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司法鉴定制度作为人类诉讼文明和科技发展的产物，其得以确立并在诉讼制度的演变过程中得到发展和完善，在相当大的程度上是因为该制度本身在诉讼过程中具有一系列的优势。正是因为司法鉴定制度所具备的独特的制度价值，使得它在经过长久的历史发展之后，在科学技术高度发达的现代社会得到了极大的认可和重视，任何国家都无法忽视司法鉴定对于公正司法所起到的重要作用。司法鉴定的价值包括下面两个方面。
司法鉴定的工具性价值在于查明案件事实，实现实体正义。司法鉴定制度得以确立要归功于现代科学技术的产生及发展，而司法鉴定制度运作的目的就是通过科学技术对诉讼中某些专门性问题进行检验和判断，提供科学的意见。法官对案件的审理需要就案件所涉及的问题进行裁判，但是这种裁判必须建立在一定证据的基础上，法官不可能完全脱离证据而就案件作出判断，无论在哪种社会形态中，法官都不可能具有如此大的裁量权，国家和法律也不会放任法官恣意的裁量权。因此，当司法鉴定在诉讼过程中得以运作，并对案件的专门性问题作出认定后，实际上就是为法官裁判的作出提供了一个相对确定的事实基础，司法鉴定就争议问题所形成的鉴定意见往往也因此而演化为客观真相。在这个过程中，司法鉴定实际上为法官准确认定案件事实提供了一种技术支持和专业保障，其运作结果便是将案件事实真相相对完整而明确地呈现在诉讼参与者及社会公众面前。以此为基础，法官根据法律的规定作出的判决往往是公正的，诉讼参与者和社会大众也会认为法官实现了司法公正，裁判的权威性因为具备了公正的要素而得到支持和加强。这种实体意义上的公正，是司法鉴定在运作过程中所内含的一种价值追求，无论承认与否，司法鉴定一旦启动，其对这种实体公正的倾向性选择均是无法避免的。
司法鉴定作为诉讼制度的一个重要组成部分，不仅是实体法和程序法的综合体，也是法律程序与技术程序的统一。司法鉴定既涉及对案件专门性问题进行判断的实体性规则，也涉及如何运用专门知识对专门性问题进行判断的程序性规则。司法鉴定作为一种司法制度，必须具备一定的可操作性，必须具有一系列的程序性规则对之加以保障。司法鉴定在运作的过程中，程序性规则发挥的一个重要作用即为诉讼双方提供平等的机会参与其中，并对司法鉴定的展开享有对等的发言权。在大陆法系国家，对于实施司法鉴定的程序，虽然法官具有掌控于控辩双方的主导权，但是法官的重要职能之一就是维持诉讼双方之间的平衡，尽量避免力量失衡现象。而实际上，基于实践中双方地位失衡的现状，出于对被告方弱势地位的考量以及限制检控方权力的思路，大陆法国家往往还赋予被告人较多的权利以形成对控方权力的制衡。而法官在诉讼过程中，还要竭力在诉讼双方之间保持中立，同时还要维持双方在鉴定问题上势均力敌的状况。这些程序性规定的逻辑基础即是保证诉讼双方尤其是被告方在鉴定的过程中得到公正对待，使其可以享受到程序主体所应当享有的所有尊严和自我感，从而体现法律人性化的一面，在外观上使法律呈现出公正。在这个意义上，司法鉴定的制度设计闪现着程序公正的光辉，它保证作为制度参与者的诉讼双方在鉴定的开展过程中，通过理性化的程序和制度，使得人们从程序运作过程中，获得对法律秩序公正性的认识和信心，同时使进入诉讼的双方的正当权益得到应有的尊重和维护。司法鉴定制度的功能作用恰好满足了这一要求。
司法活动是办案人员按照一定的程序和原则把待决案件事实置于法律规范构成要件之下的推理过程，是通过对法律规范的识别与解释，并对案件事实进行鉴别与认定，从而获得相应判断的认识过程。案件事实是发生在过去的事件，相对事后开展的认识活动来说，都已经成为“历史”。鉴于时间的不可溯及性，鉴定人通过先进的科学技术经过反复实践，虽然能够揭示事实的真相，但仍不可能重现案件事实，也不能根据法庭审理裁判的需要而任意展现在法官或诉讼参与者面前。案件一旦发生，事实便化身为不可重现的证据，成为司法活动的认识对象。法官对案件事实的认识，应当在尽量保证符合其本来面目的情况下进行，惟其如此，司法才能在最大程度上获得客观性，才能对案件作出最符合客观实际的评价。而法官对案件事实的认识，需要一定量的证据提供足够充分的信息加以支持，因此，从法官认识案件事实的需求出发，证据需要具备客观的属性。证据的客观性强调证据必须是客观存在的事实，任何主观的东西如臆想、猜测、假设等，都不能成为证据。
