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司法鉴定作为一项法律制度肇端于其他诉讼制度，曾与勘验、检查等刑事技术并合。这一制度的形成经历了一个漫长的过程，在不同的传统文化、诉讼结构以及司法制度背景下形成了各具特色的鉴定制度或者专家证人制度。
大陆法系国家的鉴定历史悠久，源于尸伤检验的司法实践，与刑事审判制度并存。据考证，鉴定可追溯到古希腊时代，在古希腊的文献中能够寻找到因争议案件事实而使用医学知识或其他自然科学知识进行尸体检验的实例。公元前510年的古罗马《十二铜表法》中存在亲子鉴定的有关规定。公元前44年，古罗马恺撒大帝（Julius Caser）在罗马元老院大厅遇刺身亡，由医师安提斯底（Antistius）验尸，发现身体23处被刺，并提出胸部为致命伤的意见。这些鉴定在诉讼历史上可能是较早使用法医的案例。公元6世纪，东罗马帝国的《查士丁尼法典》中也存在关于鉴定的规定，这是西方最早有关鉴定的立法例。鉴于此，罗马法可视为鉴定制度的滥觞，并作为大陆法系司法鉴定的端绪。
“鉴定制度，在罗马法中已发其端绪，继依德国普通法之理论而发达；惟德国古代法中则无此制度。”
德国古代法没有鉴定的相关规定，其鉴定制度是在后来的德国普通法理论得到发展后形成的。1532年的德国《加洛林法典》存在有关“鉴定”的规定，涉及鉴定的条文有40条。如该法典147条规定，伤害致死的因果关系，可以由外科医师作为证人，并要求他进行鉴定。在“德国普通法中，初则以鉴定人与证人同一视之，且以鉴定人为理论方面之证人，而以证人为事实方面之证人；厥后始有鉴定人与证人之区别”。
继之，许多国家将有关鉴定的规则规定在法典中。15世纪后，伴随欧洲资产阶级革命的发生，生物学、物理学、化学、数学得到了空前的发展，这对法医学的发展起到了推进作用，对维护社会制度的诉讼制度提出了新的要求，特别是通过科技手段等专门知识来证明案件事实产生了深刻的影响。1562年法国医生巴雷（Ambrois Paré）第一次进行了汞中毒的法医学鉴定，1575年撰写了《外科手术学》，并对损伤、杀婴、机械性窒息、电击死等非正常死亡尸体以及活体损伤等提出一些鉴定方法。1606年亨利四世曾通过许可状的方式授权任命外科医生让·德拉里维尔（Jean de la Rivère）为被伤害或者谋杀的人进行检验。17世纪后期，路易十四颁布的《刑事条例》中规定了受伤者应受愿意宣誓提供诚实报告的内科医生与外科医生检验，检验报告可以作为案件的证据；法官可以命令正式指定的内、外科医生进行再检验。这些规定还涉及鉴定人宣誓、鉴定人资格等内容，这是法国现代鉴定制度的雏形。
1598年意大利的菲特利斯（Fortunatus Fidelis）撰写了欧洲第一部系统性的医学专著《医师报告》（De RelationibusMedicorum）。这一医学著作为以后的法医学发展奠定了基础，也为法医学鉴定的发展提供了条件。1622年意大利的巴迪尔（Camillo Baldi）编写了世界上第一本笔迹学著作——《怎样根据字迹判断写作者性格和气质》。1813年、1815年西班牙的医学博士马蒂厄·约瑟夫·博纳旺蒂尔·奥菲拉（Orfila）先后出版了《毒物与普通毒物学》（上、下），其中砷的研究对毒物检验鉴定产生了非凡的影响。在1840年玛丽·拉法格被指控毒死丈夫一案中，奥菲拉鉴定出拉法格尸体内有砷的存在，在排除来自检验所使用的试剂以及死者棺材周围泥土的情况下，确认了此案的事实。