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新冠肺炎疫情发生后，学校党委第一时间成立由党委书记、校长担任组长的防控新冠肺炎疫情领导小组及工作小组，加强对疫情防控工作的统一领导、统一指挥、统一行动。不断完善疫情防控工作机制，增强疫情防控期间应急工作合力，不定期召开疫情防控专项工作会议，对疫情防控工作进行研判与部署。印发《中共暨南大学委员会关于贯彻落实习近平总书记重要指示精神、坚决打赢疫情防控阻击战的通知》《暨南大学新型冠状病毒肺炎疫情应急预案》等文件，压实责任、强化担当，不断明确行动方位、细化工作要求，确保疫情防控工作落细落小落实。发挥党员先锋模范带头作用，让党旗在疫情防控一线高高飘扬。在疫情防控常态化条件下，积极推进学校全面复学复工、教学科研正常化。由暨南大学担任理事长单位的粤港澳大湾区高校在线开放课程联盟，在疫情期间为10万名注册学生提供超过1 600门优质慕课。2020年春秋学期分24批次，组织29 222名学生顺利返校；秋季学期除少量境外同学外，全日制学生全面复学复课。
学校组织附属第一医院3批医疗队共89人先后奔赴武汉，接管武汉多个医院重症区，为打赢武汉保卫战、湖北保卫战贡献暨南力量。2名医护人员作为防控工作指导组专家，分赴辽宁和新疆开展工作，3名医护人员支援香港疫情检测工作。学校援鄂医疗队专家陈祖辉获全国抗击新冠肺炎疫情先进个人表彰，附属第一医院党委获得广东省先进基层党组织、广东省抗击新冠肺炎疫情先进集体表彰，6人获广东省抗击新冠肺炎疫情先进个人表彰，2人被授予“广东青年五四奖章”。申报新型冠状病毒肺炎相关研究专项19项，王通教授、周振教授等科研团队先后形成多项疫情防控科研成果，用科研攻关为打赢疫情防控阻击战贡献力量。《中国社会科学报》以“为科学精准打赢疫情防控阻击战提供强大理论支撑”为题，在3月—4月以3天3个整版对学校多篇理论文章进行了专题报道。
在2020年抗击新冠肺炎疫情斗争中，一万四千多名暨南校友和校董向学校捐赠物资及金额，总数超过1 300万元，校董企业向国内捐赠超过18.5亿元。国外疫情蔓延扩散后，海内外校友互爱互助，由支援祖国抗疫的“上半场”转至积极参与当地社区抗疫的“下半场”。美国、英国、马来西亚等全球各地校友会自助购买物资，有组织地帮扶校友和老人，为住在国抗疫捐赠物资，以实际行动传递暨南温暖、展现中国担当。