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与上述问题有关，如果我们在某种程度上仍须承认新儒学的形成不能抽离出佛道两教的思想氛围，那么就应当思考儒释道三教究竟存在怎样的关联？此一问题之所以重要，因为它涉及如何确定新儒学的思想特质，而并不在于确定新儒学的思想来源。例如历史上常以“阳儒阴道”或“阳儒阴佛”之说，来对宋明新儒学的思想实质进行定性，更常见的一种误解则以为宋明理学无非就是三教混合的产物。
胡适早在1919年出版的为其暴得大名的《中国哲学史大纲》（卷上）当中就断言：“中国近世哲学”历史上的“宋明的哲学，或是程朱或是陆王，表面上虽都不承认和佛家禅宗有何关系，其实没有一派不曾受印度学说的影响的”。至于这种影响的具体分析，胡适只是点到为止，他指出这种影响有“直接的”和“反动的”两种，前者是指佛教的“观心”思想直接影响了宋明哲学有关孔子“操心”、孟子“尽心”“养心”以及《大学》“正心”等问题的理解，后者是指宋明儒家攻击佛家的“出世主义”，故竭力提倡“伦理的”入世主义，成为一种“人生哲学了，这是反动的影响”（胡适，M1919，第7—8页）。这些分析尽管略显粗糙，然在当时不啻是一种闻所未闻的新观点。理学的产生源于佛学的影响或理学思想中有着浓厚的佛学阴影这类看法，自此以后在学术界产生了深远影响，至今仍然存在。
从发生学的角度看，不得不承认“刺激-回应”模式是一个较易接受的考察方式，不过它也是一个容易产生误解的认知模式。因为一方面，佛道两教在形上哲思方面的诸多新观念，新禅宗和新道教的“入世转向”以及内向精神修炼等新方法，对于新儒家有关本体论、宇宙论、心性论以及内心道德修养功夫等方面的理论重建确有一定程度的“刺激”，这一点已得到以往研究的充分论证；另一方面，正如上述，新儒家思想的原创力源自对儒学内在思想资源如汉唐经学的批判汲取以及对佛老及玄学等外部资源的批判意识，更重要者，乃是新儒家对儒家道统和文化承当的使命意识，对此如果我们视而不见，则无法对新儒学的思想特质及其理论意义给予恰当的定位。
若从总览全局的思想史视域出发，将新儒学视作宋明时代的整体思想运动，那么，如何来审视儒释道三教之间的关系，则是我们不得不面对的问题。一些常见的观点认为，佛道两教在超越的精神层面有诸多贡献，有一套形上的观念理论，而儒学在历史上则擅长世俗人伦的问题思考，未免偏于形下学的理论建构，由前者较易形成一套深刻的哲学论述，而由后者则不免沦为一套世俗伦理的道德说教而已。另有一种观点表明，佛学有关佛性遍在等超越领域的理论关怀，深刻影响了新儒家有关超越问题——例如天性、天命等问题——的探讨。因此有学者认为新儒学在诸多关键理论问题上，汲取乃至窃取了佛老的观念，导致新儒学的所谓理论建构沦为非儒非佛非道、亦儒亦佛亦道的尴尬境地。更为常见的一种批评性观点则认为，宋代以后的所谓道学，无非是“阳儒阴佛”或“阳儒阴道”，不仅缺乏思想原创力，更是严重背离了儒家原有的精神方向；入清之后，由于宋明理学遭遇到前所未有的批判，于是，朱子学被讥刺为“朱子道”，而阳明学被批评为“阳明禅”。引人注目的是，这些批评大多来自儒家阵营内部，而从佛道方面来看，却出现不少“三教一致”或“三教融合”的声音，对于新儒家反而采取了比较温和的态度（吴震，M2002，“三教合一”条）。
