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城市管理综合执法机关办案时，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经部门负责人批准，可以根据《行政处罚法》第五十六条的规定对需保全的证据先行登记保存。对证据先行登记保存时，应当会同证据的持有人或见证人对证据的名称、数量、规格、特征等进行登记，开具先行登记保存证据清单，进行全程音像记录。上述清单由办案人员和证据持有人签名。证据持有人拒绝签名的，办案人员应予注明，清单由办案人员和证据持有人各执一份。先行登记保存证据，一般加施先行登记保存封条，由当事人或证据持有人负责保管，也可由行政执法机关保管。行政执法机关在采取证据登记保存措施后，应在七日内及时作出处理决定，逾期不作处理决定的，视为自动解除。先行登记保存期间，证据持有人及其他人员不得损毁或转移证据。
（1）实施条件不同。先行登记保存与查封、扣押最大的不同，在于是否需要相关法律法规的明确授权。简单来讲，根据《行政强制法》的规定，查封、扣押必须有法律法规的具体规定，如《无证无照经营查处办法》第十一条第二款规定：“对涉嫌从事无照经营的场所，可以予以查封；对涉嫌用于无照经营的工具、设备、原材料、产品（商品）等物品，可以予以查封、扣押。”执法机关必须依据法律法规的具体规定才可以采取查封、扣押的措施。而先行登记保存则没有这样的要求，在符合《行政处罚法》第五十六条的条件下，城市管理综合执法机关就可以对证据先行登记保存。
（2）控制方式不同。先行登记保存是由执法人员对证据进行现场清点，造册登记，交由当事人共同签名确认并当场交付先行登记保存证据通知书，同时将证据就地保存（在原地保存可能妨害公共秩序或者公共安全的，可以异地保存）。在此期间当事人不得损毁、销毁或者转移证据。这种控制方式是行政执法机关向当事人施加了保管义务，但实质上并没有影响当事人对证据的占有权。而行政强制措施则是对与违法行为相关的财物实施暂时性控制，包括查封或者扣押等，这种控制方式直接影响到当事人对涉案财物的占有权。
（3）功能设定不同。虽然两者均有防止证据损毁的功能，但先行登记保存的功能仅限于此，只是为了保障更好、更完整地取得证据。但行政强制措施的功能则更加丰富，除取得、保护证据外，还包括制止违法行为、避免危害发生、控制危险扩大等功能，甚至在某种程度上还能起到促使当事人尽快履行义务的作用。
（4）行为性质不同。行政强制措施是独立的具体行政行为，具有可诉性。先行登记保存则只是行政执法机关在行政处罚过程中所拥有的一种取证手段，是行政处罚这一具体行政行为中的一个环节，不具有独立的可诉性。值得注意的是，在执法实践中常常会出现以“先行登记保存”之名行“查封、扣押”之实的行为。在此情形下，“先行登记保存”行为虽不具有可复议性与可诉性，但由于行政执法机关实质上实施了“查封、扣押”的行政强制行为，对于此类行政行为，法院往往会结合具体案情，予以受理，并结合《行政强制法》中相应的程序规定对案涉行政行为进行全面的审查。
《行政处罚法》要求行政执法机关应当在登记保存后七日内及时作出处理决定，有法院判例认为，此处规定的“七日内”并非指行政执法机关作出行政处罚的期限，而是要求行政执法机关对先行登记保存的证据，在七日内采取返还、没收、保全、鉴定、移送等措施。如《市场监督管理行政处罚程序规定》第三十五条规定：“对于先行登记保存的证据，应当在七个工作日内采取以下措施：（一）根据情况及时采取记录、复制、拍照、录像等证据保全措施；（二）需要检测、检验、检疫、鉴定的，送交检测、检验、检疫、鉴定；（三）依据有关法律、法规规定可以采取查封、扣押等行政强制措施的，决定采取行政强制措施；（四）违法事实成立，应当予以没收的，作出行政处罚决定，没收违法物品；（五）违法事实不成立，或者违法事实成立但依法不应当予以查封、扣押或者没收的，决定解除先行登记保存措施。逾期未采取相关措施的，先行登记保存措施自动解除。”也有部门规章如《财政部门证据先行登记保存办法》规定，执法机关应在七个工作日内将先行保存的证据退还被检查人，并办理证据退还手续。
值得注意的是，在以往案例中，有执法机关在先行登记保存的期限内作出了“拟对先行登记保存产品予以没收”的决定，而法院认为该决定并未对先行登记保存物品作出处理，拟没收并非没收，因此被法院判定属于超期登记保存物品，违反法定程序。
执法实践中也有意见认为，没收是行政处罚的种类之一，不能作为处理决定写在证据先行登记保存处理决定书中。行政执法机关只有在依法作出没收行政处罚决定后，才能对涉案物品予以没收。
（1）不得超过法定期限实施证据登记保存。执法机关应当在《行政处罚法》规定的“七日内”作出处理决定。登记保存超期很有可能会被认为属于程序违法，从而导致行政处罚决定的无效。
（2）必须经行政机关负责人批准，制作证据先行登记保存通知书，并送达行政相对人。这种批准可以是“一案一批”，也可以是“事先授权”，即在明确具体标准的情况下，授予行政执法人员根据具体情况处置的权力，行政执法人员采取“先行登记保存”后，应及时向行政机关负责人汇报。执法人员不能因为个人一时冲动，感情用事。在紧急的情况下，可以先口头征得机关负责人同意，事后应及时补办书面审批手续。
（3）认真制发有关执法文书。证据先行登记保存是一项严肃的执法活动，实施时必须严格按程序履行相关手续，按照有关规定制发证据先行登记保存通知书和物品清单。制作通知书时，应严格按照本行业规定的格式文书书写，并亲手交给证据持有人；制作证据保存清单时，必须有当事人在场，当事人不在场可以邀请其他人员参加。对物品进行清点，应用明确、通用的计量单位登记造册，详细记录物品的名称、规格（形状）、包装、提取的位置等。在制作完毕后，当场交由当事人或其他人员核对，确定无误后签字、盖章。
（4）不得扩大证据登记保存范围。实行证据先行登记保存，必须是在特殊、紧急的情况下，如证据有可能灭失、时过境迁后将难以取得等，行政执法机关才能实施。对没有必要进行证据登记保存，或通过询问笔录、证人证言、现场笔录等其他证据就能够确定行政相对人违法事实的，则不能采取该措施。在执法中，行政执法机关往往把握不准实施证据登记保护的条件，在没有必要采取证据登记保存或用其他证据就足以认定行政相对人违法的情况下，任意扩大其范围，以貌似合法的方式进行变相的强制扣押。
（5）必须符合法定证据的要求。先行登记保存的物品作为证明案件真实情况的证据，必然具有客观性、关联性和合法性三个基本特征，它必须与违法行为有直接必然联系。但行政机关在执法过程中，往往不注意这一点，如城管执法部门在查处违反市容管理乱贴手机广告案时，对与违法行为毫无关联的手机实施先行登记保存，就违背了证据关联性的原则要求。