司法鉴定的核心是通过科学技术在司法领域内的运用，从所鉴定的对象中获取与案件事实相关的客观信息。因此，司法鉴定在完成后，必然需要向法庭提供某种结论，即对整个鉴定过程以及鉴定人利用自身的技术方法、职业技能和执业经验以及专业知识，通过鉴定对案件有关的专门性问题所形成的判断。这些判断是专业知识规范和具体事实之间的结合，其在得以形成并提交给法庭后，使得事实裁判者所要关注的认识对象的范围大大扩张。此时，法官不仅需要关注诉讼双方所提供的认识对象及其自身在审理过程中所获取的其他认识对象，还必须吸取鉴定意见中所蕴含的有效信息。在司法鉴定进行之前，与案件有关的某些事实信息可能因为各种原因而被掩盖，法官的认识对象在某种程度上被限缩了，往往限于根据经验或逻辑可从证据获取的表面信息。而司法鉴定的目的之一就是利用技术对这些被掩盖的信息进行揭露，从而大大深化了人们在同等情况下对证据所包含的信息的理解，为审判在更深层次上提供了可供认识的对象。因此，司法鉴定的存在，在某种程度上保证法官需要关注的案件事实不会受到限制，从而扩张了司法裁判者认识对象的范围。
通常情况下，司法过程中对案件事实的认定，基本上表现为三方面要素共同作用的结果。（1）裁判者的判断力，这是人本身所固有的一种能力，并不因其身份而对其他人产生某种优越性。（2）裁判者作为正常理性人所具有的生活经验，这是人在社会生活中逐渐获取的知识，其可能会因生活环境等各种因素的影响而在裁判者和其他人之间产生某种程度上的差异，但并不必然意味着裁判者所具有的这种生活经验优于其他人的生活经验。（3）诉讼中收集到的为法律认可的证据。上述三方面因素中的前两项属于事实裁判者的认识能力。从理想的情形来说，当裁判者面对证据需要作出判断的时候，只需要根据经验运用自己的判断力，便可得出事实认定的结果。
在司法实践中，案件事实所涉及的问题又常常会有超出一般人的知识和生活经验范围之外。此时，缺少有关专门知识作支撑的单纯的判断力便失去了用武之地，而不得不借助有专门知识的人的帮助。对于案件裁判者来说，熟练、准确地对法律加以运用是其职业化的必然要求和基本素质，但是不可能要求他们对于超出一般常识范围之外的各个专门领域都有深入的研究。与此同时，裁判者又不能仅以诉讼中需要判断的事实超出其认识能力范围之外为理由而拒绝作出裁判。无论如何，裁判者对诉诸法院的争议问题作出判决都是理所当然的责任。为了解决裁判者不得拒绝裁判的义务和裁判者认识能力欠缺两者之间的矛盾，法律必须寻求一种解决机制，以补充对裁判者就专门性问题认识能力的欠缺。因此，现代科学技术必然被引入到诉讼当中。科学技术的运用，裁判者对于无法用其专业知识认识的案件事实就可以得到专业的解读和判断。司法鉴定制度也由此成为法官认定事实的一种制度性保障。在司法鉴定中，鉴定人也因此成为一个核心角色。一方面，他是科学技术手段的掌控者；另一方面，他又对案件涉及的专门性问题具有优于裁判者的认识能力。只有这两者互相结合，案件的裁判者在对专门性问题作出判断上所面临的窘境才能得到化解。由此可见，鉴定人的作用是根据超出一般常识范围之外的那部分专门知识，利用技术优势就专门问题作出判断，从而补充事实判决者在专门问题上认识能力的不足。
司法鉴定既是一种科学技术活动，又是一种诉讼证明活动，是形式上的司法活动与实质上的科学技术活动兼容。司法鉴定通过技术性手段将蕴含于物证、书证等证据中的事实信息揭露出来，并将之以鉴定意见的方式加以展示，从而达到为法庭查明事实提供帮助的目的。一方面，司法鉴定可以揭示物证、书证等证据的证据价值。因为有些物证、书证只有经过具备特定知识和技能的人的确认、解读才能发挥其证明作用，只有经过司法鉴定才能确定其证明力并为诉讼行为的展开提供证据支持。另一方面，司法鉴定为一定的实体或者程序性主张提供意见。在诉讼过程中，诉讼双方基于胜诉的渴望，往往会根据具体情况的发展而不断提出实体主张或程序主张。实体方面的主张涉及被追诉人刑事责任能力、犯罪构成要件等方面的诉求，而程序性主张主要涉及被告方诉讼能力、受审能力及证人的作证能力等请求。司法鉴定的作用是为诉讼参与者所提出的某种主张从专业角度提供意见。司法鉴定还可以对一些普遍性的规则、惯例、专业术语等进行说明、解释，从而帮助控辩审三方理解、判断有关各方的意见。