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传统研究在整个20世纪的成长历史，可以被视为实证精神取得合法地位并进而超越其有效范围被滥用为普适性原则的历史。此种实证精神的根柢在于乾嘉传统与近世科学精神的结合。
实证研究首先是一种特殊的提问方式，它把所有问题的表述都化约为：“什么是历史上真实的情形”，或者，“在历史上究竟发生了些什么”？历史“真相”是否存在，以及，即使真的有所谓历史“真相”，我们的研究工具的固有限制，是否从根本上决定了我们注定与这些“自在之物”无缘？此类思考，已经像一切“普及”的思想一样，经过晾晒脱水而成为格言式的思想碎片，在人们的内心深处潜移默化。而另一方面，在实际的研究中，以“事实上”“实际上”之类的词语起承转合的行文方式，却又成为人们习焉不察的写作惯习，并从根柢里透露出实证精神的深刻影响。简单地否定我们求得历史真相的可能性，与不加反省地将探求历史真相作为学术工作的全部，这两种倾向都深刻地呈示出当下学术界批判精神的丧失。批判从来不是简单地破坏和否定，而是一种约束和限制。它的目标是指向那些僭越的力量，那些超越其有效范围而滥用权威的力量，而界定的结果不是消灭它们，而是让它们在其有效的范围内更好地发挥作用。
作为一种特殊的提问方式，实证研究显然有其潜在的前提和预设。这些前提和预设，至少可以分析如下：其一，有所谓历史“真相”，而且这一“真相”是唯一的；其二，我们的研究工具有足够的效力，足以让这一“真相”朗现出来。这两个前提几乎总是在未加反省和批判之前就已经被理所当然地接受下来。此种情形在具体的学术研究中体现为对材料的信仰甚至崇拜，人们似乎总以为只要材料足够丰富，就可以完整地把握住历史的全部真相。结果，每一次新材料的发现，总能给学术界带来泡沫般的繁荣，带来各种各样学术的狂欢。此种倾向中隐藏着的问题并不难发现，我们只要回顾一下我们的当代史，就会明白，材料的极大丰富，并不意味着真相的朗现和呈露。我们了解最少的，往往正是当下正在发生的一切。这显然并不是因为我们无法看到“全部资料”。首先，“全部资料”本身就是一个未经批判的虚构；其次，虽然更多地接触关于同一事件的不同描述，会丰富我们对该事件的了解，但此种效力仍有一个限度，即材料的极大丰富并不会无穷尽地增进我们对某一事件的认识；最后，各种资料的来源都有其固有的立场，要想在这些相互抵牾的资料中“辨认”出所谓真相，仍需要某种出于个人立场的构造。
即使我们可以全无障碍地接受实证研究既有的前提和预设，我们也仍有必要对下面这个问题作一点起码的讨论：通过实证研究，我们在理论上可以得到哪些确定不移的知识？以历史研究为例。首先，如果载记完备，我们可以确定一些最为基本的事实，或者说“原子式”的事实，例如某人卒于某年，在某年某地发生了一场战争等。这些“原子式”的事实，与某些自明之理相连，可以产生出一些与此相关的确定性的知识，如既然某人卒于某年，而人死后不能复生，所以，我们可以确定他不可能知道这一年以后的所有事件，也可以确知他不可能为此后发生的事件承担直接的责任。然而，这种确定性总是否定性的，即通过这个事实，我们只能确定哪些情形不可能发生，而无法确认这个事实必然引生的结果。如果历史研究只是以确定这些基本的事实为目的，那么，我们的历史写作就只能如《春秋》那样，将一条条基本事实罗列起来，而且，还要做得比《春秋》更彻底些，因为《春秋》的记载中已经包含价值判断，并在这种价值判断之下隐含了某一基本事实与其他事实的联系，如说“某某弑君”，“弑”这个词就表明了某某作为臣子的身份。很显然，“原子式”的事实无法构成意义，意义是在事实与事实之间的关系中建立的。而一旦涉及事实与事实之间的关系，实证方法就已经失去了其既有的纯粹性。将不同的事实联系在一起，会产生截然不同的意义。如果我们将秦桧杀害岳飞作为一个基本事实，随着我们将不同的事实与此一事件联系起来，该事件将呈显出迥然不同的意义。我们关联的是岳飞作为抗金将领这一事实，还是将其与当时将领相对独立的节制权对南宋偏安朝廷的威胁联系起来，这一事件的性质是全然异样的。事实间联系的无限多样的可能性，使得我们完全可以就某一个孤立的事实构造出意义迥异的事实系列。而且，只要我们试图在某一基本事实之外建立起与其他事实之间的联系，我们就已经在实证研究的方法和目标之外附加了一些别的东西（如价值判断），而这些附加的东西则为建构起来的关系确定了基本的底色和基调。我们所谓的实证性的历史研究，从来都未曾将自己严格限制在对“原子式”的事实的确认上，而总是在尝试建构事实之间各种各样可能的关联。在这种意义上，实证研究一直承担着某些“超负荷”的任务。这当然并不简单地意味着在此种意义上的实证研究便完全失去了它的有效性，但是至少我们应该看到其中蕴藏着的危险。如果我们对此全无警觉，而是固执地认为我们是在一种无偏见的超然立场上使用实证研究的手段，甚至进而以为，只有这样才是所谓的“纯学术”，那么，这种潜在的危险就极有可能转变成真正的危害了。
