巴第居民间的分歧导致这座城市最终投降。
无独有偶，卡普亚的理查德也花了数年时间才接管了他的公国。卡普亚最初于1058年投降，导致该城的市民控制了城防，而后，他于1062年对卡普亚又一次进行围攻，才完全掌控了其新国都。在公国北部的一次主要叛乱则发生于1063年，绝大多数伦巴第贵族都参与其中，也包括理查德自己的女婿蒙特勒伊的威廉（William of Montreuil），他大约花了两年时间才平息了叛乱。理查德的主要盟友是卡西诺山的大修道院，其院长德西迪里厄斯（Desiderius）早在1058年卡普亚被攻陷之前就已经与诺曼人合作，以便诺曼人的权力能保护其修道院扩张土地利益。卡西诺山是1063—1065年间暴乱的主要受益人，因为理查德把从伦巴第叛军那里没收来的城堡和土地给了修道院，极大地扩大了它在公国北部的特权，该地区被称作“圣本尼狄克的土地”。
此时，对西西里岛的征服已在进行中。1059年，尼古拉二世就许诺将来承认吉斯卡尔对西西里岛的统治权，1061年后，吉斯卡尔的部队已经在西西里岛东北部建立了据点。他很快就占领了墨西拿，但是从那以后，虽然有当地希腊人的支持，穆斯林内部又有分歧，战事进展依然缓慢。只在初期，于1064年针对巴勒莫发动了历时很短的攻击时，罗伯特·吉斯卡尔本人和他主要的陆军才投入战斗，而且进攻也以失败告终——要注意到他在大陆的困难——迫使他不得不让他的弟弟罗杰主持岛上的军事行动，而且参战士兵的人数也很少。1062年初，罗杰手下只有300人，据马拉泰拉（Malaterra）所说，1063年，凯拉米（Cerami）仅以136名骑士就挫败了来自非洲北部的一支穆斯林大军。
穆斯林不能完成清除诺曼入侵的部分原因，是因为西西里岛东北部的地势易守难攻，使诺曼人能巩固并能坚守已经夺取的土地，另一部分原因是诺曼人先进的武装和战术，使他们能于1068年在米西尔梅里（Misilmeri）战胜穆斯林，但胜利的更重要的原因还是由于穆斯林各阶层的内部分歧。罗杰伯爵的统治沿着北岸逐渐延伸扩大，直到1068年最远处已接近巴勒莫。但是直到1071年4月巴里投降后，他才腾出足够的武力对巴勒莫进行新一轮的攻击，这一次有了海军的有效支援，而1064年就是因为缺少海上支援才使对巴勒莫的进攻未能成功。巴勒莫于1072年1月投降。
占领该岛其余地方又用了大约12年的时间。在整个11世纪70年代，罗伯特·吉斯卡尔都在全力镇压大陆的一次又一次的叛乱，并继续企图吞掉贝内文托和萨勒诺公国剩余的领土。到11世纪80年代初，他的心思主要放在侵略拜占庭帝国。从1072年以后，他再未涉足西西里岛。1074—1075年和1081年，罗杰伯爵被两度紧急召回到大陆，来帮助镇压当地的叛乱，而罗杰这两次离开西西里岛，都导致该岛局势发生了严重的逆转。尽管局势逆转且有小批部队卷入其中，但由于他于1077年攻陷特拉帕尼（Trapani）以及两年后夺取陶尔米纳（Taormina），占领了埃特纳山地区[卡斯特罗乔瓦尼（Castrogiovanni）除外]，因此西西里岛的西部边境还在他的掌控之下。大陆的各种棘手难题和他们各阶层间的内部分歧，导致他在其后的几年中少有进展，但是新一轮进攻在很大程度上镇压了11世纪80年代中期再度出现的抵抗。叙拉古（Syracuse）于1086年10月被攻陷，阿格里琴托于1087年7月被占领，最终卡斯特罗乔瓦尼[现代的恩纳（Enna）]也很快被夺取，布泰拉（Butera）则于1089年夏天被攻占，穆斯林控制的最后一座城镇诺托（Noto）于1091年2月被攻陷。
在大陆上，攻陷巴里最终完成了对原拜占庭领地的征服。但是罗伯特·吉斯卡尔的统治从来没有完全稳固过。他于1072年秋天为了镇压又一次叛乱从西西里岛返回，这次叛乱使大部分阿普利亚沿海城镇的诺曼贵族卷入其中，也包括他自己的几个亲戚，即萨勒诺的吉素尔夫和卡普亚的理查德。最顽固的反叛者就是他兄长的两个儿子，也就是他的侄子阿贝拉尔和赫尔曼，他们从未忘记罗伯特篡夺了他们认为本应属于他们的阿普利亚的诺曼领袖的合法位置。
虽然阿普利亚的叛乱很快被镇压下去，但是阿贝拉尔坚守他在圣塞维利诺（S.Severino）的堡垒直到1075年前后，一年后他又一次叛乱，并在他位于阿加塔·迪·普格利亚（S.Agata di Puglia）的基地公然反抗公爵长达约两年之久。就在他最终战败的几个月以后，又出现了一次范围更广的叛乱，起因是罗伯特为其女儿结婚而要求他的诸侯给予经济“援助”。
这次叛乱，不仅坎尼（Canne）伯爵赫尔曼参加了，还有罗伯特·吉斯卡尔的另外两个侄子，即孔韦尔萨诺伯爵和蒙特卡格里奥索（Montescaglioso）伯爵，此外参加叛乱的还有圣安杰洛（S.Angelo）、安德里亚、吉奥文纳佐（Giovenazzo）的各位伯爵。甚至在很短的一段时间内，罗伯特竟然失去了巴里，尽管当他亲自出现在阿普利亚北部时，叛乱很快被镇压下去。1081年，当罗伯特·吉斯卡尔正在亚得里亚海另一端攻打拜占庭人时，阿贝拉尔和赫尔曼又组织了最后一次叛乱，迫使罗伯特·吉斯卡尔不得不于1082年返回意大利，用了大约一年时间才将其平息。此时，他好像已失去了耐心，以前对待叛乱领袖都一向仁慈，可是现在却使用更残暴的手段，包括完全摧毁了坎尼。
这些不断出现的麻烦主要与诺曼人有关，而阿普利亚的伦巴第居民很少参与。虽然有这些问题存在，而且他们之间又相互敌视，但在11世纪70年代，卡普亚的理查德和罗伯特·吉斯卡尔还都试图吞并余下的中西部地区小国来完成他们对领地的掠夺。在这里他们只是取得了部分的成功。阿马尔菲于1073年10月承认罗伯特的统治，就是为了寻求保护，以抵抗萨勒诺的吉素尔夫的侵扰。萨勒诺本身也在1076年遭到6个月的围攻后被攻陷了，教会的谴责都徒劳无功、毫无用处。但是，卡普亚的理查德却难以攻克那不勒斯，罗伯特在贝内文托末代大公死后也没能攻下该城，因为这个末代大公远见卓识，早在几年前的1077年就将他的城市投归于教宗的统辖。这些障碍阻碍了他们在阿普利亚完成其巩固诺曼统治的努力，而且，那不勒斯和贝内文托虽然在南意大利孤立无援，但始终坚持作为独立的要塞。因此，从这个极其狭义的角度上讲，诺曼人并没有完成征服南意大利的事业，而不断出现的对罗伯特·吉斯卡尔的反叛也显示出统治者内部的疏远，相当不团结。