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西方教会的法律基础在12、13世纪经历了重要转型。在这一时期，教宗立法体制有了大幅度进展，其形式有公会议颁布的法令，也有教宗决议。教廷司法权得到进一步扩张，形成了内容丰富、系统完善的判例法（case law）体系。教会的法律，即所谓“教会法”（canon law）成为欧洲当时正处于形成期的各大学中的一门课程，继而促进了评述与分析体系的形成。其造成的结果是教会法进一步趋于多样化、复杂化与精准化。这一发展的原因要从欧洲政府与管理的整体发展中去寻找，和中世纪中期的历史也有关系。普遍观点认为，教会的改革运动始于1046年德皇亨利三世（Henry Ⅲ）对教廷事务的干预，教会植根于法律的观念开始流传。改革者还借助法律使教士与平信徒加深了这一印象。这些情况都促进了人们研习法律的热情，而教会立法体制的更新也由此开始。
1046年以后的百年间，在各地的图书馆和档案馆搜寻法律的相关资料，并加以整理归纳以便使用，成为该历史阶段的时代特征。人们发掘出诸多教会法和罗马法文献，其中包括《查士丁尼法学摘要》（Justinian's Digest ）。很多学者都做了将教会法编纂归纳、结集成册的工作，从而深化了教宗改革运动的影响力。最引人注目的是卢卡（Lucca）主教安瑟伦（Anselm）的法律文集（1083），他本人是教宗格列高利七世的密友。他围绕教宗至高权柄展开的工作从侧面反映了教宗的改革计划。安瑟伦是史上首位系统收集正义战争论相关资料的教会法学家，该主题与当时德皇与教宗公开决裂以及正处于十字军运动风口浪尖上的历史时代有直接的相关性。枢机主教狄乌迪弟（Cardinal Deusdedit）编纂的法律文集（1087）和枢机主教圣格里斯格诺的格列高利（Cardinal Gregory of St Grisogono）的《坡里卡普教会法文集》（ Polycarpus ，1111）也属此类。
法国沙特尔主教伊沃（Ivo of Chartres）在他的法律文集（1090年代）中表达出较为温和的立场：他的《教会法手册》（ Panormia ）是一部影响深远的法律指南，而包含多达3760个章节的《教令集》（ Decretum ）则是那时内容最为翔实的教会法文库。相较前人，伊沃的著述涵盖了更广阔的主题与领域。他和前人一样，都只是将可靠的权威性文献资料整理成集，而未加入他自己的评述论断。不同的是，他在正文前写了序言，表达出其试图调和观念相左之权威资料的“学术”规划。伊沃鼓励使用其文集的人士要学会在看似矛盾的教会法规中辨明方向，应知晓它们出自不同的权威、有各自的适用领域与可靠价值。人们从他留下的大量书信中可以看到，他在一些具体的法律问题上有自己的观点，这些信件很多都是他给向其咨询法律问题的其他主教的回复。
伊沃本人并未将他在教会法文集中提出的规划付诸实践，不过，有些教会法学家写的著作专门探讨了12世纪早期的具体法律问题。最著名的是列日的阿尔热（Alger of Liège）写的《论仁慈与公正》（ Liber de misericordia et iustitia ，问世于1101年之前）一书，该书探讨了当时教会中存在的问题，包括鬻卖圣职和不称职教士所行圣礼是否有效等问题。阿尔热在书中除了引用权威法律文献外，还提出了自己的论证与结论，相比于伊沃显然是向前进了一步。
前文提及的法律文集大都包含罗马法的一些相关条目。《狄奥多西法典》（ Theodosian Code ，438）早已为世人所知，在中世纪早期也得到普遍运用。囊括《狄奥多西法典》大部分内容的《西哥特罗马法》（ Lex Romana Visigothorum ，506）在9世纪为《伪伊西多尔教令集》（Pseudo-Isidorian）的伪造者所利用。在530年代，罗马皇帝查士丁尼命人将数百年间罗马帝国立法、司法的相关记载结集成册，形成多卷本国法大全，不过，直到12世纪，该全集在西欧法律历史上产生的影响都极为有限。12世纪早期，这一内容庞杂的法律体系和教会法一并成为法律专业学生系统学习的科目。