在毒物研究和检验鉴定方面因此获得欧洲“毒物学鼻祖”的声誉。1850年比利时的化学教授让·塞维·斯塔尔在古斯托夫被杀案件中，鉴定出死者的肝脏中含有大量的尼古丁毒物，形成了斯托斯检验毒物生物碱的方法。1850年法国马里·德维热出版了《法医学：理论与实践》。1850年和1856年德国约翰·路德维希·尤斯佩的《司法验尸》和《法医学手册》出版。1868年俄国涅金戈利用显微镜研究颈索沟的变化来判断死因。1872年法国人米尚（Jean Hippolyte Michon）出版了《笔迹学的体系》和《笔相学的方法》。
1883年法国的贝蒂隆（A.Betillon）创建了“人体测量法”，将其应用于刑事犯罪档案的建立，并创建了世界上第一个鉴定机构——刑事鉴定局。鉴定机构的建立，对大陆法系国家的司法制度产生了深刻的影响，致使其他国家纷纷效仿，在享有侦查权的机关内设立鉴定机构，成为警察机关和行使侦查职能的检察机关内设鉴定机构的传统。同时，1877年的《德意志刑事诉讼法典》中有关鉴定的规定，保留了法官指定鉴定以及鉴定人属于法官协助人的传统。19世纪末，鉴定人与法官仍然维持此种密切的协助关系。在法定证据制度下，法官没有自由判断及评价证据的权力，因此，基于一定的鉴定而提出的意见，法官必须遵从。
随着诉讼模式演进、证据制度的变化、科学技术的发展以及对鉴定问题认识的深入，大陆法系国家将鉴定作为一项相对独立的活动，鉴定结果也逐渐作为证据的种类，并在实体法和程序法中对其作出相关的规定。如《法国民法典》以“鉴定”这种证据方法来明确其证据种类；《法国刑事诉讼法典》设立“鉴定”专节共用14个条款规定鉴定的程序规则；《法国民事诉讼法典》也规定了鉴定程序规则。
法国在刑法中，所有的证据方法——书证、人证、供述、搜查、扣押、现场查证、勘验、鉴定、事实上的推定、痕迹等，只要运用这些证据方法所取得的证据是按照一定的形式并遵守特定的规则进行查找与提出，并提交法庭辩论与对席争论，便都许可。1910年法国的洛卡德（Edonond Locard）在里昂创立了欧洲第一个警察犯罪侦查实验室。法国的警察系统设有鉴定机构，隶属于内政部的国家司法警察局下设的司法鉴定中心，主要在现场勘查、物证检验、人身识别等方面向各地警察机构提供服务。巴黎警察局设有中心实验室和毒物学实验室。国家宪兵总局设立技术处，主要负责现场勘查和鉴定工作。法国将鉴定资格授予个人和单位，委托鉴定“应从列入最高司法法院制定的全国性名册的自然人或法人中挑选鉴定人，或者从列入上诉法院按照1971年6月29日有关司法鉴定人的第71-498号法律规定之条件制定的名册上的自然人或法人中挑选鉴定人”。
德国法律规定的证据有勘验、证人、专家鉴定、文书、询问当事人。法律列举并没有穷尽，其他查证的方法也可以考虑，如广泛询问（Umfragen）等。其证据形式主要包括询问当事人、人证、书证、勘验和鉴定等。1901年德国学者保罗·乌伦豪特在意大利学者罗格托·马格纳尼研究采用干血痕区别人血和动物血方法的基础上，研究出利用血清能够将人血、马血和牛血的干血痕区别开来，发表了《不同种类的血的鉴定方法及人血的鉴别证明》论文，为血痕的鉴定奠定了技术基础。随之，在鉴定活动中出现了ABO血型的鉴定技术方法。
《德国刑事诉讼法典》和《德国民事诉讼法典》对鉴定作出了相关规定。德国的警察系统设有司法鉴定机构，分属于联邦和州警察局鉴定机构，它们之间互不隶属。联邦警察局设立7个部门，信息鉴定处负责鉴定工作，法医学鉴定均在各医学院校的法医研究所。德国司法鉴定机构的管理机关为司法部，各医学院校的法医研究所的法医学鉴定也接受司法部的指定，但法院与检察院不设立鉴定机构。德国将鉴定资格授予个人和机构。
