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从基督教教会史来看，13世纪是神学思想的蓬勃发展时期。正是在这一时期，神学学科[在当时的人口中一般称为“神圣教义”（ sacra doctrina ）或“圣典”（ sacra pagina ）]有了进一步的明确界定，神学亦成为教育机构中的一门学科。构成神学教义的观点大部分是静态的，而事实上也只能如此。基督教教义主要是通过公会议和公元4、5世纪的初期教会（“教父”）时代的神学家达成一致观点而得以形成的，他们依据《圣经》确立教规时从中得出的信仰论断构成了人们宗教生活的信条和信仰法则。在13世纪之前，由创造、原罪、道成肉身、恩典、救赎、三位一体、圣礼和终末等概念构成的基本体系早已出现，而浸润于崇古重源之传统中的信仰体系很难发生本质性改变。
因此，就基要教义之根本意义而言，13世纪教会的神学架构与之前相比并无什么不同。而13世纪在两方面取得的进展让这一时期的声音响彻基督教神学的历史：其一，何谓神学研究得以确立；其二，在神学观念产生实际效果方面有了新的突破，神学的受众范围进一步向外扩展。
基督教神学的内容变得更为广泛这种说法即便并非不可思议的，也至少看似颇为吊诡。神学的领域何以延伸至教会之外？神学论断的含义怎会越过此岸与彼岸生命之意义的范畴？当然，从理论上讲这类疑问只是某种修辞式的表达，但实际情形却有很大不同。直到13世纪之前，人们理解的教会（教会自身也如此认为）都不过是中世纪社会的一个分支而已，那时，社会中的人分为三类：劳动者、战斗者与祈祷者；到了13世纪，一系列情况的变化让教会的角色也随之改变。雄心勃勃的教宗格列高利七世（1073—1085年在位）绘制了教会向世界扩张的宏伟蓝图，这在12世纪有所进展，而此时终于成为现实。教会开始进入“大统治”（big government）时代，即所谓的“教宗君权制”，教会不仅想要在更广阔的政治舞台上留下自己的印记，而且要在更深层次上产生影响，深入基督教王国的每一个普通百姓的生命中，规范其言行甚至思想。
如此看来，13世纪的基督教神学架构具有特殊的重要性，这是由于这一时期是神学骨骼架构的形成期，面对它认为威胁到自己生死存亡的内外威胁，它都做好了随时斗争的准备。尽管对于“何谓教会”这一问题给出的神学答案与800年前奥古斯丁可能会给出的答案并无实质性差异，然而政治、社会与文化现实都意味着教会及其教义所涉及的范围涵盖了西欧大多数人口的日常生活，这其中包括的既有其盼望，亦有其畏惧。
这些变化是如何发生的呢？是源于外在因素还是神学的内在逻辑？从教宗利奥九世（Leo Ⅸ，1048—1054年在位）和格列高利七世推行的教会改革中可以管窥神学进程中发生变化的关键所在。格列高利致力于让教会成为基督教世界主导力量的决心及其在提升教士阶层道德水准方面的努力，在他所处的年代可说是功亏一篑，他遭到世俗政治对手的流放，并最终客死他乡。但从长远来看，他的改革雄心最终给教会带来的改变让人们以他的名字为这一改革命名：格列高利改革（the Gregorian Reform）。我们将会看到，格列高利本人未实现的宏图伟业在其13世纪的继承人英诺森三世（Innocent Ⅲ，1198—1216年在位）那里开始开花结果。格列高利政策带来的一个长久效果是教会日益显著的教权主义趋势，平信徒被排除在教会组织、任命与决议的范围之外。与此同时，伴随着这样一个结果的产生：平信徒意识到自己个人得救的重要性并愿为之努力。在格列高利之后的一个世纪，这种圣职—俗人的分野日渐显著，随之出现了人们所说的“12世纪复兴运动”的现象。
