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马约翰最初的行政和组织工作集中于学校体育和体育专业领域。比如五大学体育会发起人，北京体育协进会代表（1914年）、第四届远东奥林匹克运动会
（1915年，菲律宾马尼拉）评选委员会成员，第八届远东奥林匹克运动会（1927年，中国上海）田径委员会主席和足球委员会委员，第九届远东奥林匹克运动会（1930年，日本东京）中国选手总教练，华北体育促进会委员（1932年），全国体育促进会委员（1934年），第十一届奥林匹克运动会（1936年，德国柏林）中国田径总教练，国民政府教育部高等教育审议委员（1939年），全国体育促进会昆明分会常务理事（1943年），美国体育研究会会员（1946年）。
在新中国成立后，马约翰被全国人民勃发的运动热情以及社会体育的快速发展所鼓舞。他兴奋地说：“多年来我有一个愿望，就是培养人民有健康的身体，使国家富强起来。这样一个愿望今天是可以实现了。”
马约翰深刻地认识到，只有在人民当家作主的新中国里才能够实现他多年来萦绕在心头的体育梦、强国梦。随着年龄、阅历和社会影响力的增长，马约翰逐渐被社会各界授予更多的头衔，也在体育训练、研究和教学之外参与了更多的体育推广工作，也承担了更多的体育行政管理工作。
马约翰在1949年10月和1952年6月先后两次当选了全国体育总会副主席；1953年9月马约翰被任命为国家体委委员；1954年9月，当选为第一届全国人民代表大会代表；1956年10月，当选为全国体育总会主席。此外，马约翰还曾担任第三届国际青年友谊运动会中国体育代表团团长（1957年）、北京文教委员会委员等多种职务。1966年前的两次全国运动会，当时已经年过八旬的马约翰还出任总裁判，耄耋之年的马约翰虽然工作忙碌却总是神采奕奕。
1958年，周总理召开各部部长会议，当时请体总主席马约翰参加会议，会上周总理对体育作自我检查，大意是对体育在思想上不够重视，然后问各部部长：“你们在思想上都重视了吗？请马老视察一下。”周总理一发话不要紧，各部门都请马约翰作动员报告，76岁高龄的马约翰，马不停蹄地作报告。马约翰那时经常三叉神经痛，常用手捂着下颌痛处，同事们担心他的身体，马约翰却说没事，几乎有求必应，从不谢绝。他作报告热情洋溢，充满激情。会后总是经久不息的掌声。
马约翰经常通过各种社会活动宣传体育运动的益处，随着他在体育界的声望越来越高，每天向他求助的人也很多，大量信件从全国各地寄到清华大学。马约翰夫人说：
没办法，找他的人太多了，有些人得了病不愿意给医生说，而是来找他想办法。他每天都要收到三四封信，有从山西、河北来的，还有从内蒙古和新疆来的。信里不是问他怎么锻炼身体，就是问他有病怎么治，还有的问他怎样当体育教师。
工厂、机关和学校常常来清华拜访马约翰，请他去为工人、机关干部还有学生们去作报告，希望马约翰可以鼓励他们参与体育运动。清华大学的接待人员怕马约翰来回奔波过于疲劳，往往不对他讲，有时就把这样的请求私下回绝了。但是，面对繁忙的社会活动和这些热情的求教者，马约翰自己很少拒绝，往往讲课到深夜才回家。1954年，已经72岁的马约翰这样写道：
这时，我感到自己的责任是多么重大啊！我一定抽出时间给他们回信，把锻炼身体的方法和我的经验详细地告诉他们，通常每天要写四五封这样的回信。每一星期，我总有一两次到机关、学校或工厂去作报告，反复讲解毛主席关于“发展体育运动，增强人民体质”和“身体好、学习好、工作好”指示的伟大意义，具体地告诉他们锻炼身体的方法。往往一讲就是三个钟头，直到深夜才回家。我想，只要我的报告对人们会起一点作用，能使更多的人参加体育运动，把身体锻炼健康，这对祖国就会有好处。
在1959年举行的新中国首届全运会上，年近80高龄的马约翰担任了比赛的总裁判。他每日里跟着赛会所有工作人员一样早出晚归，常常在赛场上顶着大太阳连续工作好几个小时。工作人员看到满头大汗的马约翰劝他休息一会，他总是摇摇头说：“我这是积极的休息。”在第一届全运会结束以后，马约翰以一篇名为《社会主义的美》的文章抒发了他身处新中国、回忆旧时代的内心感受。
我想：现在打破全国纪录和世界纪录是那么容易，那么普遍，就像家常便饭的事了；而从前，国家纪录虽然低得可怜，却还很难打破，就像沙漠上长树那么困难。前后对照一看，真有霄壤之别。在这里我不能不痛快地说，党提倡群众体育运动，真正取得了很大的成功，我们的路走对了。
1966年，马约翰的体育人生因心脏病突发戛然而止。终年84岁的马约翰在清华大学工作了52年，为体育奋斗了一生。
从鼓浪屿到清华园，从跑道上把小辫跑得平行飞起的“约翰”到跑道边一身单衣单裤的马教头，从挥舞着双拳、兴奋地对同学们说着“体育美得很”的马教授到为了祖国体育事业每天工作18小时的马主席，“Fight to the finish”的人生信条，不仅是马约翰希望清华学子从体育锻炼中学到的清华体育精神，也是他在一生中不断实践的人生准则。马约翰精彩光辉的体育一生鼓舞着无数的清华人、无数的中国人以体育而强身、以体育而强国、以体育而强民族之魂。
“体坛宗师”这一极高的荣誉，马约翰是当之无愧的。他毕生献身于体育事业，在全国体育界都享有很高的声望。当他的影响力已经随着现代体育在中国的发展达到更广泛的社会领域时，当“清华的马约翰”成为“全国的马约翰”以后，这样的清华体育精神也在赓续传承、发扬光大。
◎1905年圣约翰大学代表队合影（第二排右三为马约翰，清华大学档案馆提供）