教会法文集将手边零星片段的罗马法纳于自身之中，这为重新挖掘查士丁尼的法规汇编提供了窗口。狄乌迪弟是最早引用《新律》[ Novellae ，其广为流传的中世纪拉丁译本即《查士丁尼法规汇编》（ Authenticum ）]之人。1090年代，无名氏的《不列颠法律汇编》（ Collectio Britannica ）和伊沃都引用过《查士丁尼法学摘要》的第一部分（ Digestum vetus ），那明显是后来重新发掘的文献残卷。《查士丁尼法学摘要》的最后一部分（ Digestum novum ）在《坡里卡普教会法文集》中有所体现。而直到1140年以前，还没有什么证据能表明《查士丁尼法学摘要》的中间部分（ Infortiatum ）曾得到运用。
这类文献的搜集整理工作为系统法律学术研究工作的开展奠定了基础。12世纪上半叶正是大学形成的雏形期。博洛尼亚大学是最早的法律研究中心，最晚到1130年代，那里已经活跃着一批教授法律的专家。罗马法研究领域内包括布加鲁斯（Bulgarus，卒于1166年）和马丁努斯·哥西亚（Martinus Gosia，卒于1160年）在内的“四博士”（ Quattuordoctores ）都是研究与讲授查士丁尼法律文献的大师。
博洛尼亚大学的法律教授里有一位名叫格拉蒂安（Gratian）的人，他于1139年完成了教会法教科书的校订工作，这就是《教会法规歧义汇编》（ Concordia discordantium canonum ），亦即人们所知的《格拉蒂安教令集》。关于格拉蒂安其人，我们所知甚少，只了解他对其著作至少进行了一次修订工作。他可能在1143年威尼斯的一个案件中以法律专家的身份出现过，但他究竟是一位主教还是一名修士，后来出现的材料可谓众说纷纭，我们也难下定论。
《格拉蒂安教令集》第一修订本中包含约1860个法令。第一部分不厌其烦地介绍了神职人员祝圣和生活的要求，该部分的法令被编录为36个主题，每一个主题又分为2—11个问题。在第33个主题中，突然插入了一篇论忏悔的长文（ De penitentia ）。格拉蒂安和前人一样都善于借鉴各种材料，包括大公会议和行省会议通过的法令、教宗教令、教父文献、《伪伊西多尔教令集》、赎罪书以及世俗法令等。格拉蒂安在《教令集》的各个部分都以商榷的方式探讨每一个法令，运用沙特尔主教伊沃介绍的早期经院主义的论述方法，以消除人们对同一法令所持的异见。
人们将他的著作用作教学工具（这是一本有理有据的法律教科书），也视其为人类进入第一个千禧年后的教会法学宝藏。就其被誉为法律宝藏而言，或许还有些名不副实，正由于这个原因，1140年代出版了该书的第二修订本，这一版本内容要比前者丰富一倍，包括了近3800个法令。这一版《教令集》的重要变化就是增加了第三部分《论圣礼》（ De consecratione ），即有关圣礼（尤其是洗礼和圣体）方面的内容。此外，《教令集》的其他部分也做了增订。第一部分被分为100个（后增至101个）条目。除了这些增订外，《教令集》还从《查士丁尼国法大全》中摘录了约200个名录，而第一修订本对查士丁尼法律资料的援引仅限于伊沃的著作和《坡里卡普教会法文集》等早期教会法文献中已经摘录过的内容。第二修订本是早期法律资料的权威性结集，得到人们的普遍认可，后来的教会法学家很少会再回到之前的法律文献中寻求依据了。《格拉蒂安教令集》两个修订本的内容与方法迥异，诸多学者都认为这两个版本的作者不同。
尽管《格拉蒂安教令集》是个人研究的产物，并未得到官方教会权威的推进，但它在中世纪接下来的历史时期甚至在中世纪之后都成为教会法教育的基石，同时亦是教会法庭的依据。公教会沿用至1917年的《教会法大全》（ Corpus iuris canonici ）也将之囊括其中。第一批将《教令集》当教材使用的教师（他们被称为“教令学家”）在原稿的空白处写下了自己的解读、评论及前后文交叉参考等各种批注。诸多教令学家都在前人工作的基础上整理出一整套批注，有些以在《教令集》原稿空白处的原始形态保留下来，有些则单独成册出版问世。