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北宋中，由二程兄弟所开创的道学，经南宋间朱熹著《伊洛渊源录》进行总结，确立了上溯于周敦颐，经程颢、程颐、张载、邵雍，直到游酢、谢良佐、杨时、尹焞诸程门弟子的道学统绪。朱熹晚年，他所崇奉和表彰的道学，于宁宗庆元年间，以伪学而遭禁锢，史称“庆元党禁”。罹此摧残，道学一度濒临危局。理宗即位，一改庆元旧辙，于淳祐元年（1241）亲临太学，颁诏以周敦颐、张载、程颢、程颐、朱熹从祀孔庙。景定二年（1261），又从太子请，以张栻、吕祖谦从祀孔庙。至此，道学统绪往下延伸到朱熹及其生前友好张栻、吕祖谦。
宋亡，元代官修《宋史》，以朱子学为圭臬，变更旧史体例，新辟《道学传》一门，从而接受了南宋官方确立的上述道学统绪。《宋史·道学传》凡四卷，卷一为周敦颐、程颢、程颐、张载（并载弟戬）、邵雍，皆为道学形成时期的开风气大师。卷二专录二程门人，依次为刘绚、李吁、谢良佐、游酢、张绎、苏昞、尹焞、杨时、罗从彦、李侗。卷三则是得二程“正传”的朱熹和张栻。卷四为黄榦、李燔、张洽、李方子、黄灏诸朱子门人。《道学传》卷首的序言，于朱子学备极褒扬，指出：“新安朱熹得程氏正传，其学加亲切焉。大抵以格物致知为先，明善诚身为要，凡《诗》《书》、六艺之文，与夫孔、孟之遗言，颠错于秦火，支离于汉儒，幽沉于魏、晋、六朝者，至是皆焕然而大明，秩然而各得其所。”纂修者有感于“道学盛于宋，宋弗究于用，甚至有厉禁焉”，于是大声疾呼：“后之时君世主，欲复天德王道之治，必来此取法矣。”
在接受和延伸道学统绪的问题上，蒇事于元末的《宋史》，正是元代官方文化政策的如实反映。经历元初的干戈扰攘，当蒙元贵族对全国的统治地位巩固之后，元代统治者不惟以从祀孔庙的形式，赋予朱熹承接二程道学统绪的特殊地位，而且还明令以朱子学说为标准，在全国选拔科举士子。据《元史·选举志》载，仁宗皇庆二年（1313）十一月，颁诏天下：“考试程式，蒙古、色目人，第一场经问五条，《大学》《论语》《孟子》《中庸》内设问，用朱氏《章句集注》。……汉人、南人，第一场明经、经疑二问，《大学》《论语》《孟子》《中庸》内出题，并用朱氏《章句集注》。……经义一道，各治一经，《诗》以朱氏为主，《尚书》以蔡氏为主，《周易》以程氏、朱氏为主。”
朝廷功令所在，天下士子趋之若鹜。这样，朱熹学说自皇庆年间起，即在元代取得了独尊的地位。
与之同时，元代统治者还遴选已故朱门后学许衡从祀孔庙，以承接朱子学统，使之成为有元一代获此殊荣的唯一大儒。于是，道学统绪亦以此而下延至许衡。
元、明更替，国家的最高统治集团虽然改变，但是为先前的元王朝所沿袭的道学统绪，依然得到了朱明王朝的认可。明建国伊始，太祖朱元璋即下令设置书局官修《元史》。在《元史》中，明人改变历代官修断代史《儒林》《文苑》分立的格局，以《儒学传》将一代文人学士合为一堂。全传凡二卷，以朱熹学说为取舍标准，于元初，表彰赵复的承先启后之功，认为宋、元之际，“北方知有程、朱之学，自复始”，“由是许衡、郝经、刘因，皆得其书而尊信之”
。于一代经学的发展，则推尊陈栎，认为正是他使“朱熹之说大明于世”
。于延祐以后的文学界，尤为肯定韩性恪遵朱子学以为文的路径。传中引述韩氏主张道：“为贡举之文，不知朱氏之学可乎？‘四书’‘六经’，千载不传之学，自程氏至朱氏，发明无余蕴矣，顾行何如耳。有德者必有言，施之场屋，直其末事，岂有他法哉！”
一如宋元旧制，明廷开科取士，专取《大学》《论语》《孟子》《中庸》及《易》《书》《诗》《春秋》《礼记》以命题试士。成祖有天下，本其父志，一意表彰朱熹学说，并以之为依据，辑成《四书五经大全》《性理大全》颁行全国。于是《大全》行而古注疏废，朱子学的独尊地位确然不拔。
朱子学在明初的如日中天，本是历史合乎逻辑的发展，水到渠成，时势使然。然而，明成祖朱棣力图以之为教条，而用《四书五经大全》和《性理大全》去桎梏知识界，则又把朱子学导入了僵化的歧途。惟其如此，所以明初诸儒恪遵朱子学矩矱，守成多于创辟。关于这一时期学术界的为学倾向，有明一代第一个获从祀孔庙的薛瑄表述得很清楚，他说：“自考亭以还，斯道已大明，无烦著作，直须躬行耳。”
薛瑄所代表的这样一种为学倾向，显然是不利于学术发展的。弘治、正德间，王守仁崛起，以其“致良知”学说向朱子学发起挑战，终于打破先前的沉闷局面，开辟了明代学术的新天地。