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已故著名明清史专家顾诚对明政府的管理体制进行了深入研究，他发现明帝国的整个版图是分别由行政系统的布政司（直隶府州）—府（州）—县（州）和军事系统的都指挥使司（行部司、直隶卫）—卫（直属都司的守御千户所）—千户所所管辖的，构成“有司、军卫”两种不同性质的地理单位，督察院及其派出的巡按御史和提刑按察司则负责对行政、军事两大系统实行监督。
顾诚的研究超越前人的最重要一点，是明确指出了明代并行着管理疆域的两个独立系统，即行政系统和军事系统。明代的行政系统沿袭了以前朝代的行政单位设置，最高级是中央政府的六部（吏、户、礼、兵、刑、工），其下是省一级的布政司衙门，再其下是府和直隶布政司的州（俗称“直隶州”），最底下是县和府属州（俗称“散州”）。
但明代军事系统的设置就有了自己独特的特点，也可说是历朝历代所没有的，这就是卫所制度。“明以武功定天下，革元旧制，自京师达于郡县，皆立卫所”
。这句话是说明代凭借武力取得天下，马上改革元代的旧制，从京师到地方，都设立卫所。那么，卫所又是如何设置的呢？
“天下既定，度要害地，系一郡者设所，连郡者设卫，大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二为百户所，所设总旗二，小旗十，大小连比以成军。其取兵，有从征，有归附，有谪发。从征者，诸将所部兵，既定其地，因以留戍；归附，则胜国及僭伪诸降卒；谪发，以罪迁为兵者。其军皆世籍。”
卫所都设立在“要害地”，卫的编制为5600人，属都司或行都司管辖；卫领5个左右的千户所（也有多达7个或10个的），还有直属都司的千户所，千户所的编制为1200人；千户所领10个百户所，编制为112人，所下面设总旗、小旗，50人为总旗，10人为小旗。都司、行都司属五军都督府统领，五军都督府是指前、后、左、右、中等5个都督府，皆设在北京城内。都司、行都司的首脑称都指挥使，与各省的布政史、提刑按察使并称三司，同为封疆大吏。
明代的卫所并不是设立于行政系统的州县辖区之内、类似于近代兵营的军事组织，而是与行政系统的州县并存的军事性质的地理单位，与当代中国生产建设兵团的性质相仿。明初建立卫所时，往往是在具有战略意义的边远或内地空闲地区划出一块地方设立某某卫、所。卫、所有的与州、府、县同城分治，但相当数量的卫所是在自己管辖的地面上择地另筑城堡，称为“卫城”“所城”“堡”。
对于边远或内地空闲地区划出一块地方设立的卫、所来说，都要掌管一块类似府、州、县管辖的地盘，成为一个明显的地理单位，说这样的卫所是一个明显的地理单位很容易理解。比如，今河北省张家口地区，“至元三年以地震改顺宁府，领三县二州。本朝洪武四年，州县俱废。二十六年置万全都指挥使司在宣府，领卫十五、守御千户所三、堡五，隶口北道”
。也就是说，明代张家口地区根本没有行政系统的设置，以纯军事系统的万全都指挥使司行使管辖权。
即使是与州、府、县同城分治的卫所，它们也有一块不属府、州、县管辖的屯田，只是因为占地较小，容易被认为是府、州、县管辖的地方，但严格地讲，也是一个独立的地理单位。比如，今河北省正定县在明洪武元年（1368年）设真定府，府治在真定城内；明洪武三年（1370年），设真定卫，卫治亦在真定城内
，属于府、卫同城分治的情形。但是，真定卫有自己的实土，而不是真定府管辖内的一个兵营。明成祖迁都北京以后，京师里面设立了几十个卫所，它们确实没有自己的地盘，只是屯兵的所在，但这是京师的特殊情形，不能与遍布全国的其他卫所混为一谈。