1716年俄国颁布了通过尸体解剖来确定死因的军事法令。该法令规定，对于殴打和受伤死亡者应当实行尸体解剖。俄国将鉴定人作为科学的法官，曾一度出现视鉴定人的意见为科学判决的情况。但之后这一观点逐渐被修正。原苏联法学家克列曼认为证据种类应有以下几种：证人的陈述、书证、物证、当事人本人的答辩、勘验笔录和鉴定人的意见等。《俄罗斯联邦刑事诉讼法典》是在原苏联1985年修正的《苏俄刑事诉讼法典》的基础上在2003年进行修改，后经过2005年的修订，在鉴定人的结论外新增加了“专家”的规定，并在“鉴定人的结论”的基础上增加了“鉴定人的陈述”，以此明确“结论”与“陈述”的区别。《俄罗斯联邦民事诉讼法典》规定了“鉴定人的结论和陈述”，并将“鉴定结论”作为独立的证据种类。
大陆法系国家由于受职权主义诉讼模式的影响，鉴定人的鉴定资格一般由有关法律或有权机关明确规定或者将鉴定权授予特定的人或机构。鉴定机构和鉴定人具有中立性，并实行鉴定人回避制度。法院将鉴定人视为法官的“助手”，帮助法官发现事实的辅助人。法官在审判实践中借助鉴定人的专门知识和鉴定意见在形式上“弥补其知识的不足”或“掩饰其常识的缺陷”。鉴定程序一般由法官启动，警察机关和检察机关一般不拥有司法鉴定的直接决定权，在侦查活动中发现案件确有专门性问题需要鉴定时，一般请求法官决定。
大陆法系国家的司法鉴定强调法官对鉴定启权动的控制、鉴定人的中立，鉴定制度的职权主义色彩相当浓厚，这使得鉴定更多的是追求实质公正和诉讼效率，易于忽视诉讼当事人在司法鉴定程序方面的权利保障，在实践中，常常导致法官过分依赖鉴定结论的危险。这些缺陷已经成为近年来大陆法系国家进行鉴定制度改革的主要原因以及完善鉴定体制的重要课题，尤其是法国，在修改后的《法国民事诉讼法典》中形成了“确认”“诊断”和“鉴定”并存的法律制度。
英美法系国家基于历史传统的延续性，其诉讼模式以及民族特点等具有近似性，在鉴定制度中形成了颇具特色的专家证人制度，并随着诉讼对抗制度的发展创立了有关专家证人制度的判例和相关立法。
英国由于历史渊源、地理环境以及民族特点，英格兰、威尔士和苏格兰形成了具有差异的诉讼制度，也出现了两种不同的鉴定制度。英国的鉴定制度源于盎格鲁撒克逊时期的“验尸官”（Coroner）。英格兰、威尔士被誉为“验尸官”制度的诞生地。“验尸官”的主要作用是查明死因，医生是协助人。这种制度影响了不少英联邦国家，如美国的部分州、北爱尔兰、新加坡等的相验制度。这些制度则是在“验尸官”制度的基础上发展起来的。
英美法系国家的专家证人制度是在审判实践中逐渐成长起来的。早期由某一领域具有经验的人组成陪审团参与案件的审判，如英国审理出售变质食物案件的陪审团；审判妇女怀孕案件的“已婚妇女”陪审团等。在公元5世纪至9世纪英国一些官员代表国王支持地方尸体的勘验和证据调查，形成了验尸官制度。随着陪审团制度的改革，14世纪的英国出现了利用专门知识帮助法庭解决疑难问题的“法庭顾问”。如1345年审理有关当事人伤口是否为新近形成的案件时，法官聘请了外科医生作为顾问，他们以自己的专门知识出席在法庭上，解决的主要是医学问题。1532年英国法律规定，法庭对暴力致死案件应当传唤医学专家提供专业意见。1555年英国伯克利诉拉斯·托马斯一案（Buchley v.Rice Thomas）是最早听取专家证言的判例，审理案件的法官桑德斯（Saunders）认为，“如果在我们的法律中出现有关其他学科或机构的事项，我们通常请求有关的科学或机构帮助，这是我们的法律中一件值得尊敬和赞扬的事。因为它表明我们并没有拒绝接受除我们之外的所有其他科学，相反，我们把它们作为值得赞许的事情来鼓励和支持”。18世纪以前的英国，专家证人的程序启动权并非由当事人（控辩）双方享有，而是由法院垄断，与大陆法系国家基本相同，具有专门知识的人被称为“技术证人”（skilled witness）。
