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司法鉴定制度作为司法制度中的重要组成部分，与证据制度、诉讼制度密不可分。证据制度确立的主要目标是为了及时发现和准确认定案件事实，自然科学的迅速发展为实现这一目标提供了必备条件。司法鉴定制度的完善是科学技术发展的必然结果，然而，一种制度的产生、完善和运行需要某种理论为其提供正当性基础，同时也会受到特定时段的哲学思潮、思维模式和价值取向的影响。司法鉴定制度的目的就在于通过科学技术在诉讼程序中的运用来保证法庭能够更准确和有效地对案件事实进行确认。
人类社会自产生以来，始终难免与纠纷相伴，而解决纠纷需要科学的鉴定技术参与。专家利用专业知识解决纠纷中的专门性问题，司法鉴定也就成为纠纷解决的一项重要制度。司法鉴定制度的产生是科学技术发展并对社会生活产生影响的必然结果。司法鉴定制度的目的在于通过科学技术在诉讼程序中的运用，保证人类能够更准确和有效地对案件事实进行确认。司法鉴定既不是司法行为，也不是行政行为，而是一种运用专门知识、科技手段、职业技能和执业经验为诉讼活动提供技术保障和专业服务的司法证明活动。司法鉴定作为一种证据调查方法和司法证明制度，除适用于诉讼活动外，还广泛运用于各类社会管理、行政执法和其他纠纷解决活动中。作为一种证据，司法鉴定因其自身的性质和特点，在认定案件事实和对诉讼活动中的专门性问题进行鉴别、审查和判断中具有特殊的功能，对诉讼结果起到至关重要的作用。因此，建立和完善独立公正、科学规范的司法鉴定制度，对于维护公民、法人和其他组织的诉讼权利，对于保障诉讼活动尤其是司法审判工作的顺利进行，具有不可替代的地位和作用。
司法鉴定制度是大陆法系国家司法制度的一个重要组成部分，它与司法制度的产生和演变密不可分。这一点，可以从人类在司法过程中所采用的司法证明方法的演变历程中得到清晰的认识。从司法鉴定制度的起源来看，构建该制度的理论基础主要有四个方面：（1）认识论基础即人类认识能力的非至上性；（2）价值论基础即多元价值的冲突与平衡；（3）社会学基础即社会分工的精细；（4）自然科学基础即科学技术的发展。★★★参见汪建成：《司法鉴定基础理论研究》，载《法学家》2009年第5期。
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人类的证明活动有多种分类和方式，证明的事实从客观事实到法律事实再到科学事实则是最重要的方式之一。司法鉴定制度是由国家的诉讼模式和审判方式决定的。我国的诉讼模式是由职权主义和当事人主义相结合的产物，审判方式由原来的法院包办代替的纠问式演变为控辩式的模式。这就决定了司法鉴定不再仅仅是一种侦查行为，也不再是司法机关的专属权力，而是当事双方都拥有的诉讼权利。
司法鉴定活动是科学性和法律性的高度统一。司法鉴定具有合法性、中立性和客观性相统一的基本属性。司法鉴定活动既要遵守司法活动的程序和要求，也要遵循科技工作的客观规律和技术规范。一方面，双方当事人在法庭上必须对鉴定意见进行质证，法官必须在对鉴定意见进行审核、判断的基础上，结合其他证据决定是否采信；另一方面，司法鉴定人从事司法鉴定活动时，既不是对当事人负责，也不是对委托人负责，而是对法律负责、对科学负责、对委托的鉴定事项负责，最终是对案件的事实负责。司法鉴定具有科学性和可量化、可检测的特征。在诉讼中尤其是在审判活动中具有直接证明和认定案件事实以及判断其他证据真伪程度和证明效力高低的特殊功能。
在诉讼活动中，证据是查明事实、核实事实和证明事实的依据。在众多证据中，司法鉴定作为一种可量化、可检测的科学技术手段，被视为最可靠、最有力的证明方法。科学、规范、客观、公正的司法鉴定制度是准确认定案件事实、正确适用法律的关键，更是当前深化司法体制和工作机制改革的重点之一。
曾引起社会高度关注的贵州瓮安李树芬案、哈尔滨林松岭案件、云南“躲猫猫”案、杭州“70码”案、成都“6·5”公交车燃烧案件以及天津许云鹤案等案件的处理，均与司法鉴定的参与密不可分。当代社会在司法文明、司法民主、司法科学和保障人权等现代司法理念和潮流发展的推动下，那种仅仅依赖人证（尤其是被告人口供）作为证明手段的时代已经过去
，而科学证据较之人证则具有更为重要的证明价值和社会公信力。在诉讼活动中，特别是在司法审判中，绝大多数物证蕴含的证据信息都需要通过司法鉴定活动将它“提炼”出来，并证实有关专门性问题和案件事实是什么以及事实是如何发生的。
就诉讼参与机关的诉讼职能而言，侦查机关负责查明案件事实，审查起诉机关负责核实案件事实，审判机关的职责在于认定案件事实并适用法律，而司法鉴定制度的功能作用主要在于证明案件事实。由此可见，从参与诉讼的角度来看，司法鉴定是鉴定主体的合法性、诉讼地位的中立性和诉讼程序的正当性的统一；从科技实证活动的角度来看，是仪器设备的专业性、技术方法的成熟性、操作程序的规范性和鉴定人的职业性的统一。司法公正主要体现为侦查公正、起诉公正、审判公正和执行公正相互的统一。基于此，司法公正应当是实体公正、程序公正和鉴定公正的统一适配和内在协调，并以此维护社会公平正义，促进社会和谐稳定。