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马约翰在清华大学虽是以教授职位任体育部主任，但是他常年在一线体育课堂上亲自授课，数以万计的清华学子都上过马约翰体育课。许多清华学子毕业若干年，回忆起母校，都会提到难忘马约翰和他的体育课。
1928届毕业生赵诏熊当年在清华是中等科，入校时才16岁，在毕业60多年后，他深情写下回忆清华求学的文章，在文章中特意提到马约翰。
我们进校第一天，他（马约翰）亲自为我们做体格检查。我们还记得他用简短扼要的英语向我们作指示。我们天天上体育馆，几乎天天可以看见马老师，他和我们的关系真正可以说是亲密无间。有时我们忘记带存衣小柜的钥匙，就要麻烦他用万能钥匙开锁。如果体育场上有同学负伤，他就要跑东跑西，指挥一切。马老师对我们要求非常严格。有一次上体育课，因为天冷，我们在游泳池边缩作一团，不肯下水。马老师看到这种情况很生气，从外面拿来一根长竹竿，把我们像赶鸭子般赶下水。这使我们认识并永远记住：凡事必须认真对待，不能半点马虎。
沈元寿是西南联大1943年航空系毕业生，是当年学校内一名普通学生，他回忆当年的马约翰和体育课这样说：
联大历史先后八年，只有一位老师教过所有的男女学生，他就是体育部主任马约翰师。马师两眼炯炯有光，白发微秃，健壮身材，常穿一套灰色灯笼裤西装，见人未语先笑，非常和蔼。
马师人虽是和蔼可亲，但做事极端严格。事事全照学校规则办理。每个学生都按照自己的兴趣选课，只有体育是人人必修四年，每周两次体育课，绝不能缺课。如果缺课，一定要另外补上（女生每月可请假两次），所以有时会看到一天上两三次体育课的同学，甚至有同学修满毕业学分，已在外做事，每周还要回校上几次体育课，修满体育学分才能拿到毕业证书。
虽然联大体育部有很多副教授、讲师、助教，但马师总要时常在各班体育课上亲自指导，尤其在一年级的体育课上，每学期要亲自教导四五次。在其他年级，每学期至少一次。所以说，在联大上过学的人，一定是马师的学生。
一堂体育课是50分钟。先做十分钟Warm-up。然后打球约30分钟，最后做Cooling down。有时在Cooling down以前，马师讲四五分钟健康生活方式。如每天做健身操10分钟，睡觉的时间和姿势等。那时生活艰苦，吃饭营养不足，如工学院同学有四五百人，每餐只有五六斤肉。但是在马师领导下，运动风气一直非常好。
马约翰对体育课程多加设计，力求使得课程有趣，丰富多彩，让学生们爱上运动。
马老对每学期的体育课都有不同重点内容的安排。田径、球类、器械、游泳等丰富多彩，引起我们对体育的兴趣，我们南方籍学生刚到北京时，冬天常是缩手缩脚的。You，the young man，must train your muscles！
即使是在昆明那样艰难混乱的时期，清华的体育课教学仍然有条不紊地严格进行着，可见马约翰在体育教学上的坚守和执着。
许多清华学子回忆起马约翰，都感叹自己幸运地当过马先生的学生。马约翰关爱学生，不落下任何一个学生，让他们爱上体育，帮助他们克服困难。
（1951年考上清华后）第一学期末发现我血沉高到70多，患多发性关节炎。医生劝我休学治病，对我真是晴天霹雳，我既苦恼又犹豫。有一天我在操场边为同学测百米加油助威。马老过来问我：“你为什么不参加测试？”我说：“我不仅不能锻炼，医生还要我休学呢。”马老师说：“马上要放寒假了，你可以用寒假到中苏友好医院（现在的友谊医院）去治病。据说他们很会治这种病。开学后到我的体疗班来上课，不必休学。要是有人叫你休学，你就说是我不让休学的。”然后他攥着拳头鼓励我说：“困难和疾病是弹簧，你强它就弱，你弱它就强。坚强，你病会好的。”就这样我坚持下来了，除免修了地质实习和开拖拉机课之外，其他课程都是随班上课。……今年我78岁了，还能指导研究生进行课题研究，已经健康工作了57年。
马约翰曾经这样总结自己在清华工作的感受和体会，他说：
我最爱儿童和青年，不知怎么，见到他们就高兴，有一种难以表达的感情，爱他们乐观的斗争精神，爱他们美好的前途，我愿意永远和青年在一起，培养他们，像培养一棵小树一样。
在他看来，没有什么教育手段比体育能够更好地培育这些祖国明日的参天栋梁。马约翰认为体育既是锤炼体魄的直接手段，更是培养健全人格的最好工具。
“以体育来全面培养人，以体育培养全面的人”是贯穿马约翰50余年执教生涯的一条主线。正如他所说：“体育是培养健全人格最好的工具”，马约翰始终坚持通过体育和比赛来使同学们积极地表现出自己的性格特点，进而借由体育来完善其中需要改进的部分，来“培养人格，补充教育的不足”。
这不仅是马约翰试图让同学们从体育锻炼中学到的清华体育精神，也是他在一生中通过自己的一言一行来不断实践的人生准则。尤其是当他的影响力已经随着现代体育在中国的发展达到更广泛的社会领域时，当“清华的马约翰”成为了“全国的马约翰”以后，这样的清华体育精神在他的身上得到更加鲜活的体现。