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CALIS系统经过10多年的建设，主要包括以下数据库资源。
CALIS联机合作编目中心是中国高等教育文献保障体系的两大服务中心之一。CALIS联合目录数据库建设始于1997年。到2004年10月为止，联合目录数据库已经积累了160余万条书目记录，馆藏信息达600余万条。联合目录数据库涵盖印刷型图书和连续出版物、电子期刊和古籍等多种文献类型；覆盖中文、西文和日文等语种；书目内容囊括了教育部颁发的关于高校学科建设的全部71个二级学科，226个三级学科（占全部249个三级学科的90.8%）。为更好地促进编目工作的标准化和规范化，应广大用户的要求，联机合作编目中心已经开展编目人员业务培训和资格认证工作。
为提高服务能力，扩大服务范围，CALIS联机合作编目中心已在华南、华东南、华中、西南等地建立了镜像服务站，在“十五”期间把联合目录数据库从一个以图书和期刊为主的联合目录数据库发展为以印刷型书刊书目记录为主流产品，还包括电子资源、古籍善本、非书资料、地图等书目记录，能连接图片、影像、全文数据库的多媒体联合数据库。
引进国外数据库和电子文献是CALIS资源建设中最重要的一项工作之一，也是最先开展的一项服务。全国文理中心与工程中心协同努力，采取灵活多变的引进方式，有效地发挥了国家投资的有限经费的作用，为CALIS“九五”建设成功打响了第一炮。
国外数据库的成功引进缓解了我国高校外文文献长期短缺，无从获取或迟缓的问题，对高校科研和教学起到了极大的推动作用。
通过这项建设工作，使更多的学校加入集团的行列，引进成本越来越低，覆盖面也越来越大，为高校的科研和教学创造了优异的支持环境。
CALIS高校学位论文数据库子项目的建设目的是，在“九五”期间建设的博硕士学位论文文摘数据库基础上，建设一个集中检索、分布式全文获取服务的CALIS高校博、硕士学位论文文摘与全文数据库。中文学位论文通过网上直接采集电子文本的方式，逐年累积，到2005年收集10万篇；另外，通过集团采购补贴的方式，与高校图书馆、公共馆、情报所等合作，按篇选择购买国外电子版博、硕士学位论文，集中存放在CALIS的全文服务器中。
该子项目与CADAL专题下的学位论文子项目分工合作。前者除负责所有论文的目次报道任务，并负责对2000年起CALIS“九五”期间参建单位利用网上提交系统收取的电子版学位论文（这些论文由于受到一定程度的版权保护，无法公开上网获取）采取分散在各成员馆中保存各自的电子全文并由各成员馆提供全文服务的方式。参建馆在收取学位论文时将同时取得作者的使用授权书，并在作者授权范围内提供直接下载、文献传递等全文服务。
全国高校专题特色数据库是CALIS“十五”建设的子项目之一。本项目在“十五”期间，将遵循“分散建设、统一检索、资源共享”的原则，在“九五”建设的基础上，进一步统一特色库的建库标准和服务功能要求，构建统一的公共检索平台，采取重点支持和择优奖励相结合的资助方式，鼓励具有学科优势和文献资源特色的学校积极参加专题特色数据库的建设，建成一批具有中国特色、地方特色、高等教育特色和资源特色、服务于高校教学科研和国民经济建设、方便实用、技术先进的专题文献数据库。这些数据库不仅是支持高校重点学科建设的一批重要数字资源，而且将成为中国高等教育数字图书馆的基础数据之一。
本项目在CALIS“十五”建设结束时，建成具有相对统一建设标准、由不少于50个专题库组成的特色数据库群。数据库群建立在可独立运行的各个特色库基础上，除了具备可分布式检索的基本功能外，还将在CALIS管理中心的支持下，建立一个基于集中式元数据库的特色资源库中心门户。
“重点学科网络资源导航数据库”是国家“211工程”中国高等教育文献保障系统“十五”重点建设项目之一。该项目以教育部正式颁布的学科分类系统作为构建导航库的学科分类基础，建设一个集中服务的全球网络资源导航数据库，提供重要学术网站的导航和免费学术资源的导航。经过专家评审，共有52个学校获得导航库参建许可。导航库建设的学科范围涉及除军事学（大类）、民族学（无重点学科）之外的所有一级学科，共78个。经费上获得重点资助的学科为48个，一般资助学科13个，非资助学科17个。
分布式联合虚拟参考咨询系统旨在构建一个中国高等教育分布式联合虚拟参考咨询平台，建立有多馆参加的、具有实际服务能力的、可持续发展的分布式联合虚拟参考咨询服务体系，以本地化运作为主，结合分布式、合作式的运作，实现知识库、学习中心共享共建的目的。
运行初期的虚拟参考咨询系统的中心知识库有20000条以上经过组织整理的问答记录。
高校教学参考信息管理与服务系统是CALIS“十五”期间重点建设的子项目之一。该项目由复旦大学图书馆承建，并成立了由复旦大学、北京大学、清华大学、上海交通大学等4所高校各方面专家组成的项目管理小组负责该项目的建设，52所大学图书馆成员作为项目参建馆参加了该项目的建设。
高校教学参考信息管理与服务系统建设的基本思路是：在CALIS管理中心的统一领导下，采用最新技术成果，高等院校图书馆共同努力，将各校教学信息以及经过各校教师精选的教学参考书数字化；建设基本覆盖我国高等教育文理工医农林重点学科的教学需要、技术领先、解决版权问题的教学参考信息库与教学参考书全文数据库及其管理与服务系统；供师生在网上检索和浏览阅读，并不断地丰富和持续发展，对高等院校的教学工作产生深远的影响和推动作用。
高校教学参考信息管理与服务系统包括教学参考信息库和教学参考书电子全文书库两部分的建设。目前教学参考信息库中的教参信息5万余条；解决版权并完成电子书制作的图书1万多种；由出版社推荐，子项目管理小组组织精心挑选的具有电子版的教参书近1万种。经全面整理归并，总共完成授权加工入库并安装在全文电子教学参考书库中的电子图书有2万多种以及由出版社推荐的电子教学参考书6万多种。