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1994年分税制改革的主要目的在于有效扭转“两个比重”持续下降的不利局面，确定中央财政在整个财政分配中的主导地位，因而具有很强的收入集权特色，对于地方利益产生了巨大冲击。因而，无论是改革方案的设计、落实还是改革的逐步深化，中央与地方的博弈都贯穿始终。
1994年分税制改革涉及的内容非常庞杂，既包括事权和财权的划分以及税收返还制度建立等基本内容，还包括国有企业利润分配制度和税收管理体制等配套改革措施。在事权划分方面，中央财政主要承担了国家安全、外交、中央国家机关运转及直接管理的事业发展所需经费，以及经济结构调整和宏观调控所必需的支出等14个方面，地方财政主要承担本地区政权机关运转以及经济、事业发展所需支出等13个方面。在财权划分方面，结合1994年税制改革，将维护国家权益、实施宏观调控所必需的税种如关税和消费税等8种收入划为中央税，将适合地方征管的税种如营业税、个人所得税和房产税等18种收入划为地方税，将与经济发展密切相关的主要税种如增值税等3种收入划为中央与地方共享税，其中增值税中央与地方分享比例为75∶25，证券交易税为50∶50，海洋石油资源税归中央，其他资源税归地方。在税收返还方面，主要建立了增值税和消费税“两税”返还制度，即按照1993年地方净上划中央收入（消费税＋75％的增值税—1993年中央下划收入）作为中央对地方税收返还的基数，基数部分全部返还给地方；1994年以后的税收返还数额按一定比例增长，即税收返还数额的增长率，按全国平均“两税”的平均增长率的1∶0.3系数确定——全国“两税”收入每增长1％，税收返还数额增长0.3％。
上述改革内容中的关键在于收入责任安排和税收返还方案，这是中央与地方利益的主要纠结点，而难点集中在增值税改革方面。增值税是1994年税制改革后最大的一个流转税种，占整个税收收入的比重达到40％左右。因此，它的改革可谓牵一发而动全身，是中央与地方利益博弈的焦点。在具体方案设计中，中央首先确定了增值税必须作为中央与地方共享税的基本原则，但在确定共享比例以及税收返还方案时还是颇费了一番周折。为了确保中央财力需要，同时避免取之过度，经过仔细测算和慎重考虑，决策者最终选择了75∶25的中央与地方分享比例。在税收返还方面，财政部借鉴了1980年“分级包干”和1985年“财政包干制”的做法，提出“基数加增长比例”的方案——基数全部返还给地方，增量按照固定比例予以返还。这一方案的核心在于基期、基数和增长比例的确定。财政部最初提出按照通货膨胀率来确定增长比例，但经过讨论，中央否定了这一想法，最终提出按全国增值税平均增长率的1∶0.3确定增长比例。在基期和基数方面，当时的方案并没有做出明确规定，但倾向以过去几年的情况作为参照。
从上述方案可以看出，中央事实上已经较充分地考虑到了地方利益。但方案提出后，还是遭到了多数地方的反对，其中以广东省的反对意见最为强烈。事实上，在改革之初，广东省就曾明确要求继续实行财政承包制。为此，中央多次派人赴广东省进行方案的说明和解释工作。最终，广东省同意实行分税制，但要求以1993年财政收入的决算数作为返还基数。由于当时还处在1993年9月，全年财政收入的决算数只有到1994年上半年才能出来，地方很容易在之后的几个月内人为地将全年财政收入推高，以获取更多的基数返还。因此，财政部对此坚决反对。时任国务院副总理的朱镕基力排众议，同意了这一要求，获得了广东省的支持，使得增值税改革方案得以最终确定（马国川，2009）。此外，按照中央最初设想，通过财力集中并以转移支付的方式给予落后省份财力支持，从而使分税制改革更加有利于落后省份。但贵州、云南、广西等西部省份对消费税完全划为中央税的做法意见很大，认为这极大损害了地方利益。为了照顾地方在消费税上的利益，中央最终决定比照增值税返还方案对地方进行消费税返还。两税返还方案的确定标志着中央与地方在最核心的利益上达成一致，从而为分税制改革的顺利推进铺平了道路。这样，经过中央与地方的利益博弈，一个符合中国国情、中央与地方均能接受、并非完美但却充满智慧的分税制方案得以最终出台。
