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目前，各条战线基层党组织的隶属关系基本有两种情况：一是属地管理，即由所在地的上级党组织领导；二是行业管理，即由本行业或本系统的上级党组织领导一个基层党组织，具体采取哪种形式，应当遵循以下原则：一是有利于开展党的活动，发挥党组织的战斗堡垒作用；二是有利于加强对党员的教育管理和监督，发挥党员的先锋模范作用；三是有利于保证和促进本单位各项任务的完成。
领导机构在京的中央企业，其党组织由国务院国资委党委领导。领导机构在京外的中央企业，其党组织由所在地的市（地）以上党委领导，党建工作以地方党委领导为主，国务院国资委党委协助。中央企业集团领导机构与其所属企业党的关系在不同省（区、市）的，下属企业党组织由地方党委和企业集团党组织双重领导，以地方党委为主。中央企业集团领导机构与其所属企业党的关系在同一省（区、市），因情况特殊确需由企业集团党组织垂直领导的，由企业集团党组织与下属企业所在地的地方党委协商确定。中央企业之间出资组成的合资企业，其党组织由控股企业党组织领导；中央企业与地方企业合资组建的企业，其党组织隶属关系由合资双方协商确定。
《中国共产党农村基层组织工作条例》规定，农村经济组织、社会组织具备单独成立党组织条件的，根据工作需要，可以成立党组织，一般由所在村党组织或者乡镇党委领导。在跨村跨乡镇的经济组织、社会组织中成立的党组织，由批准其成立的上级党组织或者县级党委组织部门确定隶属关系。
企业改组后，党组织的隶属关系应根据实际情况确定：
（1）企业实行兼并的，同一地区内被兼并企业党组织一般由兼并企业党组织领导。实行跨地区兼并的，被兼并企业党组织一般由所在地党组织领导；需要由兼并企业党组织领导的，由兼并企业党组织与被兼并企业所在地党组织协商确定。（2）国有企业实行承包、租赁或股份合作制的，党组织的隶属关系一般保持不变；需要改变隶属关系的，由有关方面与原企业上级党组织协商确定。
非公有制企业党组织隶属关系的确定，要以有利于党组织开展活动、有利于促进企业发展为原则。非公有制企业党组织一般由所在地的村、乡镇、街道（社区）或开发区（园区）党组织领导。企业规模较大、党员人数较多的，也可直接由所在地（市）、县（市、区）党委领导。非公有制经济比较发达的地方，根据工作需要，可以成立县（市、区）非公有制经济党的工作委员会，作为县（市、区）党委的派出机构，加强对非公有制企业党建工作的领导。
社会组织党组织隶属关系要按照有利于开展党的活动、加强党员教育管理的原则理顺。全国性社会组织党建工作分别归口中央直属机关工委、中央国家机关工委国务院国资委党委统一领导和管理。地方社会组织党建工作由省、市、县级社会组织党建工作机构统一领导和管理。上述机关或机构在社会组织党建工作方面的主要职责是：指导基层党组织建设、党员队伍建设、思想政治工作、党的群众工作和党风廉政建设；督促指导所属社会组织党组织按期换届，审批选出的书记、副书记；审核社会组织负责人人选；指导做好党的建设的其他工作。城乡社区社会组织党建工作由街道社区和乡镇村党组织兜底管理。有业务主管单位的社会组织党建工作，由业务主管单位党组织领导和管理，接受社会组织党建工作机构的工作指导。社会组织中设立的党组，对本单位和直属单位党组织的工作进行指导。
民办学校党组织的隶属关系，实行主管部门管理与属地管理相结合，以主管部门党组织管理为主，学校所在地党组织要积极配合、主动做好指导和管理工作。民办高校党组织关系一般隶属于省（自治区、直辖市）、市（地、州、盟）党委教育工作部门或教育行政部门党组织。民办中小学校党组织关系一般隶属于县（市区、旗）党委教育工作部门或教育行政部门党组织。民办培训机构党组织关系一般隶属于县（市、区、旗）教育行政部门、人力资源社会保障部门党组织或社会组织党工委。办学规模大、党员人数多、有一定社会影响的民办中小学校、民办培训机构党组织，也可由市（地、州、盟）党委教育工作部门或教育行政部门、人力资源社会保障部门党组织直接管理。有特殊情况的，党组织隶属关系由党委教育工作部门或教育行政部门、人力资源社会保障部门党组织，商同级党委组织部门确定。
县以上有关部门驻乡镇的单位，应当根据党员人数和工作需要成立党的基层组织这些党组织，除党中央另有规定的以外，受乡镇党委领导。
关于企事业单位党支部的隶属关系，地方各级党委可以根据党章规定和各地的具体情况，本着有利于加强党的建设，发挥党支部战斗堡垒作用的原则作出具体规定。一般可根据企事业单位党组织的不同情况，分别确定其归属地方党委或某个基层党委领导。有些地方把少数企事业单位党支部归属市、县等党政机关党委领导，作为暂时办法是可以的，将来随着领导制度、经济体制、机构等改革的推进再予以合理解决。如果长期归属党政机关党委领导是不妥的，因为企事业单位与党政机关性质不同，党的建设的要求也不一样，长期下去不利于加强党的建设。