复兴运动的一个特点在于，城镇发展及其人口数量经历了一个自罗马时代以来前所未有的增长阶段。在古老遗址上出现的新城镇成为人口密集的中心，商路上的交通要塞也发展成为城镇中心。无论在乡村还是在城市，教会和神学都影响着这一转型过程，反过来也为之所影响。教会关于城市生活的神学是具有矛盾色彩的，《圣经》中提到的巴比伦、索多玛等城市都是邪恶的代表，而人类最终期盼的则是天上的耶路撒冷城，即和平之城。面对一个薄弱的教区体制，教会领袖们意识到，那些以遁世隐修为目标的修道院团体并不能为基督的身体提供足够的服务。专业的教士为所有人代祷已不再能满足需要。满怀信仰热忱的平信徒群体如雨后春笋般出现，要想将他们的神学纳入正统的圈子，务必要向他们提供受教育的机会与适宜的教牧引导。城镇是最易接受新观念的地方，而那里的过往商旅由于没有什么传统观念的局限，很容易对正统基督教信念造成威胁。教会需要一个新的教牧团体来满足平信徒及其他信仰群体的需要。教会必须重视普通群众的宗教信仰，为其提供督导与牧灵；教会要不这么做，早有虎视眈眈者欲要取而代之。
另一方面，修道院也逐渐丧失了其主导地位。尽管循规蹈矩的生活（即遵循宗教戒律的生活）在12世纪时极为盛行，但新式教育体制的出现让修道院失去了其原先在教育领域内独霸一方的地位。修道院以前在神学领域产生着双重影响。其一，僧侣是神学研究的主体，他们创作了大量研究性作品，其中或以《圣经》经卷及主题为对象，或是探讨基督徒生命尤以修院生活为主（如默想《雅歌》的含义），或以独身守贞、灵性友谊等为研究主题。其二，修院学校为致力于进行神学研究与写作的人提供了接受教育的机会。到12世纪，这两个原先属于修院独有的角色开始面向公众开放，故而截止到13世纪，活跃在神学舞台上的演员更加多姿多彩，而更为重要的是，观众的类型亦越加多元化。新问世的神学作品不再像以前那样基本是僧侣写给僧侣阅读的了，因此也突破了原先默想与祷告的研究主题；《圣经》和神学成为欧洲世俗学校和新兴大学教育与研究的一门科目。
数百年来，教育都是以教堂、修院为中心展开的，但到了12世纪晚期，“世俗的”（之所以如此称谓是因为其教师虽有教士身份，但并未出家做修士）学校开始成为高等教育的前沿阵地。一些位于重要城市中心的学校逐渐蜚声内外，在某些学科领域的领先地位使其成为各地学生趋之若鹜的圣地。就神学而言，巴黎市区集中分布在巴黎圣母院和左岸（Left Bank，由于那些学校使用拉丁语，现在这里仍被称为拉丁区）地区奥斯定会圣维克多修道院周围的学校都是出类拔萃的。直到1200年，想在神学上有所造诣的人都会想方设法前往巴黎求学深造。
这一时期的基督教王国有了一位新教宗。英诺森三世是意大利人，在巴黎接受过神学教育，他可能还在博洛尼亚（Bologna）研习过教会法。
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他集智慧与果敢于一身，善于审时度势，从危机中寻找机遇，勇于向困境挑战。时势造英雄，他成为最接近实现格列高利七世关于教会改革之宏伟蓝图的人。他心目中的教会应该是生机勃勃、自信满满的，这势必要求教会大权在握，为此，他于1215年在罗马拉特兰宫召集了一次公会议，这即是第四次拉特兰公会议。该会议商讨了东西方教会的关系问题，并对异端予以谴责；会议探讨的重点是神职人员与平信徒该如何协同建造基督在世上的身体
的问题。会议让主教们重视自己的职责，尤其在教导与布道方面应予以特别关注；对于平信徒来说，无论男女，都应向教区神父告解，每年至少要领一次圣餐。这次会议实际彰显出格列高利七世关于教会中圣俗二分的思想，教士阶层负责其教牧事务，而平信徒也同样有权，或者说获得许可在做基督徒的问题上有自己的见解并为之献计献策。
为实现这一理想，英诺森意识到对教区教士进行培训的重要性。看到自己神父的行为和其他教派或其他信仰群体的领袖比起来显得不堪，教会与平信徒也自然希望教士们的言行能够符合其所应遵循的道德标准。他起用了一些主教和教宗使节替他到各地实地考察，这些人大多和他一样都有在巴黎学习或授课的经历，同样都受到了12世纪晚期杰出道德神学巨擘唱诗者彼得（Peter the Chanter）
的影响。彼得是运用解经法和神学思想解决实际道德问题的先驱，他对高利贷、卖淫以及正义战争等问题都有所论及。才华横溢的《圣经》学者、布道家，亦是巴黎学术大师的坎特伯雷大主教斯蒂芬·兰顿（Stephen Langton，1155—1228），以及身为教宗特使的枢机主教罗伯特·库尔昆（Robert Courçon，卒于1219年）都在将神学运用于实际的牧灵工作方面有所造诣，他们的工作在第四次拉特兰公会议决议之前就已卓有成效。这些人都是英诺森关于书斋神学运用于实践、解决教会道德问题之理念的贯彻者。