12世纪四五十年代，保卡帕利亚（Paucapalea）将这类流传于世的早期批注文字结集成册。后来在《教令集》注解方面有突出贡献的教会法学家有鲁菲努（Rufinus，作品问世于1164年）、图尔内的斯蒂芬（Stephen of Tournai，作品问世于1164—1169年）、约翰尼斯·法文提努（Johannes Faventinus，作品问世于 1171年）以及才思敏捷的思想家雨格西奥（Huguccio，作品问世于 1188年之后）。约翰尼斯·条顿（Johannes Teutonicus）是《教令集》批注传统的集大成者，在1216年出版了《教令集标准注疏》（ Glossa ordinaria ）。布雷西亚的巴塞洛缪（Bartholomew of Brescia）在1240年编写《教令集外集》（ Liber extra ，见下文）的时候对《标准注疏》做了修正。
除了《格拉蒂安教令集》的注释工作外，教会法学者们还开始搜集整理新的法律条令。含有法律内容的教宗信件对他们而言尤具吸引力。此类信件的数目在中世纪盛期呈几何序列上升。教宗格列高利七世（1073—1085年在位）在位期间，每年约有不到50封教宗函件流传下来，到英诺森三世（1198—1216年在位）那里，这个数字是303封，而在教宗约翰二十二世（1316—1334年在位）时期，该数字则达到3646封之巨。其中很多信件的内容是将教宗在个人纠纷和刑事案件中的司法权威委托给地方上的教会人士，后者要负责追查案件的事实是否与教宗了解到的情况一致。这样的话，受教宗委派的法官，其判决得严格遵照教宗的指令。这类信件被称为教令集（decretals）并构成教宗判例法（papal case law）。数百年来，教宗一直在颁布教令，而到了教宗亚历山大三世（1159—1181年在位）那里，教令成为教宗管理的主要工具。他在位期间颁布的700多个教令都保留了下来。
在《格拉蒂安教令集》的编纂注释工作完成后，“教令学家”很快就开始整理教令条目。来自教宗的指令可能会运用于其他案件。因此，某项针对特定案件发出的教令在该案件结束后仍保留其作为有效法律的权威性。刚开始，教会法学家们会在他们的《教令集》手稿或其他法律书籍的空白处附上这类信件。到1170年代，单独成册的教令集开始流传，在英格兰尤为盛行。教令整理者往往会将信件中不具法律价值的话语，如诉讼当事人的姓名、有争议的财产等摘除干净。刚开始，教令整理并无什么逻辑可言，不久，该工作便趋于条理化。在教令整理工作方面取得了一项开创性成果，这就是博洛尼亚大学的法律教授帕尔马的伯尔纳（Bernard of Parma）编纂的《教会法大全概览》（ Breviarium extravagantium canonum ，1188），该著作与《格拉蒂安教令集》一并成为博洛尼亚大学法学专业的教会法必备教材。伯尔纳在该著作中收纳了912条教令。他设计出基于罗马法根源的模式，将其著作按主题分为五部书册（根据拉丁传统分别是法官、审判、教士、婚姻与罪行）。每部书还会进一步细分为若干章节。后来的教令集沿用了这种模式。
此类教令编纂的权威性在于每一个教令都出自教宗之手，而法学教授的工作是对相关文本进行甄选与整理。这意味着教宗对学校该传授哪些新法律的掌控并非百分之百。除此以外，还有一些伪造的教令被编入教令集。1210年，教宗英诺森三世试图改变这一状况。他考察了自他继位起最初12年间由教会法学家贝内文托的彼得（Peter of Benevento）编纂而成的教令集。教宗派人将该教令集送至博洛尼亚，并附以简短前言，命令那里的法律学者在法庭与学校运用此教令集。博洛尼亚大学的法学教授们整理了英诺森之前诸教宗颁布的教令，同时也将1210年之后英诺森颁布的法令结集成另外两卷，后者并未获官方认可。在教宗洪诺留三世（Honorius Ⅲ，1216—1227年在位）的命令下，教会法学家坦克雷德（Tancred）于1226年将洪诺留颁布的教令编纂成一部新的教令集。这五部教令集统称为《古代教令集五编》（ Quinque compilations antiquae ）。除教宗颁布的教令外，该教令集还囊括了教会公会议（尤其是第三、第四次拉特兰公会议）的决议以及少量帝国法规。