卫所军户实行严格的世袭制度，“其军皆世籍”。明朝继承前朝“以籍定役”和“役皆永充”的思想，分户列等以定差役。户籍不同，隶属关系有别。民籍隶属户部等行政系统，卫籍隶属都督府等军事系统，军民互不统属。军户世袭，卫所军的身份一旦确立，除非特别规定，世代为军。卫所军户以旗军家庭为服役单位，一户出一正军，军家其余男性为军余，属正军的预备人员，一旦正军亡故或年老、逃亡等项开除之后，余丁替役。如果卫所旗军因故没有成丁应替入役，则需要到其所对应的州县军户（即原籍军户）去“清勾”成丁应役。
“清勾”是指在出现军、旗逃亡、死绝时从原籍军户下按亲疏次序勾补，据顾诚研究，这只是为保持军额的一种补充措施。他指出，明太祖在确立卫所制度时，有一个非常重要的立足点，即卫所自身的延绵体制。这种延绵体制体现在两个方面：（1）在卫所的军官和旗、军都要把妻、子等家属迁来合聚，即以家庭为单位；（2）划出一定地区归卫所管辖，其中按各地不同情况拨给亩数不等的屯田、马场、桑枣园或菜果园。
这两项措施为保证卫所军人的自然繁衍承袭提供了条件。开国之初，兵戈未息，卫所主要由军官率领的旗军（即正军）组成。等到卫所创建就绪，屯田所获自食有余时，就要通过一定的申报程序由旗军的原籍州县把他们的妻子等亲属送到卫所。
卫所制度赖以存在的经济基础是屯田制度。卫所屯田在明代是一项普遍制度，由于各地人口密度不同，荒闲土地的多少不一以及水田和旱地需要的劳动力不同，拨给卫所屯种的田地数也不一致。明洪武二十五年（1392年）二月，“命天下卫所军卒，自今以十之七屯种，十之三城守，务尽力开垦，以足军食”
。这便是后人广为引征的“屯七守三”的则例。实际上，这仅仅是原则性规定，随时变更的例子不胜枚举，内地卫所防御事务较轻，则屯七守三，边地卫所防守较重，则有屯三戍七，或屯四戍六之别。比例虽定，各地执行起来又有所不同，有的可能是抽调十分之三的人专职戍守，有的则是每一军户有十分之三的时间用来戍守。屯田制度对于卫所的重要性在于：第一，它是解决军饷供给的一种重要方法，尽管即便在屯田最为发达的永乐年间，军队都没有实现完全自给自足，但永乐初屯田籽粒数几乎与户部年收入大体持平，可见屯粮的重大意义。第二，明初军屯是与卫所设置相配而行的，卫所对辖区内屯田和军户的管理，实际上起到经营疆域的职能。
接下来，我们要考察卫所制度对于城市兴起的影响。卫所的设立尽管是出于军事防御目的，但由于卫所集中了大量的军人及其家属，必定要发展出与军事防御设施相配套的生活设施和商业设施，这些生活设施和商业设施就构成了城市兴起的必要条件。再则，既然卫所官员（指挥使、千户、百户以及他们的副职）和旗（总旗、小旗）、军是以家庭形式世代居住于卫所的，他们的后代人口就必然要随着时间的推移而增长。卫、所官员的家称为官户，旗、军的家称为军家。卫所官军生育了两名以上的儿子，官的长子称为应袭舍人，次子以下称舍余；军的长子称军牙，次子以下称军余。中国自古以来喜欢“多男子”，必然导致居住于卫所的祖军后裔数量越来越多，超过正军很多倍。明中期以后，正军缺额很多，而卫籍人口却多得很，从事各行各业的都有，卫所辖地的行业也越来越齐全。人口的增加、行业的兴盛，这些都给城市的兴起创造了条件。虽然有些卫所后来由于不同原因被撤销或迁址，但还有很多卫所辖地逐渐变得繁华起来，最终发展成为地区中心城市。
明中期以后，卫所的行政化趋势有所加强，但卫所制度在清代仍存在了八十多年的时间，直到清雍正年间才彻底废除。清代裁撤卫所的途径，一是在人口稠密、州县行政机构密集的地区，一般是将卫所辖地并入附近州县；一是在原来不设州县、卫所辖区较大的地方，直接将卫所改为州县。
第二种途径的最好实例是天津卫的裁撤，天津卫于清雍正三年（1725年）改为天津州，雍正九年（1731年）又升为天津府，同时把梁城千户所改为宁河县。