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在学术史上，每当一种学术形式走向极端而趋于没落的时候，它必然要向其相反的方向转化。晚明学术界由阳明学向朱子学回归倾向的出现，已经表明这一转化过程的到来。然而就其实质而言，这种倾向只是理学内部的调整，无非以水济水而已。而真正足以代表一时学术转化方向，从而产生深远历史影响的，则是在日趋加剧的社会危机之中，蓬勃兴起的经世思潮。
晚明的经世思潮，是一个旨在挽救社会危机的学术潮流，它具有益趋鲜明的救世色彩。因而一时学术界中人，无论所治何学，救世都成了一个共同的论题。当万历中叶以后，经世思潮初起，东林巨子顾宪成即以救世为己任，他说：“官辇毂，念头不在君父上；官封疆，念头不在百姓上；至于水间林下，三三两两，相与讲求性命，切磨德义，念头不在世道上。即有他美，君子不齿。”
高攀龙进而明确地提出“学者以天下为任”的主张，并以其傲岸的节操，实践了这一主张，为抗拒权奸魏忠贤的倒行逆施，愤然投水自尽。所以后来黄宗羲修《明儒学案》，在论及东林学派时，就曾指出：“熹宗之时，龟鼎将移，其以血肉撑拒，没虞渊而取坠日者，东林也。毅宗之变，攀龙髯而蓐蝼蚁者，属之东林乎？属之攻东林者乎？数十年来，勇者燔妻子，弱者埋土室，忠义之盛，度越前代，犹是东林之流风余韵也。”
在晚明日趋高涨的经世思潮中，徐光启是一个杰出的代表。目睹“名理之儒，土苴天下之实事”，以致酿成“实者无一存”的现状，徐氏一生为学“务求实用”，志在“率天下之人而归于实用”。徐光启以毕生的学术实践，充实了经世思潮的学术内容，使之走上了健实的发展道路。
同是主张学以救世的学者，徐光启却与东林学派不一样，他没有步入由阳明学向朱子学回归的路径，而是积极倡导并实际讲求“天下要务”。早在天启初，他即指出：“方今事势，实须真才。真才必须实学，一切用世之事，深宜究心。而兵事尤亟，务须好学深思。”
崇祯元年（1628），曾上疏阐述“造就人才，务求实用”的道理，主张对屯田、盐法、河漕、水利等事，必须备细考求，精加参酌，以使天下要务，略如指掌。他认为只有如此，方是“救时急务”
。在将务求实用的思想付诸实践中，徐光启把“富国强兵”作为自己为学、为政所追求的根本目标。他说：“臣志图报国，于富强二策，考求咨度，盖亦有年。”徐光启把富强之道归纳为两个方面，即“富国必以本业，强国必以正兵”。所谓“本业”，即是他所一贯讲求的“务农贵粟”，而“正兵”之所指，则是他历来主张的“兵非选练，决难战守”
。为此，徐光启不仅用心讲求同发展农业有关的水利、漕运、农艺、屯田、历法等，而且身体力行，亲临西北进行农田水利调查，先后在其故乡上海以及寄居地天津进行实践，推广良种。同时，他又向当时来华的著名意大利传教士利玛窦学习天文、数学、历法，翻译西方古典数学名著《几何原本》，编译《测量法义》《测量异同》《勾股义》和《泰西水法》等实用数学著作。为了国家的富强，徐光启以儒臣而亲临营伍，选练士兵，写成了《徐氏庖言》《选练条格》两部军事著作。在其晚年，又倾注全部心力主持编纂《崇祯历书》，完成了我国古代不朽的农业科学巨著《农政全书》。