教宗格列高利九世（1227—1241年在位）委派佩纳弗特的雷蒙（Raymond of Peñafort，卒于1275年）负责将这五部教令集和他自己通过的法令删繁就简，集结成单册出版，这就是《格列高利九世教令集》（ Decretales Gregorii Ⅸ ，或作 Liber extra ，《教令集外集》）。《格列高利九世教令集》于1234年正式颁布，成为《格拉蒂安教令集》之后的权威性教会法文集，与收纳了2143个法令的《古代教令集五编》相比，它包含1871个法令。后来的教宗也颁布过形式类似的教令集，如卜尼法斯八世（1294—1303年在位）于1298年颁布的《第六书》（ Liber sextus ）。
博洛尼亚大学和其他地方的法学教授们讲授各种教令集，并创作出相关评注与概要性著述。评述性著作是对权威文本一字一句地进行评论注释，而概要性著作则按教令集原文的主题序列一一做出总结，不过总结每一主题的组织结构则因作者而异。教宗英诺森四世[1243—1254年在位，原名西尼巴尔德·菲斯奇（Sinibaldo Fieschi）]和枢机主教亨利·德·塞古修[Henry de Segusio，因其是奥斯蒂亚（Ostia）的枢机主教，因而被称为“奥斯蒂恩西斯”（Hostiensis），卒于1271年]编纂的《教令集外集》评注是首屈一指的。奥斯蒂恩西斯还仿照高福莱德斯·德·特兰诺（Goffredus de Trano，卒于1245年）的《概要》模式写出了《集外集》的概要[后人称之为《黄金概要》（ Summa aurea ）]。帕尔马的伯尔纳于1266年去世前在《标准注疏》中对《集外集》的评注传统作了总结。
除对不同的法律书籍做注释、评论和概要外，法学家们在12世纪后几十年开始撰写法学专著，他们不再援用权威性法学著作的文字组织模式，不过其内容仍未脱离这些权威著作。最早问世的此类作品是论述法律程序的，这并不出乎人的意料，因为罗马法中没有与此相关的内容，而《格拉蒂安教令集》也未涉及这方面。中世纪的法律程序极为倚重罗马法和教会法，因而被称为罗马—教会（Romano-canonical）法律诉讼程序。坦克雷德的《审判程序》（ Ordo iudiciarius ，1215）一书是论述此问题的重要著作，其后便是威廉·杜兰（William Durand，卒于1296年）的鸿篇巨制《法庭鉴》（ Speculum iudiciale ，完成于1271年，并于1287年有了修订版）。其他概要性作品以教会法的不同领域为主题，如主教选举、婚姻、忏悔等问题。其中最为人所熟知的是佩纳弗特的雷蒙的两部著作：《忏悔概要》（1225）和《婚姻法》（1235）。帕维亚的伯尔纳（Bernard of Pavia）也有婚姻法和教会选举法的相关著述。
关于教会法的教义在这一时期有了显著发展。不仅出现了新的法律，所有的法律条文也得到了进一步的精准化与细化。这是中世纪盛期管理机制复杂化整体趋势的一个表现，而这个趋势往往被称为“从记忆到文字”。
就教会法方面来说，其趋于复杂化也是受查士丁尼罗马法影响的一个结果。罗马法的复杂性极大地影响了教会法，后者的组成结构与精确性都来自前者。关于教会法的各种评注与分析类著作中都明显有罗马法的影子，从中世纪教会法学家们在其作品中大量参考查士丁尼法学文献的事实即可见一斑。其导致的结果就是法律学校中一种新型法律体系的发展，即所谓“普通法”（ ius commune ），或曰“欧洲公共法”（European common law），这是一种基于教会法与罗马法并同时超越二者的法律体系。在整个中世纪乃至后来的历史阶段，欧洲各地的立法与司法实践都离不开普通法。
教会法的内容基本由《格拉蒂安教令集》第二修订本确定下来，而第二修订本的主题又受到伊沃《教会法手册》的影响。除了教会内部事务（教宗权柄、教会等级、教会财产、修院生活以及异端思想等）和圣礼（包括婚姻）事务外，《教令集》还涉及现代读者眼中的一些世俗问题，如经济事务与战争法。