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当一个以新方式将信仰带到平信徒那里的新团体出现之际，英诺森抓住了上帝赐予他看到的良机：阿西西的方济各（1181/2—1226）和多明我·古斯曼（Dominic Guzman，1171—1221）创建的托钵修会以各自不同的方式，都成为教会为赢得信众战斗中的先锋。斯蒂芬·兰顿和罗伯特·库尔昆在各自的教区管辖范围内推进了第四次拉特兰公会议的决议，而在他们的晚一辈人当中，也有两位杰出的主教神学家鼓励修士们在他们的教区内努力满足人民的灵性需求。英格兰最大教区林肯教区的主教罗伯特·格罗塞特（Robert Grosseteste，1170—1253）掌控着在牛津大学刚刚出现的各学院的管理权。多明我会会士于1221年抵达牛津大学，而方济各会会士在1224年来到这里，这里的各个学院正是他们英格兰之行的目的地。成为主教之前，格罗塞特曾是方济各会会士在牛津大学的导师，后来他就一直对方济各会及其传教活动予以支持，与此同时，他还推进了平信徒牧灵、培训与提升教士阶层道德层次等方面的工作。此外，他撰文论述告解与苦修等主题，以供教牧参考使用。在英吉利海峡的对面，巴黎主教奥弗涅的威廉（William of Auvergne，1180—1249）也同为托钵修会的支持者。在出任主教前他是一名著作等身的教授，其著述涉及圣礼、告解、苦修、布道等多个教牧主题。 [3] 关于“告解”，两位在俗主教都援引了传统上用来引导人们忏悔的作品，这类作品在第四次拉特兰公会议召开前后颇为盛行。没有罗伯特和威廉这类主教的支持、首肯与鼓励，具有实际应用价值的教牧神学很可能会是另一副模样。事实告诉我们，英诺森对方济各会及多明我会的认可，不仅推进了教会在福音与教牧方面开展的事工，其更重要的意义在于：在13世纪接下来的时期中，修会为神学学术的发展铺设了道路。
多明我从一开始就设想自己的布道兄弟会要由一批受过教导与传布正统信仰之专业培训的人组成。因此，不出意料，1218年，仅在受英诺森认可三年后，多明我会就在巴黎大学设立修院，并热切投入各个学院的学习当中。他们的建制是一个双行道，一方面，他们从最杰出的神学家那里汲取知识；另一方面，学者们也开始从他们那里有所借鉴。布道兄弟会的成员成为首批大学司铎：他们在博洛尼亚大学的修院源源不断地吸引着师生加入修会；在巴黎大学，他们也取得了同样的成功。1230年，神学大师圣吉尔斯的约翰（John of St Giles）加入多明我会，并同时继续他在大学中的授业。方济各会紧跟其步伐，在这方面取得的成果同样令人瞩目：1235年前后，与约翰一样在学术上早有建树的黑尔斯的亚历山大在布道中途穿上小兄弟会的僧袍，再爬回讲台，这一举动体现了方济各会典型的戏剧夸张特征。他们的名字不过是一长串名单中最前面的几个，更有不计其数的人紧随其后；自那时起，修士们开始踏上了一步步主导神学讲坛、占领神学舞台的征程。13世纪二三十年代进入大学的托钵修士学者群体，其取得的成就不是一蹴而就的。以在俗大师乔伯姆的托马斯（Thomas of Chobham）为例，他在1216年前后写了一本非常流行的《告解大全》（ Summa confessorum ），该手册对神父们来说非常实用，有助于其履行第四次拉特兰公会议规定的他们的职责。 [4] 修士们则抓住了有利条件，充分利用自身组织与传播的能力，使其影响力远远超出了象牙塔的界限。
