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前面提到，一部中国近现代史是救亡与启蒙的双重变奏史。在救亡运动中，科学作为“夷之长技”被引进、被尊崇。在启蒙运动中，科学则进一步上升为替代性的意识形态。只有认识到作为一种意识形态的科学，才能理解我们在本章一开始提出的问题：何以某个人群（科学家）所从事的事业（科学）能够直接作为正面价值判断的术语（“好的”）。
一部近现代西学东渐史，也是一部科学由“技”转化为“道”、由“用”转化为“体”的历史。
即使在急迫的救亡时期，要想大规模地引进科学这种“夷之长技”，也需要一个合适的理由，因为科学这种本质上属于外来文化的东西，与本地文化实则格格不入。中国传统文化尊道而鄙技，往往把新技术贬称为“奇技淫巧”。所以，洋务派提出了“中学为体，西学为用”思想，以为大规模引进西方科技的理论基础。所谓“中学为体，西学为用”是说，维护中国传统的伦理道德、纲常名教、社会制度，但引进西方的科学技术以发展经济、富国强兵，解决民生问题。或者说精神文明取中国传统的，物质文明取西方现代的。又或者说，中学主内，西学主外；中学治身心，西学应世事。但是，在学习和引进西方军事技术的同时，人们认识到光是学习军事技术是不够的，也学不好，必须首先学习包括数学、天文、物理学、化学等在内的西方科学理论；要想学习好西方的科学理论，就必须掌握西方的科学方法和科学思维方式；而西方的科学方法和思维方式，就必然会挑战中国传统的思维方式和文化传统。
洋务运动近四十年中，上述逻辑充分发挥了作用。等到1895年甲午海战一败涂地，洋务运动宣告破产之时，人们终于认识到，中国的落后不只是“技不如人”，而是全方位的落后，包括政治制度、人民素质、思想传统，都需要来一场革命性的转变才行。这个时期，对传统文化的痛恨，成为有志之士的共识。文化虚无主义开始逐渐笼罩中国的思想界。这个时候，“西体西用”的思想开始占上风，要代替从前的“中体西用”。而在这个“西体西用”中，科学始终处在核心位置。这里的“西用”指的是建立在现代科学之上的西方技术，“西体”指的则是科学世界观和科学方法论。自严复以来的启蒙思想家们一方面猛烈抨击中国传统文化之弊，另一方面开始以科学为基础建构自己的救亡图强的理论体系。从严复、康有为、梁启超到陈独秀、胡适，这些启蒙思想家都不是职业科学家，他们的目标都是为了创建一个有别于中国传统的新的人文和社会思想体系，但他们偏偏都把他们并不熟悉的“科学”作为他们的立论基础。何以故？
中国传统文化价值体系全盘破产之后，产生了一个巨大的价值真空，客观上要求一个新的价值体系加以替代。科学作为西学中为国人最钦佩，也相对最容易接受的部分，就由“用”转为“体”、由“器”进为“道”。这里当然也还有中国传统“致用”思想在起作用，因为与西学中的其他东西比起来，科学似乎是最能解决问题的。胡适说过，“西洋现代文明的精神方面的第一特色是科学”，“我们也许不轻易信仰上帝万能了，我们却信仰科学的方法是万能的”（参见“我们对于西洋近代文明的态度”一文）。科学脱离开了具体的研究事业，上升为一种信仰，从此，作为影响了20世纪中国社会进程的强大意识形态的科学主义，就登上了历史的舞台。1923年，胡适在为《科学与人生观》一书写的序中这样说：
这三十年来，有一个名词在国内几乎做到了无上尊严的地位；无论懂与不懂的人，无论守旧和维新的人，都不敢公然对他表示轻视或戏侮的态度。那个名词就是“科学”。这样几乎全国一致的崇信，究竟有无价值，那是另一问题。我们至少可以说，自从中国讲变法维新以来，没有一个自命为新人物的人敢公然毁谤“科学”的。
《科学与人生观》是一本论文集，收集的是当年那场著名的科学与人生观大论战（历史上也称之为“科玄论战”）中发表的文章。这场论战以科学派大获全胜告终，也宣告了科学主义意识形态地位的牢固确立。实际上，这种科学主义的意识形态，在“五四”时期的新文化运动中已经十分鲜明而突出。在新学与旧学、文化开明派与文化保守派、政治革命派与政治反动派之间，“科学”成了前者当然的旗帜。
陈独秀在《新青年》创刊号上是这样热情讴歌科学、抨击中国传统文化的：
士不知科学，故袭阴阳家符瑞五行之说。……农不知科学，故无择种去虫之术。工不知科学，故贷弃于地。战斗生事之所需，一一仰给于异国。商不知科学，故惟识罔取近利。……医不知科学，既不解人身之构造，复不事药性之分析。菌毒传染，更无闻焉。……凡此无常识之思维，无理由之信仰，欲根治之，厥维科学。
新文化运动的另一思想领袖胡适，尽管与陈独秀持有大不相同的政治观点，也高举科学之大旗：“我们观察我们这个时代要求，不能不承认人类今日的最大责任与最大需要是把科学方法应用到人生问题上去。”（《五十年来之世界哲学》）
1934年，蒋介石发起“新生活”运动，要求国民党党员们读中国古籍。他说：“我也以为这《大学》一书，不仅是中国正统哲学，而且是科学思想的先驱，无异是开中国科学的先河！如将这《大学》与《中庸》合订成本，乃是一部哲学与科学相互参证，以及心与物并重合一的最完备的教本，所以我乃称之为‘科学的学庸’。”（《科学的学庸》）
毛泽东在1940年的《新民主主义论》中说：“这种新民主主义的文化是科学的。它是反对一切封建思想和迷信思想，主张实事求是，主张客观真理，主张理论和实践一致的。在这点上，中国无产阶级的科学思想能够和中国还有进步性的资产阶级的唯物论者和自然科学家，建立反帝反封建反迷信的统一战线；但是绝不能和任何反动的唯心论建立统一战线……”
我们看到，不论政治立场有何不同，不论他们实际上掌握了多少现代西方的科学知识，影响着中国20世纪历史进程的历史人物们，都把科学默认为“好的”东西。这就是当代汉语里“科学”一词第二种用法的历史由来。