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Web of Knowledge的数据库资源主要有以下5种。
（1）BIOSIS Previews
BIOSIS Previews（BP）由美国生物科学信息服务社（BIOSIS）出版，是世界上最大的关于生命科学的文摘索引数据库。该数据库覆盖学科范围广，从传统生物学领域（如植物学、动物学、微生物学）到与生物学相关的领域（如生物医学、农业、药理学、生态学等），再到交叉学科领域（如医学、生物化学、生物物理、生物工程、生物技术等），共收录了自1926年以来的1800万条记录，数据来源于90多个国家出版的5000多种期刊、1500多种会议录及图书和专利说明书等出版物。BIOSIS所具有的关系检索（context-sensitive indexing）可以帮助用户提高检索效率。数据库每周更新，每年新增记录约56万条。
（2）Current Contents Connect
Current Contents Connect（CCC）提供自1998年以来8000多种世界上重要学术期刊和2000多种图书的完整目录和文献书目信息，属题录快讯型数据库，包括7个分册和2个合集。利用其中的Current Web Contents模块，用户可以查看与具体学科相关的、经编辑部学科专家们按特定标准评估、筛选的学术网络资源，同时还可检索到Internet上关于预印本、基金信息和研究活动的全文。数据库每日更新。
（3）Derwent Innovations Index
Derwent Innovations Index（DII）是以德温特世界专利索引（Derwent World Patent Index）和德温特世界专利引文索引（Patents Citation Index）为基础形成的专利信息和专利引文信息数据库，是世界上最大的专利文献数据库。DII每周增加约15000条专利文献记录，包括Chemical，Electrical&Electronic，Engineering三个子数据库。检索Chemical子库前需要下载、安装结构式绘制软件ISIS Draw和插件MDL Chime plug-in，否则无法正常显示和绘制化学结构式。
（4）INSPEC
由The Institution of Engineering and Technology（IET）出版的INSPEC数据库收录自1898年至今世界上关于物理学、电气工程、电子与通信、计算机与控制工程、信息技术、制造与生产等领域的科技文献。目前数据库中包含源自全球超过3850种科技期刊、图书、技术报告、2000种会议录的1000多万条文献书目记录，每年新增记录40万条。
（5）MEDLINE
MEDLINE是由美国国家医学图书馆（NLM）及合作机构编制的关于生命科学（包括生物医学、生命科学、生物工程、公共健康、临床护理，以及植物科学和动物科学）的文献数据库。记录来源于自1950年以来的4900多种以30多种语言出版的期刊，目前已有约1700万条书目记录，每年新增记录约50万条。利用ISI Web of Knowledge可以检索到正在处理中的MEDLINE记录（In-Process Records），了解最新的研究进展，但处理中的记录暂时缺少MeSH标题等信息。
（6）Web Citation Index
Web Citation Index是基于知识库的文献索引数据库，由Thomson Scientific的编辑从世界上重要机构的网络知识库（包括arXiv.org e-Print Archive，DSpace at MIT等）中选择编制而成，内容包括技术报告、会议录、预印本、学位论文、白皮书、灰色文献多种文献类型，记录包括完整的书目信息、内容摘要和知识库名称，并提供与全文（主要是PDF和PS两种格式）的链接。
（7）Web of Science
Web of Science（WOS）是世界上有影响的多学科的学术文献文摘索引数据库，它包含7个子库。
● 三个期刊引文子数据库：Science Citation Index Expanded（SCIE，1900年至今），Social Sciences Citation Index（SSCI，1998年至今）和Arts&Humanities Citation Index（A&HCI，2002年至今）。这些数据来源于自然科学、社会科学、艺术及人文科学等多学科领域的1万多种期刊，数据每周更新。
● 两个会议论文引文子数据库：Conference Proceedings Citation Index-Science（CPCI-S，1998年至今），Conference Proceedings Citation Index-Social Science&Humanities（CPCI-SSH，1998年至今），这些数据来源于自然科学、社会科学及人文科学等多学科领域的超过120000个会议的国际会议录，数据每周更新。
● 两个化学数据库：Current Chemical Reactions收录来自期刊和专利文献的一步或多步新合成方法，Index Chemicus收录世界上有影响的期刊报道的新颖有机化合物。两个化学数据库可以用结构式、化合物和反应的详情和书目信息进行检索。
利用引文数据库，用户不仅可以通过主题、著者、刊名、著者地址等途径进行检索，还可以用被引用文献的著者和来源进行检索。
（1）Essential Science Indicator
Essential Science Indicator（ESI）是一个深度分析工具，通过对世界上11000种期刊的分析，提供近10年各学科的科学家、机构、国家和期刊的排名数据，数据每两个月更新一次。
（2）Journal Citation Report
Journal Citation Report（JCR）是重要的期刊评价工具。JCR通过对世界上7500多种期刊引用数据的定量统计分析，帮助用户了解出版物的影响力。
EndNote Web是一个个人文献管理工具，利用它可以通过在远程服务器上建立个人文献数据库而有效地管理从各个渠道获取的书目信息，同时能方便、快捷地利用这些书目记录。
（1）Thomson Scientific WebPlus：快速发现相关主题的网络资源。
（2）ISIHighlyCited.com：一个专业网站。该网站利用引用数据揭示了21个学科领域中在世界上最有影响的250位科学家的个人信息及其出版物列表。用户可以按姓名检索，也可以按学科进行浏览。
Web of Knowledge提供了多个免费网络资源的链接，目前包括：
● BiologyBrowser
● Index to Organism Names
● in-cites
● ResearcherID.com
● Science Watch
● Special Topics