僧侣们阐述神学教义的对象基本上还是僧侣群体，托钵修士眼中的对象则是整个世界。从托钵修士的作品中时刻能感受到其面向读者的浓郁气息，他们展现出一种前所未有的布道风格，不似以前那么固执于解经的形式，从而创作出寓教于乐的布道集，里面有故事，有笑话，用波拿文都拉的话说就是要“让你铭记在心”。他们还将13世纪金钱经济中出现的术语，如债务、报酬、盈利、回报等概念运用于上帝和人的关系问题上。在1230年前后，教会发放赎罪券的现象更为普遍，论证赎罪券之合法性的说法就是要在功德宝库里积攒财富。平信徒从事的职业也日益受到重视。两个托钵修会都有自己的“第三会”，为平信徒制定出要求相对宽松的生活规则。平信徒协会组建起来，开始开展一些慈善工作。婚姻生活的价值受到重视，婚姻被视为得救的手段，重视肉身意义的神学理念也层出不穷，从1264年开始出现的基督圣体节（Corpus Christi）到宗教节日游行与宗教戏剧的兴盛，再到数念珠诵《玫瑰经》祈祷（后人错以为该传统由多明我首创），这所有的一切都表明人们不仅是在用精神崇拜，同时也在用肉身崇拜。
尽管在俗教士仍在大学中执教，但托钵修士群体很快就成为神学专业的生力军。这件事情并非没有遭到来自在俗学者的抱怨，但两个修会的学者都因其身为国际性组织的成员而获益匪浅，超越国家界限的修会不惜一切代价培养出一批教育精英，他们的工作将成为其所在修会展开实际教牧活动的引擎。修会的资助让他们在生活上无后顾之忧，其作品的印刷与发行工作也由修会安排妥当，而修会的传教需求正是他们著述的思想来源与动力所在。此外，修会还源源不断地给他们输送新生力量，新一代的学生群体蓄势待发，随时准备走向外面的世界，参与到激烈的问题讨论当中。托钵团体的守贫理想、效法基督及其门徒的理念让他们在旅途上总是轻装上阵，这种方式很快就流行开来。最出色的人才不再如以前那样聚集在伯尔纳门下、热衷于西多会的沉思修行，他们开始加入方济各会和多明我会的传教队伍。13世纪的神学巨擘都属于托钵修会，其中包括大阿尔伯特（Albert the Great）、波拿文都拉与托马斯·阿奎那。与当时同样才华横溢的在俗学者相比，他们的作品因为一直在“反复印刷”而具有长期优势，甚至成为其同侪使用的教科书。
不过，强调实际应用的教牧神学也不是绝对的，它实际上和更抽象的神学思维密不可分。多明我会会士圣谢尔的雨格（Hugh of St Cher，卒于1263年）对这两者的关系有这样一个比喻：“先是研究之弓张开……然后布道之箭射出。”
走出象牙塔的思想乃出自学术精英的突破性研究。他们在各个研究领域孜孜不倦地挖掘知识的宝藏。无论是哪种神学，都必须基于《圣经》及其释义；教父时期和加洛林时代的释经传统直接从经文中获得伦理与灵性知识，而到了12、13世纪则发展出一种新的研究旨趣，即强调《圣经》文本的字面与历史含义。如果不能正确理解字面含义，就没有所谓可靠的伦理内涵。建构这种基于文字的释经模式需要研习《圣经》语言，找到能解释这种语言的人，他们往往是犹太人，还需要追溯文本的原初语境、《圣经》地理与习俗背景，哲罗姆（Jerome）有几本阐释希伯来地名与人名的小书，这几部作品是13世纪《圣经》研究的标准参考书。运用多版本《圣经》展开的文本批评学也发展起来，遂有《圣经校勘》（
correctoria
）问世，该书列出了《圣经》文本前后矛盾、不同版本相互龃龉的地方。
12世纪的学者对整体受造界产生出一种新的敬意，视其为上帝本质之仁慈的彰显。神学家因此之故开始研究自然科学，他们返回古代关于宇宙学与物理学的相关文本展开研究。 [5] 中世纪的研究方法论之特质就在于寻求权威文本，将其作为阐释与评论的基础。这种方法带来的结果是新东西和新变化总是和已知事物挂钩。出自形色各异之背景与文化的文本，只要有益于人们对上帝创造的理解，就都会得到运用。
那么，亚里士多德这位古代异教徒哲学大家，其包罗万象、系统有序、百科全书式的知识体系及著述对12、13世纪的学者产生了不可抗拒的魅力就不足为奇了。亚里士多德的一些逻辑学作品已由生活于6世纪的学者波埃修（Boethius）翻译过来，并在人文学科的教授中得到运用。12世纪的研究旨趣促使更多的译作问世，有些是从希腊文直接翻译过来的，有些则是从阿拉伯文翻译过来的，这些亚里士多德著作的阿拉伯文本经由东部地中海传到了当时的伊斯兰教国家西班牙。文本传统有时带有一定的模糊性，有些被视为亚里士多德本人的观点实际上是阿拉伯学者阿维森纳[Avicenna，伊本·西纳（Ibn Sina），980—1037]或阿维罗伊[Averroes，伊本·路世德（Ibn Rushd），1126—1198]的评论或解读。引用“亚里士多德”之意有可能指引用亚里士多德的原文，也有可能指援引阿维森纳或阿维罗伊的观点，甚至可能是某个托名作品，颇具影响的《原因论》（ Liber de causis ）便为一例。