处理教会事务的规定乃教会法的核心。在中世纪，教宗权柄日盛，因此，英诺森三世期间通过的教会章程带有教宗君权制的色彩。长期以来，上自罗马皇帝、下至罗马贵族的世俗统治者一直都在新教宗的任命问题上有发言权，不过，今时不似往昔。1059年召开的一次罗马会议采用新的程序选出新一任教宗：由众枢机、首先是枢机主教们选出教宗。世俗人士在教宗选举过程中的角色仅限于认可枢机们的选择。第三次拉特兰公会议（1179）对教宗选举法做了修正，规定教宗候选人获得各级枢机三分之二以上选票才能当选。该规定一直沿用至今。
教宗格列高利七世的法庭记录中有一个简短声明，其中申明了自己的权柄，这就是《教宗训令》（ Dictatus pape ），它阐明了教宗所具有的法律权力。卢卡的安瑟伦搜集各种法律文献支持教宗的这些主张，格拉蒂安及后来的法学家们进一步对此做出修正。
这些规定当中有一条是教宗不能受到审判，但他能审判包括教士与俗人（皇帝与国王也不例外）在内的所有人。自5世纪起就已有了这种主张，但这并未阻止国王与皇帝们在实际中掌有审判教宗的权力。格列高利七世及其后继者的努力让这一原则得到普遍实施，教宗也成为君主式的统治者。这还带来了一个结果，即庞大教宗法律机器的诞生，其中包括罗马教廷官僚机制、教宗使节制（papal legates）与教宗代理法官制（delegated judges）。
教宗享有高于圣俗两界所有人的司法权乃是其“绝对权力”的一个方面。“绝对权力”的概念将教宗的绝对权柄和教宗委任给其他教会人士之较低的“教牧权力”（ pars sollicitudinis ）区分开来。教宗利奥一世（Leo I，440—461年在位）就是在此意义上运用这两个术语的。《格拉蒂安教令集》第二修订本中援引了利奥的说法。与此同时，在1150年前后，明谷的伯尔纳在其《论慎思》中发展并普及了这一思想。诸教宗尤其是英诺森三世都运用这一概念以证明教宗在教会及世俗界享有的至高权柄。教会法学家则通过讲演和出版接受并发展了此观念。他们证明了教宗高于人类法律的观点。他可以为了某些人、某些机构或团体（如修会或教士团体）的利益破例不走常规的教会法程序。许多这类“特权”都流传至今，如允许平信徒在圣事禁止（interdict，在某地全面禁止教会举办圣事）时望弥撒，或准许非婚生男子祝圣神父。有些注释者（当然不是所有人）甚至认为教宗作为“基督的代表”（vicar of Christ）不受上帝法律的约束。譬如，他可以免去修道院甚至平信徒缴纳由上帝设立的什一税。奥斯蒂恩西斯是众教会法学家中为教宗权力辩护之滥觞者。他断言教宗甚至能画出方的圆，当然教宗在运用权力时应审时度势、因地制宜，并且要以人民的利益为重。
随着教宗权柄有了法律的支柱，对教士阶层进行整风以使其符合基督教的理念便提上了教会日程，而对基督教理念的理解则有赖于教会改革人士。教廷得寻求将基督教理念加于时有悖逆的社会之上的途径。
改革者们想要在教士阶层与社会其他阶层之间划分出明显的界限。因此，这一时期的教会法律中充斥着强调教士之分离性的条文。教士须削发明志，不得穿着华丽衣衫，不许参与诸如战争、棋牌或狩猎等典型的俗世活动。对他们的审判不能在世俗法庭，而必须在教会法庭进行（ privilegium fori ）。他们不得花钱买官（即“鬻卖圣职”），不许结婚。这些禁令背后的基督教理念并不是什么新东西，只不过是到了11世纪中叶，教会对于推行这些禁令有了紧迫感。教廷想通过立法促进这一过程，但这很难一蹴而就。
举例来讲，即便是晚至格拉蒂安那里，他对该如何解释禁止教士结婚的法令都仍存疑虑。他提出，如果一个教士结婚了，那么婚姻的约束力量就决定了该婚姻关系是不可解除的。该教士应该做的毋宁是离开其教士职位。图尔内的斯蒂芬对此持有异议，认为这种联合算不上婚姻。斯蒂芬的观点为中世纪后来的时期定下了基调。
教宗们对教士结婚的问题也并非过分严苛。亚历山大三世还通过了特许，允准教士保持其原有的婚姻关系，不过，这种情况变得越来越少见。直到13世纪，仍有许多教士和女性生活在一起，当中还有人公开抗议过这条在他们眼中过于严厉的法律。尽管如此，反对教士结婚的禁令还是取得了一定成效：教士纳妾乃为非法，其所生子女属私生子。只有到了16世纪，强制教士独身的措施才变得卓有成效。
