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在朱熹繁富的学术著作中，《伊洛渊源录》尽管只是他思想发展早期的著述，不仅尚未取得定本形态，而且朱子在其晚年，还对该书发表过否定性的意见，然而这并不意味着可以因之而忽视这部著述的学术价值。恰恰相反，南宋理宗时期以后，随着赵宋王朝对道学的褒扬，尤其是入元之初统治者的推尊，朱熹学说高踞庙堂而成为官方认可的儒学正统。诚如元代名儒虞集所论：“朱氏诸书，定为国是，学者尊信，无敢疑二。”
于是《伊洛渊源录》大行于世，迄于明清，影响历久而不衰，从而显示出它重要的学术价值。拂去理学中人陈陈相因的门户之见，历史地去考察《伊洛渊源录》，其学术价值至少反映在如下两个方面：一个方面是它在理学发展中所显示的巨大影响，另一个方面是它对宋元以后历史编纂学发展所做出的贡献。前者是从理学史角度来讲的，后者则是从史学史的角度着眼。
关于《伊洛渊源录》的理学史价值，一如前述，它是以为二程道学争儒学正统地位为职志而结撰问世的。南宋初叶，形成伊始的程氏道学，面临能否立足的严峻局势。自《伊洛渊源录》出，通过对二程学说承传源流的梳理，在宋代学术史上第一次确立了以周敦颐为宗祖，二程为中坚，张载、邵雍为羽翼的道学统绪。从这个意义上说，《伊洛渊源录》虽未成完书，著者的编纂目的则已经得到实现，因而它无疑是一部成功的早期理学史。至于这部书在尔后的理学发展中，能够产生那么久远的影响，则是朱熹所始料不及的。朱子逝世前夕，已届宁宗初政，由于党争复炽，局势出现反复，程氏道学再遭厉禁，朱熹亦以伪学首倡者而声名狼藉，最终悄然辞世。宁宗末，禁网松弛，政局再变，于是道学又告复苏。理宗继位，朱门后学真德秀、魏了翁并世而鸣，于程朱道学再事表彰。以淳祐元年（1241）周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹奉诏从祀孔庙为标志，为朱熹所确立的道学统绪终于得到了官方的承认。而朱熹本人，也以二程学说，尤其是伊川之学无可争议的继承者，理所当然地成为延续道统的卓然大师。宋亡，元代统治者接受既成格局，一意表彰程朱道学，并于顺帝至正五年（1345），据以完成官修《宋史》的纂修。朱熹在《伊洛渊源录》中所确立的道学统绪，便成为数百年间理学中人述理学源流的定规。
同理学史价值相比，我们以为作为一部早期理学史的《伊洛渊源录》，它的史学史价值恐怕是更应该予以重视的方面。两宋时期，是中国古代史学发展的一个重要阶段。迄于南宋初叶，司马光的《资治通鉴》、郑樵的《通志》、袁枢的《通鉴纪事本末》等，一批具有划时代意义的史书相继问世。这些史书有一个共同的特点，便是逾越纪传体断代史的樊篱，在通古为史中打破旧有格局，实现了史籍编纂形式的创新。朱熹为旷世大儒，他虽不以史学名家，但在这样一个学求创新的史学风气影响之下，不惟其道学思想表现出非既往成说所能羁绊的鲜明个性，而且他的史学思想也在对传统的错综会通之中，展示出求新的可贵历史特征。惟其如此，所以朱子为袁枢的《通鉴纪事本末》作跋，既盛赞《资治通鉴》的编年系日，誉为“伟哉书乎，自汉以来，未始有也”，同时更取袁书与先秦时代的《国语》后先比美，充分肯定其以事命篇、各成始末的创辟之功。朱熹就此写道：“其部居门目，始终离合之间，又皆曲有微意，于以错综温公之书，其亦《国语》之流矣。”
朱熹的《伊洛渊源录》，其结撰略与袁枢《通鉴纪事本末》同时。如果说袁枢在错综司马光著述的过程中，创立纪事本末体史籍，从而成就了中国古代历史编纂学纪传、编年与纪事本末三体鼎立的格局，那么朱熹的《伊洛渊源录》则是在无所依傍的情况下，以对史籍编纂传统形式的错综会通，兼容并蓄，别张一军，从而为学案体史籍的编纂开了先河。
一如前述，在中国古代，董理学术史的风气形成甚早，先秦诸子述学即已开其端倪，自司马迁著《史记》、班固著《汉书》，则规模粗具。然而结撰专门的学术史，则无疑应自朱熹《伊洛渊源录》始。朱子深厚的学术素养，使他谙熟历代史籍编纂形式的变迁。《伊洛渊源录》的以人物传记汇编形式叙述学派源流，显然导源于《史记》《汉书》以《儒林传》述学的传统。不过，倘若《伊洛渊源录》之于《史记》《汉书》，只是恪守矩矱，亦步亦趋，那么它也就失去其创辟路径的学术价值了。朱熹著述的可贵，就在于它既立足纪传体史籍的传统，同时又博采佛家诸僧传之所长，尤其是禅宗灯录体史籍假记禅师言论，以明禅法师承的编纂形式，使记行之与记言，相辅相成，浑然一体，最终开启了史籍编纂的新路。自《伊洛渊源录》出，历元、明、清诸朝，学术史著述接踵朱书，代有成编。其间，不惟有遵其旧辙，沿例而成的《伊洛渊源续录》《考亭渊源录》《洙泗源流》《心学渊源》《洛学编》《道南原委》《闽中理学源流考》《道学渊源录》等，而且还有变通旧例而成大观的众多学案体史籍。从朱熹的《伊洛渊源录》发轫，中经刘元卿的《诸儒学案》、周汝登的《圣学宗传》、孙奇逢的《理学宗传》承先启后，至黄宗羲的《明儒学案》出而徽帜高悬。再经全祖望续修《宋元学案》而加以发展，迄于民国初叶徐世昌主持纂修《清儒学案》而臻于大备。在中国历史编纂学中，终于形成源远流长的专门学术史编纂体裁——学案。
作为一部早期理学史，从梳理洛学源流的角度而言，《伊洛渊源录》无疑是一部成功的著述。然而，两宋间繁富的学术演进历史，毕竟非是洛学一家升沉所能赅括，一部早期理学史，也不是单一的洛学史所能取代。因此从这个意义上说，《伊洛渊源录》又是很不完备的史书。其中，对于两宋学术的奠基人胡瑗、孙复、石介等人的学术活动，几乎未作任何反映。而对在赵宋一代学术发展中产生过重要影响的王安石新学，司马光朔学，苏轼、苏辙蜀学，等等，《伊洛渊源录》或视作附庸而语焉不详，或屏为异己而多所贬斥，皆未有如实记录。时起时伏的党派斗争，与北宋一代相终始。沿及南宋，痼疾铸成，不可逆转。愈演愈烈的党派角逐，不惟给一时政治投下浓厚阴影，而且也严重影响了其间的学术发展。朱熹既非超凡脱俗，沉浮于党争之中，就难免成见障目，入主出奴。因而《伊洛渊源录》拘囿门户、党同伐异之见，亦在所多有。凡此种种，都是毋庸讳言的。朱熹当年于该书所说的“诚觉旷阙”，实非言不由衷的谦辞，而是一个杰出学者实事求是的反省和自责。于此，我们当然不能苛求朱子。总结北宋道学史，乃至整个一代学术史，在朱子生活的南宋初叶，条件实未成熟。《伊洛渊源录》筚路蓝缕，在这方面开了一个良好的端绪。始为之者难，继述之者易，朱子在以史昌学中所建树的开创之功，是不可磨灭的。