基督徒学者对亚里士多德所能给出的这类知识体系求之若渴。他的思想可谓包罗万象，其著述亦是观察整个有机与无机自然界的成果，他还勇于涉猎更广阔的伦理领域（《政治学》后来在13世纪才被翻译过来），在亚里士多德看来，事物之“实然”能告诉我们事物之“应然”。12、13世纪的学者本身都有百科全书式的学术倾向，这一时期问世的“大全”（ Summa ）类作品既涵盖整体之意，又包含至高之意，是当时研究群体的标志性著述，从这个角度看，亚里士多德在多重领域中表现出来的权威性自然受人追捧，至少也可以说是当时学者研究的必经之途。此外，他在研究中彰显出的分类与结构的才能也激发了中世纪学者在编目与分类方面的研究旨趣。他在精进知识方面使用了精确定义的方法，这亦是13世纪神学家采用的技巧。
这一时代的神学与神学家作为学校教育的产物有时被冠以“经院”（scholastic）的名号，不过，“经院的方法”可不止字面看来这么简单。该方法是一种在广度和深度上提出质疑、进行发问的研究方法。每一个问题都以论证的方式提出，继而在权威文献中寻找肯定与否定的答案，而权威文献包括《圣经》、教父著述、法律条文以及依其重要性排名的当代神学大师的作品，等等。为解答问题，要对每一对对立的论据进行回答，这就形成了从一个问题出发、逐渐累积知识、最终形成“大全”的知识体系。从实际运用的情况看，该方法至少可追溯至彼得·阿伯拉尔，而在12世纪神学教材彼得·郎巴德（Peter Lombard）的《名言集四编》（ Sentences ）那里，该方法已得到广泛使用。因此，这并非直接受亚里士多德影响，诉诸权威也并非来自亚里士多德，不过论证的缜密过程确实是受其影响的。
截止到1200年，亚里士多德的作品几乎都已翻译过来，巴黎大学的人文学者们对这些著作也是唾手可得，他们开始习惯阅读其逻辑著作。这些新引进的论著导致实验自然科学与哲学的研究队伍进一步壮大。人文学科成为学生们进一步深造（在巴黎大学即指神学的学习）的跳板，神学家们正是从人文学科的训练中获得了关于亚里士多德的知识。文科学生最年轻（大概15—21岁），而文科教师至少得21岁，是资历最浅的学者群体。他们满怀热忱地研究亚里士多德的思想，并随心所欲地对其进行引申与发展，这使得保守派神学家头晕目眩。保守派决定遏止此研究进路，1210年，曾在学校授业的大师、桑斯（Sens）大主教科贝伊的彼得（Peter of Corbeil）于巴黎大学召开会议，对贝内的阿马尔里克（Amalric of Bène）和迪南的大卫（David of Dinant）两位学者发出谴责，并责令烧毁其著作，宣布无论是在公开场合还是在私人场合，都不得讨论亚里士多德的自然哲学著作。
1215年，时任教宗驻巴黎大学特使的罗伯特·库尔昆重申了这一禁令，并负责制定巴黎大学的课程安排。罗伯特允许阅读亚里士多德的逻辑学与伦理学著作，而形而上学或者说自然哲学以及相关主题的所有“注释与概论”都属禁读之列，后者针对的很可能是阿维森纳和其他阿拉伯学者的著作。亚里士多德的观点向基督教教义信条以及犹太教、伊斯兰教的信仰都提出了挑战。世界恒在的观念显然与上帝在时间里创世的思想相龃龉；对于基督徒来说，人类认识世界乃由于人类理智受到上帝的启示，而亚里士多德的知识论对人类在最后审判来临之际作为“个体”存在复活的可能性有重大影响。受亚里士多德思想的影响，很容易产生泛神论思想或将灵魂个体归为独一不可分之理智的神学。最令人担心的是，以神学家的角度观之，亚里士多德的推理法没有给上帝的启示留位置；从长远看，以经验、理性证明为标尺来判断所有的论点是亚里士多德主义的复兴给基督教神学带来的最大冲击。