若单纯从学术思想史的角度看，不论是二程还是朱子、王阳明，在他们的思想发展过程中，的确存在大量的史料可以证明，这批新儒学的大家无不有过一段沉湎于佛道思想的经历，短则十余年，多则三十年。即便是理学集大成者朱子，在其思想成熟后对佛道的批判近乎口诛笔伐，然而在晚年不仅对道教养生术表现出特别的关注，撰写了一篇《调息箴》的文章，结合自己的经验，从具体的技术层面对调息功夫进行了详细的阐发，而且运用文献考据的功夫，对道教金丹道一派的圣典《周易参同契》进行了严密的文献考察，写出一部在道教史上据说是前无古人的《周易参同契注》，并且参与了另一部道教内丹术的重要经典《阴符经》的注释工作。这也难怪在清代儒者之间竟开始流传“朱子道”的说法。
至于被朱子列为孟子之后道统接续者周敦颐的“太极”宇宙论，入清之后遭人批评质疑的声音更是不绝于耳。这些学者基于道学批判的立场预设，开始寻找大量证据以便坐实周敦颐的《太极图说》是窃取道教的一篇作品。周敦颐成为众矢之的而遭到清儒的严厉批判，其产生的社会效应是十分明显的，亦即对宋明道学来一个兜底翻，以图彻底颠覆基于“太极”宇宙论的宋代新儒学所建构的新天理观。因为正是借助“太极即理”的命题，朱子才完成了在哲学上将汉代以来的气化宇宙论扭转至本体宇宙论的理论工作，而“奋力打破《太极图》”竟成为18世纪中期乾嘉考据学的核心人物戴震，准备发动对宋明道学总批判的一句思想口号。这应该不是戴震一时心血来潮的激愤之词，而是深思熟虑之后做出的决断。
晚明心学的案例似乎更清楚地表明，道学（含心学）发展到晚明时代已出现一股糅合三教的风潮，甚至有学者以为，“三教合一”足以概括心学的思想特质。坚持这一观点的学者往往以阳明的“厅堂三间之喻”为例，指出阳明的这个比喻透露出其观念深处已对三教表现出宽容乃至认同的姿态。
这个比喻出现在嘉靖二年，即阳明的晚年，按理说，此时阳明的思想已臻完全成熟的境地，年轻时代在儒释道之间彷徨徘徊的态度应当已发生根本的转变，不会再对向来被斥为异端的佛道两教保留宽宥的余地。然而事实上，阳明通过巧妙的比喻性描述，对佛道两教与儒家的关系表现出充分的理解，认为从原本意义上说，儒释道本是一家，只不过在历史上处于分居“三间厅堂”的状态而已，当然阳明并没有忘记儒家才是“一家”的主人，故位居正厅的中间地位，而佛道则分处左右两间厅堂之中。尽管如此，三教之间绝不是水火不容的敌对关系，理应保持一种正常的相互理解、和平相处的关系。但是现实的思想状态却不尽理想，儒家人物往往自设藩篱，或是拒绝认同佛道的任何学说，或是心甘情愿地将主人的位置让与佛道两教，导致儒释道三教处在一种极度混乱的状态中。（《阳明年谱》嘉靖二年条）
阳明的这个比喻在语意表达上可能并不十分周延，但仍然引发了阳明思想圈内多数人的赞赏。例如阳明大弟子王畿便表示充分认同，他认为只要坚定自己的儒家立场——如充分信赖自己的良知，就自然不用担心儒家的地位会被佛道取而代之，因为良知具有“范围三教”的绝对力量。另一方面，阳明的比喻也遭到不少学者的质疑，如阳明的挚友湛甘泉就指出此喻失当，其结果有可能使儒家地位陷于岌岌可危的境地，东林党人等心学批评者如顾宪成，更是指责阳明对佛道可能危害社会人伦认识不足，其三教宽容的态度导致心学末流纷纷趋向异端，使得佛道学说乘隙而入，严重损害了儒学的纯粹性。
如何认识和理解儒释道之间的关系，的确是研究宋明理学不得不面对的问题。事实上，如果我们拓宽哲学史的视野，从理论上去判别唐宋以来已构成中国传统文化三足鼎立之势的儒释道思想发展的普遍趋势，我们就会发现，尽管从唐宋以来（特别是11世纪以降），以新儒学为代表的儒家文化处在中心位置，但总的来看，儒家敢于正面应对佛道思想的冲击，承认并汲取佛道思想的某些重要智慧，是中国传统文化发展到新儒学阶段不可避免的新趋势。