既然学术研究总是不可避免地要探寻事实之间的关联，那也就意味着我们总要在实证研究的有效界限之外对它进行过度的使用，或者我们总是在实证方法之上又附加了别的方法，那么，为什么我们又总是倾向于将我们的研究方法化约为一种实证的姿态呢？而且，为什么即使是已经认识到了实证研究的限度的人，也往往无法超越对实证精神的诉求呢？这里隐含着一个简单的根由，即事实或者真相作为学术研究的正当性的来源，具有某种自明性。也就是说，当我们的研究被认为揭示了某一事实或真相时，我们的研究也就获得了最大的有效性和正当性。相反，批评或反驳他人的研究时，最有效的方式无疑是指出对方的研究违背或歪曲了事实真相。这里，事实仿佛成了人生存和思考的前提，在一切考虑中占据了最为优先的地位。然而，只要我们稍加思考，我们便会对这种自明性和优先性心存疑虑。在我们曾经的历史中，事实曾经“朗现”在生活中吗？在事实的光辉缺失的日子里，我们真的就生活在无尽无边的暗夜中了吗？“事实上”，我们难道不是一向都生活在这样那样的谎言之中吗？而指引我们行动的，难道不一直是我们“认为”或“相信”的所谓的“事实”吗？在存在的暗幕上，我们的疑问和挣扎偶然碰撞出的些许微光，竟成了指引我们前行的“真理”。既然唯一的事实或真相从来都不曾朗现，甚或是否存在这样一个唯一的真相还始终是一个未知数，那么，“事实”或“真相”岂不是与“上帝”的悬设一样虚幻？不加反省地接受事实或真相的预设，实质上也就意味着对事实或真相的信仰和崇拜，而以此为根基的学术研究因而也就变成了以这种信仰和崇拜为核心的宗教。而且，如同众多历史上出现过的宗教一样，学者成了垄断祭典和教义解释权的祭司，向大众宣谕着“事实”和“真相”的教化。在这个意义上，学者对学术研究中的“事实”的强调，实际上具有了某种权力策略的意味——“事实”和“真相”是正确判断的唯一来源，而获得“事实”和“真相”的途径则掌握在一个受过长期专门训练的人群手中。
于是，在我们眼前出现了一个悖谬的景象：“真相”是一个超越的神，环绕在它周围的是不计其数的僭位的偶像；“真相”同时又是一个真正意义上的黑洞，它巨大的引力使得没有任何光亮能从中逃逸而出，任何企图窥见它哪怕是最虚幻的影像的努力，都将只是徒劳。唯一的希望是：当我们用血肉之躯撞向它时，借着碰撞产生的刹那的微光，我们照见了所有僭位的偶像作为凡俗的被造物的本质。也就是说，作为一个“真相”的信徒，只有当我们用自己的生命来献祭的时候，我们才有可能获得这位超越的尊神的“恩宠”而最终得救。只有在这种意义上，实证研究才有了某种终极的意味：我们的实证研究并不只是为了在“真相”周围再添加另一个僭位的泥塑金身，而是在一种不懈地追问和质疑中，在自身对“真相”的献祭中，击碎围在“真相”四周的各种装扮而成的神的幻相。这个意义上的实证研究不仅与我们的个体自由直接相联，甚至可以说是构成个体自由的一种实存的形式。而相反，一旦我们开始自以为发现了某种终极的“真相”时，我们也就已经沦为众多僭位的偶像中的一位了，而我们虔诚的献祭也因而蜕变成为对神的冒渎。这样的姿态，表面上看是要将人神圣化为超越的神尊，从而提升人的尊严，实际上却是通过消解作为永恒的质疑者和追问者的人的使命，消解了人的自由。此时，作为一种知识生产的实证研究与它所生产的知识之间构成了一种简单的否定关系，即知识的出现总是意味着生产活动的终结和“死亡”，因而也就意味着知识生产主体的终结和“死亡”。
作为一种特定的知识生产方式或者知识生产的一个特定阶段，实证研究无论如何都是不可或缺的。然而，我们必须在一种新的意义上理解实证研究，才有可能使其保有健康的生命力。在这种意义上，实证精神是批判性的，这种批判精神既指向批判对象，同时又指向自身。一项具体的实证研究，总是意味着对某种既有知识的限制和否定，而它在限制和否定的过程中提供的新知识，则成为新的批判和质疑的起点，并最终指向对自身的否定。在对待实证研究的问题上，我们必须对下述两种倾向保持警觉：一种是我们上面谈过的人僭位为神的倾向；另一种则是因悲观而放弃对学术的执着的倾向，在这里，放任替代了进取，游戏替代了审慎，人背弃了自己的使命，从而沦为一种纯被动的、物化的存在。上述两种倾向，在根本上与知识品格的堕落紧密相连、互为因果。