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在案件调查过程中，因时间条件限制，调查取得的证据材料有可能还不够完善。而且，有些证据如果不及时地补充调查，可能以后会难以取得。因此，一旦调查结束，执法办案人员要及时地按照下列方式整理案件材料，判断能否达到上述分析的行政处罚案件的证明要求。
执法办案人员在该环节应当对调查收集的证据材料进行分类编号，初步装订成册，写出目录，对证据材料的来源、证明对象和证明内容作简要说明，注明收集日期。这是因为：整理成卷的案件，能较为系统地反映出办案人员的思路和案件的证明情况，为案件核审机构核审案件和机关负责人批准案件提供便利，散卷不便于登记而且很容易丢失材料。规范的执法办案程序还要求案件核审、审批进行交接登记，以便案卷丢失后明确责任。
执法办案人员对照前面的证据要求，对所有的证据进行审核判断。结案的时候，必须仔细浏览所有证据，特别是材料多的案件，更应当如此。从执法办案的实践来看，结案之时，执法办案人员已经对整个案件有了较为全面的认识，对当事人违法的手段、方式已经心中有数，在这时候阅读证据，更能清楚如何取舍，如何合理地使用证据。
在形式上看证据是否已经完备，即对每一件证据进行程序性审查，看看是否符合程序规定的要求。主要检查三个方面：一是检查当事人签名盖章是否完善，证据材料需要补充签字的，必须马上补充。拒绝签字的，应当说明原因。二是检查办案人员作为取证人员是否已经签字，没有签字的应当立即补上。三是检查内部审批手续是否完善，没有的要及时请机关负责人补充审批。
执法办案人员应当按照证据证明的相关问题，对材料进行排列，看看证据的种类和数量是否比较充分。案件中，一个个需要证明的问题，都需要由办案人员合法取得的证据予以证明。因此，证据应当相对地集中，归纳在需要证明的某一问题之后，也只有这样按照问题归纳证据，才能让核审人员、机关负责人看得懂，便于审查。
执法办案人员整理结案时，还要寻找证据的矛盾，即寻找证据本身以及证据与证据之间的矛盾，目的在于发现问题，及时补充调查，完善证据，解决问题。对于虚假的证据，应当及时剔除，以免对案件其他证据的真实有效性产生干扰。在这方面需要注意的是，当事人的陈述可能虚实并存，而相关笔录又不能随意剔除，不然，当事人就会认为办案人员断章取义，随意办案。对当事人陈述有矛盾的地方，如果无法再次对其询问，就要运用其他客观证据，证明有关笔录中哪些陈述与事实相吻合，哪些陈述与事实不符合。并且，办案人员的这些判断最好写在证据的说明材料上。