如果从1229年新建不久的图卢兹大学张贴的海报里有自诩“冒天下之大不韪无视巴黎大学禁令敢于讲授自然哲学”的内容来看，禁令似乎取得了一些成效。但是，虽说当时可能不再开设自然哲学方面的课程，神学家们显然还在阅读相关著作，这一点从1220年代以后的在俗大师们在其著述中援引禁书文献的情况就可得知。亚里士多德不是基督徒本身并非什么不可逾越的问题。被奥古斯丁汲取的柏拉图的观念在基督教思想中占有中心地位，而罗马的诗人和作家也常常被树立为行为端正的人物典范。随着基督教神学家在犹太释经学方面的研究进展，以迈蒙尼德（Maimonides）和拉什（Rashi）为代表的犹太释经者的著述常被引述，其作品（虽说在整体的理解方面与基督教有偏差，但在一些具体的《圣经》注释方面）甚至得到了超越基督教文献的赞赏与推崇。最早在学校运用亚里士多德思想的神学家，如奥塞尔的威廉（William of Auxerre）、司铎菲利普（Philip the Chancellor）
、奥弗涅的威廉以及黑尔斯的亚历山大（还有英格兰的格罗塞特）等人，对亚里士多德思想的运用和对犹太、罗马思想的运用无异，都是取其自认有益之处并舍弃其他。
这些大师都是声名显赫、学富五车的思想家，他们不会看不到运用亚里士多德思想带来的后果。但这一时期的教会正处于充满自信的上升期，自认能胜过其他团体。为迎接犹太教、伊斯兰教和形色各异的异教派别信仰的挑战，教会正在形成自己的信仰论证，为正统基督教教义与实践而辩护。1231年，教宗格列高利九世（他本人也在巴黎大学学习过神学）下令将亚里士多德相关著作中违背基督教信仰的错谬加以修正，但他并未完全将其列为禁书。到了这个时候，悖逆时代潮流显然不是明智之举，那么接受亚里士多德看来要比全盘否定他是更佳的选择。对亚里士多德著作的态度也是取其有益于基督教信仰之精华，当时没有谁会认真理会其与基督教体系对立的理性—经验的世界观。1255年，巴黎通过了新的文科教务章程，一改原先仅限于教授亚里士多德逻辑学与《论灵魂》（ De anima ）的课程范围，将包含其自然哲学在内的全部文集都列为授课教材。
新章程的通过似乎推进了人文学科与神学相分离的进程；学院大师们开始自认为是“哲学家”（亚里士多德一般被冠以“哲学家”的名号），大量新近发现的资料都可证明这一点。“哲学家”的说法与概念并不新颖，彼得·阿伯拉尔（1079—1142/3）就自称哲学家，但他同样也遭到了神学家们的怀疑。这一次，就当人文大师们展翅高飞之际，两位才华横溢的僧侣大师也开始了他们在神学领域的学术生涯。方济各会的波拿文都拉与多明我会的托马斯·阿奎那二人的不同回应反映出其所属修会的态度，同时也表现出神学应如何对待亚里士多德及其在未来的发展趋势。
波拿文都拉和阿奎那一样，也是意大利人，方济各会因其出色的学术能力将他送到巴黎进修。他和托马斯在学校里是同时代人，同在那个暗流涌动的时代获得了硕士学位，那正是僧侣大师与在俗大师们争论不休的年代，也是托钵修会的守贫理念逐渐受到质疑的时期。1257年，波拿文都拉当选修会总会长，其纯学术生涯就此中断，而那时方济各会内部因守贫的不同观点发生内讧，修会正处于生死存亡之秋。当代有些学者持这种看法：波拿文都拉之所以对亚里士多德思想带来的挑战没给予充分重视，正由于其学术生涯中断之缘故，他不得不将大量的时间与精力都转向处理修会内部的纷争事宜。但波拿文都拉对亚氏哲学论述带来的神学问题不感兴趣，这是与他自己的风格完全一致的。他思维清晰，采用平实易懂的拉丁风格写作，这让人们乐于阅读其神学著作；撇开命运安排他走出学校书斋不说，他的写作偏好似乎是创作更适宜于教会工作的作品。
波拿文都拉对亚里士多德及其方法并无敌意，不过在他看来，理性不能解决神学中的根本问题，也不会让人更接近上帝。当然，也不是说波拿文都拉没有运用过理性证明，在一部为守贫理念辩护、驳斥圣阿穆尔的威廉（卒于1272年）及持反对托钵修士观点的在俗学者的作品中，他采用的就是典型的推理释经法。如果说他没有迎接哲学给基督教信仰带来的挑战，那也是因为他认为哲学给出的答案不利于信仰的建构。关于哲学中世界恒在的问题，波拿文都拉并未作出回应；他从一般的基督教教义出发认为这种观点是错误的，并由此判断哲学领域是独立于且低于神学的。他围绕人类冥想上帝的进程之主题，开始转向实用著述的写作。