反对鬻卖圣职的禁令相对而言成功得多。从1059年至1123年第一次拉特兰公会议期间，多次会议上都重申了这一观点，并通过了相关法令。诸多重要的教会人士都曾撰文反对鬻卖圣职的不良行径，教会法学家狄乌迪弟便是其中一人[他于1095年写作完成《论反对僭越与鬻卖圣职》（ Libellus contra invasores et simoniacos ）]。到12世纪乃至中世纪后来的时期，公会议和教宗很少再推进相关的法律条文了，这表明鬻卖圣职已不再是一个严重的问题了。
主教选举程序变得更为严格，排除了任何世俗权势的影响。随着教宗直接掌管主教叙任权，尤其是到了13世纪，这类法令逐渐被废止。而教士选举法令依然不容小觑，因为这些法令对于中世纪后期世俗选举的程序产生了重要的影响。
教会除了整顿内部事宜外，还在人们世俗生活的法律方面产生了影响。教会从理论上证明了自己参与世俗司法领域的合法性：教会有责任阻止罪的产生，因此，任何有可能导致犯罪的人类行为都应受制于教会法。
在西欧的大部分地区，婚姻都属于教会法和教会司法权管辖的范畴。这种情况并非从一开始就如此，世俗法律中也早有婚姻法的相关内容。从一开始，在对婚姻的界定上就存在两种互相对峙的观点。发端于日耳曼法的性交论（coital theory）认为，婚姻开始于男女双方的性行为。而基于罗马法的两愿论（consensual theory）则认为婚姻始于双方同意联姻之际。格拉蒂安对这两种观点进行折中，认为婚姻是一个包含两个步骤的程序：首先双方同意结婚，而后发生性关系。与此同时，法国神学家认为婚姻的形成更基于双方同意之上。巴黎神学家彼得·郎巴德（卒于1160年）提出，如果现下双方表达了同意结婚的意愿，这本身就已形成了婚姻，而如果是以将来时态规划婚姻的，那么就需要随后的性行为才能构成婚姻。这种观点激发了活跃在巴黎的教会法学家们在1160年代采取了相似立场。亚历山大三世在其教令集中采用的是法国的观点，而非格拉蒂安的观点。其立场后来成为不可更改的权威立场。
教会还对一些可能会导致人们犯罪的经济事务做了整改，最著名的就是严禁高利贷行为，当时把在归还本金之外附加的所有回报都界定为高利贷。到了12世纪晚期，为了满足欧洲商业经济迅猛发展的需求，教会法学家开始致力于在高利贷问题上寻求法外开恩的途径。
教宗改革运动在第四次拉特兰公会议（1215）召开之际达到了巅峰，会议由教宗英诺森三世主持召开，来自欧洲各地的主教参加了此次会议。立法的激情为建构中世纪基督徒生命的大厦提供了砖石。举例来说，公会议（为了反对包括卡特里派在内的形形色色的异端派别）对信仰的内容作了界定。此外，还颁布法令要求全体基督徒在向其教区神父告解后每年至少领一次圣餐。神父则应替告解人保守秘密。
公会议严禁教士采用严刑逼供的手段，他们之前曾用烙铁、滚水等酷刑审讯犯人。严刑逼供获取的证据没有现代人想象的那样主观武断，不过它还是被罗马—教会法诉讼程序所取代，决定被告是有否有罪的是法律证据和供词。
一般的诉讼程序往往要有一位原告，即在法官面前控告的个体。在12世纪，一种称为“宗教裁判所”（inquisition）的新型程序开始在实际中运用，该程序最早是亚历山大三世在位时用在被指控的教士身上。宗教裁判所的审判无需原告，法官本人会充当原告的角色调查受控者的罪行。
英诺森三世在第四次拉特兰公会议上确立了宗教裁判所的审讯程序，格列高利九世则开始委任特殊法官“宗教裁判所审判官”（inquisitors）对受指控的异端进行审判，以找出并惩罚异端。英诺森三世曾宣布异端等同于叛国，因此审判官可以借用罗马法中审判叛国罪犯的程序来审判异端。这就允许宗教裁判所可以运用超出一般审讯程序的手段，包括采用严刑拷打的方式刑讯逼供。
1050—1300年这一段历史时期是中世纪教会法律体系日臻成熟与完善的巅峰时期。这是西欧教会在历史上自我界定逐渐明晰的关键阶段，正是在此阶段，教会树立起自己的法律支柱，这成为中世纪乃至近现代教会的一大特征。教廷的立法体制、法律学校的法学研究以及二者之间的互动关系共同形塑了教会建制。