自然科学技术的发展促发了鉴定技术、方法的改变以及鉴定领域的拓宽。1684年英国科学家格雷（Gray）博士利用显微镜提出了最早的指纹研究报告。1782年在福克斯诉查德（Folks v.Chadd）判例中，法庭采信了著名工程师防洪设施淤塞港口的专家证言。19世纪初，英国的安德鲁·邓肯（Andrew Duncan）在爱丁堡大学首先开设法医学课程。1880年苏格兰教士亨瑞·费尔滋（Henry Faulds）通过报告建议犯罪侦查运用指纹识别技术。1892年英国弗朗西斯·高尔顿（Francis Galton）出版了《指纹》专著，提出了指纹的独特性和不变性，为指纹鉴定奠定了理论基础。英国的国家安全经常受刑事犯罪问题的困扰，为了保障打击犯罪的效率，政府建立了由警方管理的鉴定机构，即“刑事科学服务局”（FSS）。在苏格兰，警方设有四个鉴定实验室。美国承继了英国法的传统，在部分州采用了英国的“验尸官”制度，但当时担任“验尸官”的不限于医师，在1877年废除继承而来的“验尸官”制度，改为法医师制度（Medical Examiner）。1851年美国判例中出现了专家证人（Expert Witness）。18世纪后期，因英国的这种职权式的专家证人启动程序与主流的当事人诉讼文化不相融，特别是普通法的不断规范，专家逐渐被固定在证人席上。在司法实践中，法庭一般不再指定专家证人，专家证人由当事人双方委托，出现了当事人双方聘请专家证人的情况，专家证人成为当事人的协助人。这一程序的优点就在于把证据调查的责任赋予那些最有调查积极性的人来完成。
19世纪初期，现代诉讼制度中的专家证人制度基本形成，如笔迹鉴定的专家证人制度等。19世纪中叶之后，城市成为经济、文化和政治等的聚集地，人口逐渐向都市集中，商业交易不再限于熟人之间，加上受教育的人逐渐增多以及银行的出现，金钱作为交易的工具可以大量地在陌生人之间流通，故美国法院不再采用以一般熟悉笔迹的人作为证明笔迹的证明方法。由于法官在判断笔迹真伪的案件中对一般人的意见证据不满意，同时，基于一定经验、学识等有能力比对笔迹真伪的“智人”的出现，促使美国法院舍弃难以寻觅的熟悉撰写人笔迹的证人，转而求助于有能力比对笔迹真伪的“智人”专家，但证据形式仍然采用证言。从法官“对一般证人的意见证据不满意”的层面进行分析，可能存在两个方面的问题：（1）传统的熟悉当事人笔迹的证人对笔迹的确认存在不准确情形，由此带来的错判导致法官或当事人的不满，客观上造成了一些不利的后果。（2）法官对一般证人提供的意见证据本身存在疑虑，认为对于发现事实无助，认为寻求具有科技知识或实践经验的专家方为较好的方法。专家证人制度日趋完善和成熟。