1994年分税制改革是新中国成立以来在财税体制方面的一次巨大创新，涉及面之广、问题之复杂均是前所未有的。正因如此，很多问题特别是地方政府的一些行为反应在改革之初很难完全预料。而且，即便是对于一些问题中央非常清楚，为了避免引发地方政府的强烈反应也不得不采取迂回的做法。这使得1994年分税制改革的最初方案遗漏、遗留了很多重要问题未能加以解决。不过，中央始终密切关注着形势的发展，不断对改革方案加以完善，推动改革渐进深化。这些后续改革主要包括以下几个方面。
1993年下半年，中央最终确定了以1993年地方实际财政收入作为基数，完全返还给地方的方案。为了实现既得利益的最大化，地方在1993年下半年加大征收力度，甚至采取“先征后返”、“寅吃卯粮”等非常规手段把基数做大。这使得1993年下半年地方财政收入出现激增：9—12月间税收收入同比增长了60％、80％、90％和120％，全年增长了39.9％，财政收入增收了900多亿元。由于新增的900多亿元财政收入中，地方返还占据了很大比重，如果中央严格执行既定方案，1994年财政预算将会存在300多亿元的资金缺口。如何有效化解这300多亿元的资金缺口就成为1994年分税制改革带给中央的第一个难题。
财政部最初曾试图通过扣减地方基数的做法来解决这一问题，但遭到地方强烈反对，认为这种做法缺乏客观依据，破坏了制度安排的严肃性。经过广泛讨论和审慎考虑，中央最终认可了1993年的地方基数，但对“两税”返还方案进行了完善，增加了奖惩机制。具体而言，中央确定以1993年全国“两税”增长率的1/3即16％作为今后“两税”的增长任务，各地以本地区1993年“两税”增长率的1/3作为增长任务；对于不能完成“两税”增长任务的地方，中央要求以地方财政收入进行赔补，对于不能完成基数的地方进行基数扣减；对于完成“两税”增长任务的地方，中央按当年该地区“两税”增长率的1∶0.3进行基数返还，对于“两税”增长超过任务的地方，中央按照超额部分的1∶0.6给予地方一次性奖励；增长返还系数1∶0.3不再与全国“两税”平均增长率挂钩，而是与本地区上划“两税”增长率挂钩。对比最初的“两税”返还方案可以看出，新方案引入了奖惩机制，有助于激励和约束地方的征收行为，为此后的税收收入持续快速增长奠定了一个很好的制度基础。至此，中国经济步入财政收入和中央财政收入持续快速增长时代：1994—2002年间，财政收入年均增长17.5％，财政收入占GDP的比重由1993年的12.6％提高到2002年的18.5％；2002年，中央财政收入占全国财政收入的比重为55％，比改革前的1993年提高了33个百分点。
1994年分税制改革时，鉴于地方阻力较大，中央没有进行大规模的所得税改革：个人所得税划为地方税，企业所得税仍然延续了按企业隶属关系划分的格局，即中央企业所得税作为中央财政收入，地方企业所得税作为地方财政收入。随着我国经济体制改革特别是企业改革的逐步深化，这种划分方法的弊端日渐突出：第一，强化了地方政府对企业经营活动的干预以及企业对地方政府的行政依附，不利于现代企业制度的建立和健全，加剧了地区间的恶性竞争以及地方保护主义，对正常的经济秩序产生严重冲击。第二，随着现代企业的发展，企业隶属关系变得越来越难以准确界定，为地方钻空子提供了很大空间，导致企业所得税缴库混乱，造成中央税收收入的大量流失。
第三，进一步拉大了地区间财力差距，严重阻碍了生产要素的自由、高效流动，不利于全国经济的协调发展。
为了有效解决上述问题，中央决定从2002年1月1日起实施所得税分享改革，将按行政隶属关系划分中央和地方所得税的办法改为中央与地方按统一比例分享。所得税分享改革是1994年以来最大的一次税权划分改革，具体内容包括：第一，除铁路运输、国有银行等少数特殊行业或企业外，对其他企业所得税和个人所得税收入实行中央与地方按比例分享——2002年中央与地方分享比例为50∶50，2003年起为60∶40；第二，中央保证各地区2001年地方实际的所得税收入基数，实施增量分成，计算公式为：2003年所得税基数返还＝2002年地方实际所得税收入×60％—2002年中央实际所得税收入×40％；第三，中央财政因所得税分享改革增加的收入，用于增加对地方主要是中西部地区的一般性转移支付；第四，跨地区经营企业集中缴纳的所得税中地方分享部分按分公司（子公司）所在地的企业经营收入、职工人数和资产总额三个因素在相关地区间分配，权重分别为0.35、0.35和0.3。