在徐光启的经世思想影响下，崇祯间，复社诸君子闻风而起，把经世思潮大大地向前推进。复社领袖张溥、陈子龙，或曾向徐光启问当世之务，或为徐光启所拔擢，就天文、历法径问所疑。他们承光启未竟之志，于崇祯十二年（1639），将其遗著《农政全书》整理刊行。之前一年，陈子龙、徐孚远等人还编选了卷帙浩繁的《明经世文编》。该书网罗明代二百数十年间的军政要务，试图从中探寻学以救世的途径，成为晚明经世思潮高涨的象征。在这部匡时济世的作品中，陈子龙等人向当时的空疏学风发起了猛烈挑战。在该书序言中，陈氏指出：“俗儒是古而非今，文士撷华而舍实。夫保残守缺，则训诂之文充栋不厌；寻声设色，则雕绘之作永日以思。至于时王所尚，世务所急，是非得失之际，未之用心。苟能访求其书者盖寡，宜天下才智日以绌，故曰士无实学。”
徐孚远所撰序文也说：“今天下之士大夫，无不搜讨缃素，琢磨文笔，而于本朝故实，罕所措心，以故剡藻则有余，而应务则不足。”
许誉卿更发出了“国家卒有缓急，安所恃哉”
的警告。已故吴晗教授说过，《明经世文编》的“编辑、出版，对当时的文风、学风是一个严重的挑战，对稍后的黄宗羲、顾炎武等人讲求经世实用之学，也起了先行者的作用”
。这样的评价，无疑是正确的。
这里应当指出的是，在明亡前的二三十年间，向空疏学风发起挑战的，并不止《明经世文编》的编纂者。宋应星、徐弘祖、方以智等有作为的探索者，也都不谋而合，同样进行过成功的尝试。为他们所撰写的《天工开物》《徐霞客游记》和《通雅》《物理小识》等，皆以其朴实无华，切于世用，在学术史上留下了久远的影响。较他们更早一些的焦竑、陈第等人，同以博洽而著称一时。焦竑博及群书，究心考据训诂、版本目录之学，写成《国史经籍志》，在目录学上做出了贡献。陈第在考订古音中，“列本证、旁证二条，本证者诗自相证也，旁证者采之他书也，二者俱无，则宛转以审其音，参错以谐其韵”
的方法，不仅成为尔后学者研究古音的基本方法，而且清代学者还将其运用于经学、史学、地理等学科的研究，在乾嘉考据学风的形成中，显示了它深远的历史影响。
作为心性空谈的对立物，在晚明经世思潮的酝酿过程中，出现了“通经学古”的经学倡导。此风由嘉靖、隆庆间学者归有光开其端，他倡言：“圣人之道，其迹载于六经。……六经之言，何其简而易也。不能平心以求之，而别求讲说，别求功效，无怪乎言语之支而蹊径旁出也。”
而对甚嚣尘上的八股时文，归有光痛斥其败坏世风和人才，与之一反其道，积极倡导“通经学古”。他说：“近来一种俗学，习为记诵套子，往往能取高第。浅中之徒，转相仿效，更以通经学古为拙。……此学流传，败坏人才，其于世道为害不浅。”
对于理学中人的空言讲道，归有光也予以否定，试图以讲经去取代讲道。他说：“汉儒谓之讲经，而今世谓之讲道。夫能明于圣人之经，斯道明矣，道亦何容讲哉！凡今世之人，多纷纷然异说者，皆起于讲道也。”因此归有光指出：“天下学者，欲明道德性命之精微，亦未有舍六艺而可以空言讲论者也。”
万历年间，焦竑、陈第继之而起，皆以明经君子而著称一时。启、祯两朝，钱谦益成为归有光学术主张的后先呼应者，他直言不讳地指出，宋明以来的道学并非儒学正统，而是犹如八股时文般的俗学。钱氏说：“自唐宋以来……为古学之蠹者有两端焉，曰制科之习比于俚，道学之习比于腐。斯二者皆俗学也。”
钱谦益与归有光唱为同调，坚决反对“离经而讲道”。他说：“汉儒谓之讲经，而今世谓之讲道。圣人之经，即圣人之道也。离经而讲道，贤者高自标目，务胜前人，而不肖者汪洋自恣，莫可穷诘。”
钱谦益明确主张，应当“以汉人为宗主”去研治经学，他说：“学者之治经也，必以汉人为宗主。……汉不足，求之于唐，唐不足，求之于宋，唐宋皆不足，然后求之近代。”
从归有光到钱谦益，晚明学者的经学倡导，虽然未能使数百年来为理学所掩的经学重振，但是它却表明，学术风气随世运变迁而演进，以经学济理学之穷的学术潮流，已经在传统儒学的母体内开始孕育。