若要分析其原因，其实很简单，因为儒释道共同构成了中国哲学的重要智慧。新儒家对佛道两教偏向“出世”或“遁世”的思想取向固然无法表示赞同，但是中国化之后的新佛教特别是禅宗思想和新道教在诸多重要哲学问题方面的理论创发，对新儒学的“思想突破”无疑具有一定的助推作用。
这里，我们以“体用论”为例来作进一步的说明。“体用论”是重要的哲学思辨方式，但它并不是儒家的原创，其“发明权”属于佛教。自程颐发出“ 体用一源，显微无间 ”一语以来，人们大多以为这是新儒家的一项重要的思想创造，甚至是新儒学在哲学上最重要的一大发明，程颐的弟子甚至称赞其为泄露了“天机”之一大奥秘。
但是平心而论，对于魏晋以降的佛教东传史稍有了解，便可发现在哲学意义上，明确提出“体用论”者无疑是佛教。所谓“体用”，概指实体与作用、本体与现象的对立关系，作为这一理论的典型案例是六朝时的梁武帝（502—549年在位）在《立神明成佛义记》（《弘明集》卷九）中的一段记述：“无明体上，有生有灭，生灭是其异用，无明心义不改”，对此段表述，相传梁武帝的臣下进行了重要的注释：“既有其体，便有其用。 语用非体，论体非用 。用有兴废，体无生灭。…… 夫体之与用，不离不即 。”这应当是在哲学上明确地将体用作为一组相对的概念揭示出来的一个案例。程颐所说的“体用一源”，以及新儒家有关体用的论述，大致未能越出体用者“不离不即”这一思维框架。
故在明代心学思潮兴起之后，大多数心学家都能认同这样一种观念：即承认儒家有儒之体用，佛教有佛之体用，道教有道之体用。因为在理论上，这个世界不可能存在有体而无用或有用而无体的现象。对此有清楚的认识和思辨，并从一元论角度来重新阐明这个世界，对于新儒学的理论建构及思想发展具有重要的意义。岛田虔次曾明确指出，在唐代以前，在儒教文献或儒家以外的其他本土文献中，并不存在以上有关体用论的思想记录（岛田虔次，M1986，第5页）。对此，我们没有理由表示怀疑。相反，我们不得不承认，在体用论问题上，佛教的理论思辨对于新儒家是有影响的。由此可见，宋代新儒学的复兴运动如果没有唐代佛教或道教的存在，反而会变得不可思议。
诚然，在人类精神史上，不同理论学说彼此交错、互相批判、融会沟通，乃是一种常见现象，但我们必须严肃地指出，无论佛道对新儒家有多么大的所谓“影响”或“刺激”，归根结底，新儒学之所以为“新”，取决于新儒学对先秦儒学的创造性发展。至此，我们可以得出三点初步结论：
第一，新儒家的儒学复兴运动有其理论发展的内在因素，这是由儒学自身理论发展需求所决定的，而不能以佛道的单方面影响来覆盖宋明新儒学的整体思想格局；
第二，新儒学在重整儒家学说之际，对佛道思想某些重要智慧的汲取在哲学史上是“合法”的，而不能因此误以为新儒家的思想本质已沦为佛道，新儒学正是在批判性地融会佛老思想的基础上，保持了儒学的发展性；
第三，新儒家对佛道思想的汲取绝不是原封不动地照搬照抄，而是通过对佛道概念或学说的借用，加以创造性的诠释，融化为儒学的新思想，这是宋明理学得以保持其独特性和生命力的根本原因。
总之，儒家思想的理论发展是新儒学生命力之表征，新儒学的独特性则构成了儒家文化有别于佛老思想的特质，而新儒学能成为近世中国传统文化之主流的重要根源也正在于此。