他的两部作品《心向上帝之旅》（ The Soul ' s Journey to God ）和《六翼天使》（ The Six Wings of the Seraph ）都属于经典的灵修读物，引导信仰者一步步接近上帝，实现与上帝的神秘合一。凭借其神秘主义冥想神学[还有一部颇具影响的作品《沉思基督生平》（ Meditationesvitae Christi ）被错误地归在波拿文都拉的名下]，波拿文都拉让基督徒看到了这样一种可能：他们凭自己的信仰，用自己的语言，就可以信心十足地在恩典中走向上帝。
托马斯·阿奎那则选择了另一条道路。多明我会会士最开始是有意和亚里士多德的知识论划清界限的，他们在研习神学之前无须接受人文学科的训练，而在自己的多明我会教育中心接受教育；修会的1228年章程严禁他们学习世俗科学和人文科学。然而，托马斯在巴黎大学的导师，即德国多明我会劳英根的阿尔伯特（Albert of Lauingen，在他所属的那个时代就已获“大阿尔伯特”的尊称）身上有亚里士多德的影子，他和亚里士多德一样着迷于自然世界和科学。阿尔伯特乐于接受各种各样的新观念。除对亚里士多德几乎所有的作品做了注释外，他还为新柏拉图主义学派的神秘主义者伪丢尼修（Ps.-Dionysius）的著作写了评注。对他而言，离开新知识，神学就会故步自封，当然，对新知识必须持批判的态度，不能以牺牲信仰为代价。必须重视哲学的观点让他成为一位无所畏惧的学者，其关于亚里士多德科学的著作在人文学科领域也引起了极大的反响。然而，教宗亚历山大四世（1254—1261）命他撰文批驳阿维罗伊，后者的观点与基督教个体灵魂不死的思想相矛盾。他所属的多明我会也一直持怀疑态度，并先后在1271年、1278年和1280年的全体大会上重申神学高于其他所有学科的观点。
既然有这么一位老师，也难怪阿奎那认为必须得面对亚里士多德带来的问题了。托马斯的工作不是简单地否定哲学论证，他更旨在建构一种综合的神哲学，即我们现在熟知的托马斯主义（Thomism），这一新学科要符合哲学、神学两个领域的要求：自然与恩典并行不悖，理性和启示携手共进。托马斯论证说，神学和哲学一样都是科学，即可通过理性证明的某种知识体系。当然，他为维护正统基督教神学，也和亚里士多德派展开过辩论，但在有些场合如面对全然拒绝哲学证明的神学家的时候，托马斯也会表现得十分懊恼，譬如他在1270—1271年写作的短文《论世界的永恒——驳喃喃私语者》（ De aeternitate mundi contra murmurantes ）中，所谓“喃喃私语者”或发牢骚者，在此指的就是看不到哲学证明之重要性的基督教学究。1260年代，托马斯发现自己深陷一帮哲学家的围攻中，这就是由哲学家布拉班特的西格尔（Siger of Brabant）、达契亚的波埃修（Boethius of Dacia）及其门徒组成的所谓“拉丁阿维罗伊派”（Latin Averroists）。他们倡导——或者说人们认为他们倡导——亚里士多德与阿维罗伊思想的融合，以世界永恒存在的观点与基督教创世论相对峙，而其被动理智之单一性（the unity of the passive intellect）的理论则彻底否定了个体复活的可能性。他们因信仰“双重真理”而受到控告，双重真理指的是经由理性得到的哲学真理和通过启示获取的神学真理，其双重真理论将理性真理置于启示真理之上。
西格尔本人似乎表现得更为激进而非革命，很显然，他追求的不是永恒真理，而是哲学真理；读了托马斯驳斥他们的论证后，其观点趋于温和。保守的神学家们再次出手干预，这一次出面的是巴黎主教（之前也在这里求学）斯蒂芬·汤皮厄（Stephen Tempier）。他先后于1270年和1277年两次颁布谴责名单，列出需要驳斥的论点，涵盖了当时全部有争议的论题，甚至包括已于1274年去世的托马斯的一些观点。正所谓以火攻火，难逃其祸。
