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1994年的分税制改革具有重要历史意义，在初步建立了适应社会主义市场经济体制的税制制度和财政体制、推动了长达20年的高速经济增长的同时，也促成了地方政府职能扭曲、经济增长方式粗放、社会分配不平等问题的累积。
第一，目前地方政府职能行使存在“四重四轻”问题：重生产，轻服务；重企业，轻个人；重增长，轻公平；重当期，轻长远。分税制与地方政府职能行使扭曲的关联在于：事权划分不合理导致政府缺位和越位；税权划分不合理使得地方政府重企业生产，轻居民服务；对非税收入的依赖使得地方政府干预经济运行现象严重。
第二，目前我国经济增长方式长期存在创新不足、严重依赖投资、内需不振、资源利用率低和环境成本高等问题，分税制与粗放型经济增长方式的关联在于：事权分配不合理妨害统一市场形成；共享税安排不合理刺激工业投资和产能过剩；地方税收结构不合理刺激房地产业畸形发展。
第三，分税制改革以来，社会分配公平出现一定程度的恶化趋势，在收入分配、财富分配、税收负担分配、公共服务分配四个方面都有体现。分税制与社会分配不平等的关联在于：分税体制扩大地区财力差距，进而扩大地区居民收入与公共服务差异；财政生产性支出偏向会减弱政府再分配的力度；转移支付不合理影响基本公共服务均等化；土地财政推高城镇化成本，扩大城乡不平等。
上述这些问题无疑与政府特别是地方政府的行为有关，而地方政府行为的激励机制蕴涵于分税制安排中。因此，在新的历史转折点上，进一步完善分税制是“更好发挥政府作用”的制度保障。