随着科学技术的不断更新，英美法系国家的鉴定技术有了重大的发展。19世纪因枪杀案件的增多，英国的一些法院逐渐接受了枪弹检验结论作为证据，枪弹检验技术得到了发展。1902年英国首次采用指纹鉴定作为证据运用于定罪。1902年美国马萨诸塞州最高法院首次将枪弹鉴定结论采纳为证据。1910年英国的罗伯特·丘吉尔（Robert Churchill）首次以枪弹专家的身份出庭作证。1911年美国伊利诺伊州法院开始以指纹比对鉴定用于谋杀案件。1913年美国开始有笔迹专家出庭作证。1921年美国加利福尼亚州的伯克利警察局第一次将测谎技术应用于诉讼过程中，并逐渐出现一些私人的测谎机构。1923年美国洛杉矶市警察局局长奥古斯特·沃尔默在其警区内创立了第一个警察犯罪侦查实验室。1925年美国查尔斯·怀特在比较显微镜下开始了枪支的同一鉴定，并成为近代枪弹痕迹鉴定的创始人。1974年美国建立了指纹自动识别系统。1985年英国学者杰佛利（A.Jeffeys）发现了DNA指纹法，开创了DNA亲子鉴定的先河，该方法逐渐在其他各国得到普遍应用。美国1986年开始采用DNA鉴定证据，并于1994年制定了《DNA鉴定法》（DNA 1994）。
英美法系国家的鉴定人作为协助当事人的专家证人，未能像大陆法系国家那样存在法定资格，其资格一般由法官在法庭上判断。美国的专家证言制度颇具特色，并形成了涉及科学技术的可采性判断规则。1923年，美国华盛顿哥伦比亚特区（D.C.）联邦法院审理的弗赖伊诉美国（Frye v.United States）案，形成了专家证言可采性的“普遍接受标准”。该标准要求该专家证言来自科技领域，并确认专家证言的科学性原理、领域和范围，专家证言所赖以建立的科学原理以及技术方法已经获得该领域中的专家同僚的普遍接纳或者认同。1993年在达伯特诉麦热里·杜制药公司（Daubert v.Merrell Dow Pharmaceuticals, Inc）案件中，美国联邦最高法院推翻了第九巡回地区法院根据弗赖伊判例“普遍接受标准”所作的判决，从此确立了达伯特判例的“综合观察标准”或达伯特法则（Daubert Rule）。法庭认为，应采用以下四种方法来检验专家证言是否具有可采性：（1）该科学理论是否得到了实验检验。（2）作为专家证言基础的理论或技术是否已发表且经受同行严格复查的检验。（3）作为专家证言基础的研究方法或技术的出错概率有多大。（4）就专家证言基础的技术、方法和理论而言，在某个特定的科学领域中有多少学者能加以认同和接受。1975年《美国联邦证据规则》第702条对专家证人制度作出了规定；2000年对其进行修改，增加了判断标准的最低要求，规定了审判法院必须使用一些基本标准来判断向法庭提供的专家证言的可靠性与有效性。
科技进步不仅拓宽了鉴定的领域，而且引起了鉴定制度的变化。在20世纪90年代，英国进行了一系列的鉴定制度改革，将英格兰的两大鉴定机构刑事科学服务局（FSS）和工业贸易部设立的“政府化学实验室”（LGC）从警方和政府中剥离出去，成为独立股份化的市场中介机构。1995年4月英国对鉴定机构又进行了一系列的改革，将全国7个大型法庭科学实验室收归内政部管理，建立了相对统一的鉴定管理模式。这种司法鉴定统一管理机构是由内政部、检察机构、警察局共同成立的法庭科学管理委员会，该委员会设在内政部，独立于检察机关和警察机构。苏格兰也效仿英格兰的做法，2007年4月将4个警方实验室与警方脱离，成为中立的社会机构。