西格尔和“阿维罗伊主义者”的著述仅有部分存世，但从留传下来的文字并不能看出他们传授过遭汤皮厄谴责的思想。这可能是因为汤皮厄和教宗比阿维罗伊主义者们更把学校里教授何种论证方法当回事，也或许是汤皮厄比他们更准确地看到了理性主义可能给神学带来的致命打击。尽管谴责让对阵双方在接下来的时期都有所退让，但理性与科学前进的步伐却势不可当。托马斯融合理性与启示的努力固然卓绝，但很难看到希望之光；即便是这位旷世奇才也难力挽狂澜。随着时光流逝，神哲学逐渐退回到愈来愈狭窄的书斋之内，而科学与理性则成为征服世界的力量。
科学革命的种子已扎根土壤。身为诸科学之女王的神圣教义（ Sacra doctrina ）开创了13世纪，却目睹她那傲慢的哲学女仆借助异教徒亚里士多德之力厚颜无耻地篡位称王。更荒唐的是，恰恰是女王自己迎接了这个无耻之徒进入自己的宫殿，甚至与之共同策划了这起宫廷政变。从原先无所不知、包罗万象的中心地位，神圣教义沦为神学这门不过是诸多学科中之一的学科，也无非是学生在学校里面对的一份考卷而已。在前方等待她的是一个不断需要自我辩护的未来，以及被软禁于象牙塔高墙之内的终局；她要包含所有知识于一身的主张再也不能为世人所接受。在她自己的小屋里，只要不谈有关科学与哲学的某些话题，一切就都安然无恙。教会在迅猛扩张，实用神学和教牧关怀走入越来越多的普通人的生活。平信徒和教士被视为基督的肢体，而他们个体灵命的康健成为神秘神学和实践神学的主题。因此，神学家们在自己的领域内同舟共济，携手建构上帝子民的信仰。这也是阿奎那为自己设立的鹄的，不过，他留给后人的思想遗产是哲学而非神学。一旦亚里士多德来到基督教世界，无论是阿奎那的欢迎姿态，还是波拿文都拉的保守立场，都难确保神学的至高立场岿然不动。
[1] 关于英诺森的生平，可参阅：B.Bolton， Innocent Ⅲ ： Studies on Papal Authority and Pastoral Care （Aldershot：Variorum，1995）；C.Morris， The Papal Monarchy ： The Western Church from 1050-1250 （Oxford：Clarendon Press，1989）；J.E.Sayers， Innocent Ⅲ ：Leader of Europe 1198-1216 （ London ： Longman ，1994）.
[2] 关于彼得和他的圈子，请参阅：J.W.Baldwin， Masters ， Princes and Merchants ： The Social Views of Peter the Chanter and his Circle （2 vols.，Princeton：Princeton University Press，1970）.就更广义的教牧问题，请参阅：L.E.Boyle， Pastoral Care ， Clerical Education and Canon Law ， 1200-1400 （London：Variorum，1981）；J.W.Goering， William de Montibus （ c . 1140-1213 ）： The Schools and the Literature of Pastoral Care （Toronto：Pontifical Institute of Mediaeval Studies，1992）.
[3] 参阅：N.Valois， Guillaume d ' Auvergne （Paris：Alphonse Picard，1880）.
[4] Thomas of Chobham， Thomae de Chobham ： Summa confessorum ，ed.F.Broomfield（Analecta mediaevalia Namurcensia 25；Louvain and Paris：Nauwelaerts，1968）.
[5] 参阅：M.-D.Chenu ，La théologie comme science au ⅩⅢe siècle， 3rd edn（Bibliothèque thomiste 33；Paris：Vrin，1957）.