2002年所得税分享改革总体取得了较好成效。一方面，这次改革基本打破了企业的行政隶属关系以及对地方政府的行政依附，有助于企业改革的深化，也有效遏制了地方政府对企业经营管理活动的干预，以及地方保护主义和重复建设之风盛行的现象，促进了全国统一市场的形成。另一方面，这次改革不仅有效遏制了所得税征管混乱的现象，也初步建立起我国一般性转移支付资金的稳定增长机制——2005年中央对地方一般性转移支付达到1 121亿元，较2001年增加了近1 000亿元——对于有效缓解中西部地区财政困难、促进地区间协调发展起到了重要作用（李萍，2010；谢旭人，2008）。
1994年分税制改革采取了财权大幅集中的做法，使得地方出现了较严重的纵向财政失衡。同时，受资源禀赋等因素的影响，我国地区间经济发展极不均衡，地方政府间存在较为严重的横向财政失衡。为了更好地促进财政均衡，在保留改革前结算补助等转移支付项目的同时，1994年以来，中央政府逐步建立与完善了我国政府间转移支付制度。除了税收返还以外，目前我国政府间转移支付主要包括两类：一类是一般性转移支付（原财力性转移支付），旨在缓解地方财力紧张、促进地方基本公共服务均等化，包括均衡性转移支付（原一般性转移支付）、民族地区转移支付、县乡基本财力保障机制奖补资金、调整工资转移支付、农村税费改革转移支付、义务教育转移支付以及定额补助（原体制补助）等；二是专项转移支付，旨在实现中央特定政策目标，包括一般预算专项拨款、国债补助等，重点用于教育、医疗卫生、社会保障和支农等领域。
1994年特别是2002年以来，随着中央财力的不断增强，中央财政转移支付呈现出持续快速增加的势头，转移支付总额从1994年的2 389亿元增长到2008年的22 991亿元，年均增长率达到17.55％。其中，一般性转移支付和专项转移支付由改革初期的30％左右大幅增加到2008年的80％左右。由此可见，1994年以来我国中央财政转移支付得到了长足发展，转移支付资金已初具规模，结构也在不断优化。同时，我国政府间转移支付的资金分配方法也在逐步完善。特别是均衡性转移支付（原一般性转移支付）在1995年建立之初，就参考各地标准财政收入和标准财政支出的差额及可用于转移支付的资金数量等客观因素，按统一公式计算确定各地转移支付数额。其中，标准收入是指各地的财政收入能力，主要按税基和税率分税种测算；标准支出是指各地的财政支出需求，主要按地方政府规模、平均支出水平和相关成本差异系数等因素测算。在测算支出成本差异系数时，主要考虑各地地理环境、人口规模与结构等客观因素。对财政越困难的地区，中央财政补助越高。2002年和2008年，中央对均衡性转移支付的分配公式又进行了两次完善，使之日趋合理。
1994年分税制改革从制度上规范了中央与地方财政关系，但并没有明确规定省以下财政管理体制。2002年以来，各省基本上比照中央与地方财政关系的制度框架，陆续实行了分税制，但在财政收支责任安排的具体做法上还存在较大差异。各地在省以下收入责任安排方面基本上采取了税种分成和总额分成两种做法，但具体形式多样、差别很大。在支出责任安排上，各地结合本地区实际情况做出一些原则性规定，但由于缺乏明确的、可操作的法律依据，具体做法同样存在较大差异。
虽然各地在财政收支责任安排的具体做法上存在较大差异，但呈现出一个共同特点即财权层层上移，事权层层下放。这使得县乡基层政府普遍承担着较重的公共支出事务，但拥有的财力十分有限：1997—2005年间，县乡政府平均承担了我国35.1％的公共支出事务，但拥有的财政收入份额仅为18.2％。由于财权和事权失衡，县乡基层政府普遍存在较为严重的财政困难。为了有效化解县乡财政困难、增强县级自主发展能力，近年来，我国在省以下财政管理体制方面进行了以简化财政级次为核心内容的改革探索，其中以“省直管县”财政体制改革最具代表性。我国采取的是五级政府架构（即中央政府、省级政府、地市级政府、县级政府和乡镇政府），县级政府在行政上归地市级政府管辖。因此，我国县级政府基本上采取的是地市管县财政管理体制（即财政收支责任划分、省以下财政转移支付和预算资金调度方面首先由省级政府直接对地市级政府，县级财政由地市级财政直接管理）。不过，浙江省自20世纪90年代初一直实行的是“省直管县”财政管理体制（即财政收支责任划分、省以下财政转移支付和预算资金调度方面，都是由省级财政直接对县级财政）。2003年以来，省直管县财政管理体制改革逐步扩大到全国其他地区。2009年，全国已有24个省份实施了“省直管县”财政管理体制（李萍，2010）。