1923年美国洛杉矶警察局局长奥古斯特·沃尔默（Auguste Wormer）建立美国第一个警察的犯罪侦查实验室。鉴定机构被称为法庭科学实验室，分属于不同的管理部门，法院和检察院没有鉴定机构，警察机构设有鉴定机构，这些鉴定机构互不隶属。美国的鉴定机构既有政府投资的，也有私人设立的。其中，政府投资设立的鉴定机构属于非营利性的机构，具有中立性的特点。在英国，当事人在诉讼中需要鉴定可以自行决定，法院对其启动鉴定一般不予限制。美国继承了英国的专家证人传统，当事人对鉴定程序的启动拥有完全的自主权，对鉴定事项的决定和专家证人的选任，拥有同等的权利。但在许多情况下，当事人及其律师从大量的专家中选任专家证人的能力是不平衡的，他们会根据其证言可能的内容来选任专家出庭作证。专家证人和普通证人一样，都承担着出庭作证的义务，接受传唤方和对方的询问，陈述鉴定所依据的原理、材料的来源、方法和设备的采用，并回答双方的询问和质证，解释自己专家证言中存在的疑点或矛盾的地方。1935年英国警方建立犯罪侦查实验室。
英美法系国家专家证人制度具有充分保障当事人诉讼权利的功能，然而这种与当事人主义相联系的专家证人在诉讼中扮演着“具有专门知识的辩护人”的角色，法庭成为“专家争斗”的战场。在某些时候那些不是最优秀的科学家和专家反而成了最优秀的“专家证人”，其结果必然是降低诉讼效率和影响案件事实真相的发现。
随着法治社会的发达与进步，两大法系国家对各自的鉴定制度不断地进行改造，使鉴定人（专家证人）在诉讼中的地位发生了微妙的变化。英美法系国家在专家证人制度上，逐渐强化专家证人的中立地位，防止专家过分当事人化，影响实体真实的发现，从立法上强调专家证人对法院的责任。1999年英国的《民事诉讼规则》和2000年《专家证人指南》（Code of Guidance for Experts and Those Instructing Them）对专家证人制度作了一些改动，使专家证人具有法院辅助人的倾向。《民事诉讼规则》第35条第3项规定，专家证人的职责在于以其专业知识帮助法院解决有关诉讼程序中的问题，故专家的基本职责是帮助法院实现上述目标。《专家证人指南》规定了鉴定专家对法院的优先职责。英美法系国家的专家证人在向大陆法系国家的鉴定人的角色靠拢。《美国联邦证据规则》第706条规定，法庭可以根据自己的选择指定专家证人，也可以指定由双方当事人同意的任何专家证人，就案件的某一科学问题进行鉴定。在英国，越来越多的人主张通过法官或法庭直接决定鉴定事项，用来作为当事人委托鉴定制度的补充，以克服专家证人制度的缺陷。英美法系国家法官对这种规定在实践中却很少适用，仍保持其专家证人作为当事人证人的特色。
大陆法系的法国修改刑事诉讼法时，曾建立了“双重鉴定制度”，预审法官可以同时指定数名专家对同一问题进行鉴定，强化相互制约。鉴定制度上的职权主义逐渐出现了松动，容许当事人在特定条件下自行启动鉴定程序，启动权存在由职权机关向当事人移转的倾向；对于鉴定意见是否采信由单一的不采信说明理由，到无论采信与否均需说明理由，在鉴定意见适用上对法官自由心证起到了限制的作用。
两大法系国家在司法鉴定制度方面出现了相互吸收、相互融合的趋势。英美法系国家出现了对司法鉴定进行统一管理的趋势，如英国内政部的管理以及定期公布行业协会推荐的专家名单即是一种体现。大陆法系国家这种统一管理最为明显，如俄罗斯司法部统一管理全国的司法鉴定工作，大多数国家实行统一的鉴定人国家名册制度，对于鉴定人的资格由统一的机关予以管理。两大法系的鉴定机构大都不依附于诉讼主体，属于以自己的名义承担责任的独立的民事主体，具有社会化的特点；英国1991年司法改革以后的司法鉴定机构独立于警察、皇家公诉人办公室和法院；德国联邦的警察机构和州警察机构设立的司法鉴定机构互不隶属，鉴定机构具有相对中立性的特征；美国各类实验室都是中立的，不隶属于执法机构，具有法人资格，对外独立承担责任，并逐步走向社会化、中立化和公益化。但是，两大法系的鉴定制度仍然保持各自特征。