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在晚明学术史上，西方自然科学知识的输入，是一个重要的学术现象。它不仅深刻地作用于明末三四十年间的学术发展，而且对其后清代学术的发展，也留下了久远的影响。
晚明的西学输入，始于十六世纪末。它以当时来华的耶稣会传教士为媒介，在杰出的先行者利玛窦倡导之下，始而广东肇庆、韶州，继之江西南昌、江苏南京，最后更深入宫廷，流播朝野，成为名噪一时的“天学”。晚明来华的耶稣会士，以传播天主教教义为根本目的，因而他们所输入中国的西学，首先就是西方的宗教神学。关于这一点，正如万历十一年（1583）耶稣会士罗明坚、利玛窦来华伊始，向广东肇庆知府王泮所宣称的：“我们是一个宗教团体的成员，崇奉天主教为唯一的真神。”
这一宗旨，在迄于明亡来华的众多传教士中，是为他们所始终如一坚持不变的。不过，在中国这样一个具有上千年儒学传统的国度，自身的道教以及外来的佛教，尚且被视为异端邪说而遭到排斥，天主教神学要想立定脚跟，就绝非易事。因此，为了使布教活动得以进行，受过高等教育的利玛窦率先脱去僧装，改着儒冠、儒服，学习中国语言，研讨儒家经典，恪守儒家礼仪。他们长年累月地深入到中国知识分子和中央、地方官员中去，以传播西方学术为手段，试图在中国谋求建立新生教会的基础。其结果，同耶稣会士的本来愿望相反，尽管他们也确实在中国发展了天主教的一批早期信徒，但是为他们所介绍的西方科学技术，却掩宗教神学而上，引起了同他们接触的中国学人和官员的浓厚兴趣。这样一来，耶稣会士的布教活动，变成了名副其实的西方自然科学知识的输入，利玛窦等人也成了沟通中西文化的使者。
从明末中国知识界在天文历法和数学方面的现状出发，利玛窦于来华之初，即亲手制作天球仪和地球仪，把刻在铜板上的日晷送给各级地方官员。他还向南北学者广为介绍欧几里得的几何学原理，指导求教的人用几何法测量物体的高度。万历二十九年（1601）进入北京之后，利玛窦更在李之藻、徐光启的合作下，尽其所知介绍和翻译西方古典数学名著《几何原本》（前六卷）等。他故世后，李之藻、徐光启又据从学所得，并与熊三拔等传教士合作，先后刊行了《乾坤体义》《同文算指》和《泰西水法》等著作。崇祯三年（1630），徐、李二人奉命主持历法修订工作。他们将耶稣会士罗雅谷、汤若望先后安置到历局供职，以便依据西历知识，改订现行《大统历》的偏差。徐、李生前，此一工作虽未能完成，但由于继任者李天经与传教士的共同努力，著名的《崇祯历书》终于编译成功。这部历书于清初颁行全国，一直沿用到近代。
应当指出的是，利玛窦等耶稣会士在明末所传来的西学，虽然被传教士说成是“新奇的欧洲科学”，但是这只是相对于当时我国的科学技术水平而言的。事实上，在十六世纪末和十七世纪初的欧洲，不惟宗教神学已经成为唯物主义哲学批判的对象，而且就自然科学论，利玛窦等人所传来的地圆学说，还停留在以地球为宇宙中心这样一个认识基点上，早已不是什么“新奇的”知识。代表欧洲近代科学发展方向的，则是哥白尼、伽利略所提出的日心说。当时，欧几里得的几何原理，也已经为法国杰出的哲学家和数学家笛卡尔所发展，将其与物质运动学说和辩证法相结合，从而把几何学推进到解析几何的更高层次，并进而把数学导入微分和积分的门槛。所以，讨论晚明的西学输入，这是一个必须注意的历史事实。不过，我们也不能因此而苛求于耶稣会传教士。正当西方世界在理性和神学、日心说和地心说激烈交锋而前途未卜的历史时代，要让为宗教神学所束缚的传教士去宣传近代科学和近代思想，也是不现实的。
晚明的西学输入，虽然有其历史的局限，当时的中国学者也只是把它视为一种“补儒易佛”
的手段而已，但是它所产生的客观历史效果，其主要方面则是积极的。西学的输入，给明末的知识界传来了新的知识信息，示范了一种务实的新学风。它对当时为学风尚的积极影响，大致表现为如下四个方面。
首先，它开阔了我国知识界的学术视野。耶稣会士所传播的自然科学知识，对长期闭塞的我国知识界，不啻一个有力的冲击。它使愿意正视现实的知识分子看到，中国并不就是世界，在我国的东西南北，不仅有浩瀚的大海，而且还有世代生息繁衍、风俗各异的众多国家和民族。这些国家和民族同我们一样，不仅有自己的文明史，还在若干学术领域走在我们的前头。正如徐光启为《同文算指》撰序所说，当时我国的数学发展水平已经落伍，“大率与西术合者，靡弗与理合也；与西术谬者，靡弗与理谬也”
。这样的认识，在今天看来不足为奇，但是在三百年前的知识界中人，能够看到并承认这种差距，实在是不简单的。
其次，耶稣会士示范了一种通达的务实学风。传教士大都受过良好的文化教育，他们的为学，不尚空谈，讲求实际。所谓“上穷九天，旁该万事”的“实心、实行、实学”
，以及“事天爱人之说，格物穷理之论，治国平天下之术，下及历算、医药、农田、水利等兴利除害之事”
，对一时知识界产生了潜移默化的影响。明末的著名学者，从焦竑、李贽、陈第，到李之藻、徐光启、方以智等，无不为其学风熏染。
再次，为中国知识界对既往传统的认识提供了有益的启示。晚明来华的耶稣会士，从利玛窦开始，即把他们的宗教及学术活动同讲习、表彰我国的传统儒学相结合。利玛窦高度评价孔子学说，他说：“如果我们批判地研究他那些被载入史册中的言行，我们就不得不承认他可以与异教哲学家相媲美，而且还超过他们中的大多数人。”
利玛窦认为，《四书》《五经》或为孔子撰写，或为孔子汇编，“孔子的这九部书，构成最古老的中国图书库”，“为国家未来的美好和发展而集道德教诫之大成”。对《论语》一书，他尤为赞赏，称为“在人类理性的光芒下，对正当的道德活动加以指导”
。这种对孔子学说和儒家经典的表彰，既顺应了晚明知识界于理学没落之后，试图从传统经学中去寻找出路的要求，同时也在客观上推动了中国知识界对经学和孔子学说的再认识。
最后，耶稣会士学习我国语言文字的实践，也为我国语言学研究者提供了可取的借鉴。利玛窦在学习中国语言文字的过程中，曾经按照元音和辅音的区分，把每一个汉字分解成若干音节。这无异于在进行汉字拼音化的尝试。继他之后，金尼阁加以发展，撰成《西儒耳目资》，用拉丁文对汉字进行拼音归类。耶稣会士的成功尝试，比起我国传统的反切法来，无疑是向前推进了一步。这样，就给我国当时及后世的语音史研究，乃至汉字的拼音化，都提供了有益的启示。万历间遨游南北的福建学者陈第，正是在这样的学术背景之下，致力于古代音韵研究的。后来，方以智继起，更是独辟蹊径，专意讲求古代语音，甚至朦胧地提出了参照西文改革汉字的设想。他说：“字之纷也，即缘通与借耳。若事属一字，字各一义，如远西因事乃合音，因音而成字，不重不共，不尤愈乎！”
明末中外学人的上述尝试和努力，就直接为清初的音韵学研究开了先河。