◎1911年马约翰获文学士学位的毕业照（清华大学档案馆提供）
◎1911年马约翰毕业于圣约翰大学，图为获文学士学位的证书（清华大学校史馆提供）
◎1914年来清华大学任教时的马约翰（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1917年马约翰（第三排左一）与清华足球代表队合影（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1920年马约翰于美国春田学院进修获得的结业证书（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1925—1926年，马约翰第二次赴美国春田学院留学时撰写的硕士论文（清华大学校史馆提供）
◎1929年获得华北足球锦标赛冠军后合影（第三排左一为马约翰，清华大学校史馆提供）
◎1934年清华大学体育部全体教师合影（前排右二为马约翰，清华大学档案馆提供）
◎20世纪30年代，马约翰在清华大学西体游泳池边（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1935年北平五大学男子田径赛冠军合影（第三排右一为马约翰、左一为夏翔，清华大学校史馆提供）
◎1936年参加第十一届柏林奥运会的中国田径、竞走、游泳、自行车队队员与教练合影（第二排右五马为约翰，清华大学校史馆提供）
◎20世纪40年代的马约翰（清华大学档案馆提供）
◎1945年冬，为了资助无钱返乡而滞留在昆明的同胞，马约翰（后排右五）组织师生联队与昆明联队进行义赛，图为两队的合影（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1945年冬，师生篮球联队合影（后排左起马约翰、王英杰、牟作云、王维屏，清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1953年毛主席任命马约翰为中央人民政府体育运动会委员会委员，图为任命书（清华大学校史馆提供）
◎1959年周总理任命马约翰为中华人民共和国体育运动委员会委员，图为任命书（清华大学档案馆提供）
◎20世纪50年代，马约翰在清华园骑车（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1955年马约翰在全国工人运动会上（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1956年清华大学体育教研室全体教职工合影（后排左五为马约翰、左一为夏翔，清华大学档案馆提供）
◎马约翰在全校体育积极分子大会上讲话（清华大学档案馆提供）
◎20世纪五六十年代，马约翰每周辅导校级干部和教授两次体育活动（清华大学档案馆提供）
◎1958年76岁高龄的马约翰获北京市网球男子双打冠军，被评为国家一级运动员（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎马约翰在辅导中长跑运动员训练（清华大学档案馆提供）
◎1959年清华大学校领导及学生干部与优秀运动员合影。其中有蒋南翔、艾知生、张孝文、马约翰、夏翔等人（清华大学档案馆提供）
◎1959年清华大学校庆举行校运会，马约翰与优秀运动员交谈（右二为马约翰、右三为李作英、右四为蓬铁权、右五为吴文虎，清华大学校友会提供）
◎马约翰向“体弱班”同学讲体育与健康的关系（清华大学档案馆提供）
◎1960年阿中友协代表团访问清华大学（左一为马约翰，清华大学档案馆提供）
◎1960年体育教研组部分教师在颐和园知春亭合影（后排左二为马约翰、右一为夏翔、右三为王英杰，清华大学档案馆提供）
◎1961年马约翰年已八旬仍坚持锻炼，这是他在住宅前练习太极剑（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎马约翰辅导教师鞍马动作（清华大学档案馆提供）
◎1961年蒋南翔在庆祝马约翰八十寿辰会上讲话（清华大学档案馆提供）
◎马约翰在八十寿辰会上讲话（清华大学档案馆提供）
◎蒋南翔、荣高棠在马约翰八十寿辰会上与他亲切交谈（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎学生向马约翰祝贺八十寿辰（清华大学档案馆提供）
◎20世纪60年代马约翰与青年教师一起备课（清华大学档案馆提供）
◎1963年马约翰与获得北京高校冠军的射击队合影（前排右六马约翰、右四夏翔、右三王英杰，来源于网络）
◎1963年马约翰向打破自行车全国纪录的张立华表示祝贺（清华大学档案馆提供）
◎马约翰与清华大学优秀运动员合影（后排右三马约翰、左一夏翔、右一王英杰，清华大学档案馆提供）
◎马约翰与高校女子百米纪录创造者温以德合影（右起夏翔、马约翰、温以德、王英杰，清华大学档案馆提供）
◎马约翰与学生运动员在西体育馆前亲切交谈（左一马约翰、右二夏翔、右一王英杰，清华大学档案馆提供）
◎马约翰与夏翔向运动员分析跑步动作（清华大学档案馆提供）
◎马约翰向田径队员讲拼搏精神（清华大学档案馆提供）
◎马约翰与校外大学生座谈（清华大学档案馆提供）
◎马约翰经常到国家机关作报告（清华大学校史馆、档案馆提供）
◎1964年刘仙洲副校长向马约翰赠送纪念瓶，祝贺他从教50年（清华大学档案馆提供）
◎晚年的马约翰（马约翰亲属提供）