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这样就出现了笛卡尔。他生活的年代是1596年到1650年，对应我们中国的明末清初。他本人是一位伟大的数学家。之前我讲过，西方哲学从数学中得到了莫大的提示，甚至是直接的激发。笛卡尔是一个很典型的例子。他旨在改变大局，也就是西方哲学中这种公说公有理、婆说婆有理的徘徊局面，想找到一种完全确定的、排除了一切变化可能的、根本无法再怀疑的知识。“只把那些十分清楚明白地呈现在我的心智之前，使我根本无法怀疑的东西放进我的判断之中。”（《选读上》，第364页）就像几何学一样，人们把确定的直观知识当作公理，然后凭借逻辑往下推，那么得到的知识就像数学一样确定无疑，从而避免了以往哲学中出现的一切毛病，让哲学变成一门严格的科学。他为自己规定的做法就是，“从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点上升到对复杂的对象的认识”（同上）。这可以被视为是他的方法论纲领。
这样，笛卡尔就要从“怀疑一切”开始，因为既然要达到无可怀疑的那个起点，就先要做一次怀疑一切的努力，让自己的思想经历最彻底的怀疑论的折磨与考验，以便赤地新立，找到不夹带一切前提的原点。他说了这样一句有名的话：“必须在我的一生中有一次严肃地把我从前接受到心中的一切意见一齐去掉，重新开始，从根本做起。”（同上书，第366页）这在西方近代哲学中被认为是极为必要的，而它是在所谓“笛卡尔式的沉思”中实现的。东方哲学家特别爱做沉思，但笛卡尔式的沉思很不同，在他的沉思中更多的是思想实验与判断。
这样笛卡尔就怀疑了他能怀疑的一切，只要是 能够 被怀疑的东西，通通不可用，必须做得极彻底。据说笛卡尔出身贵族，身体不太好，身为一个法国人却跑到荷兰、巴伐利亚去当兵，以便到处旅行。冬天就在一个壁炉边上坐着沉思，甚至做了奇怪的梦，促成了他的新思想。那么他是如何把我们平时相信的东西通过怀疑一层一层剥离掉，最后只剩下不可被怀疑的东西呢? 首先被剥离的是感觉得到的东西。在西方传统视野里，这当然是最可以被怀疑的了。感官知觉的东西就如同幻影一样，它只是人同外部的东西达成的协议。由于达成协议的角度不同（比如从左看变为从右看，就是角度不同），对同一个东西所达成的协议就可能不一样。因此，感官知识不可用。其次，常识也能被怀疑。比如别人的存在，我右手的存在，也是可以被怀疑的，因为我们有可能是在做梦。我们在梦中见到的东西，跟醒时见到的东西是一样的。我们焉知此刻自己不是在做梦? 这里便有了“庄周梦蝶”的味道在其中。当思考得很彻底的时候，东西方哲人有时候就能走到一起。再往下怀疑，就要怀疑到物体乃至关于物体的科学，比如物体的存在及其运动的方式。再往后，你说数学总归不可怀疑了吧? 但笛卡尔说，不，数学也是能够被怀疑的。不管我睡着也好，醒着也好，2+3总等于5吧。但是他说这也可以被怀疑。因为你可以设想一个恶意的精灵，他总是想跟人们开玩笑。每次我们在计算的时候，这个精灵有能力让我们感觉到结果是5，但实际上不是5。这从逻辑上是可能的。所以数学知识，比如2+3=5，也不能作为我们知识的绝对起点。它具有很高的或然性，但不是绝对不可变的。从这里可以看到，他的沉思非常彻底，其怀疑的力度震撼人心，使他最终成为近代西方哲学之父。
一个人一生中不进行一次或者多次这样怀疑一切的努力，就不配做一个在认识论上的哲学家。对于笛卡尔而言，可以被怀疑的知识，就是对于我这个怀疑者而言可能发生改变的知识，这些都要被排除掉。但他并没有陷入绝望，最终还是发现了一个无可怀疑、不可能更确定的知识出发点，就是“我在思考”或者“我在思想”。无论你怎么怀疑，你的怀疑本身也是一种思考，你对它的怀疑本身就是对它的肯定。所以“我在思想”这一点，比数学知识2+3=5还要确定，还要根本，这里不可能出错，因为它是自我加强的。这就是笛卡尔迈出的关键一步，诉诸人的直接经验（虽然还只是思想经验），而不像柏拉图那样预设理式来获得确定性。
他接下来的一步是，从“我在思考”这一无法被否认的确定知识推论出“我是一个在思考着的实体”。于是得到这个著名的命题：“ I think， therefore I am. ”被翻译为“我思想，所以我存在”（《选读上》，第369页），通常被人简述为“我思故我在”，拉丁文是“ Cogito， ergo sum”。他认为这是一个永远不会出错的真命题，可以作为全部认识论的出发点。但是其中也有破绽，被后来的哲学家特别是现象学家指出。比如说如何从“我在思考”推出“我是一个思考的实体性存在”，这里面就有跳跃，可以有别的解释。 “（我）在思考”这个现象是无法怀疑的，是某种原点，但问题是这个原点对我们认识世界有什么帮助? 没错，你是得到了一个确定点，就像说“黄金是黄色的”所具有的确定性一样，但它是完全自锁的，你出不去，你被困在了自己的思想中。你这样思想的东西也有可能是虚幻和妄念，这对于认识真实有什么帮助呢? 笛卡尔当然明白这一点，所以他首先把思想者等同于一个实体。但即便承认有这个实体，它还是被孤立于思想之中。问题在于如何达到对于世界的认识。于是他发现自己需要一个至高无上的上帝来帮助他。但是哲学家不能轻易把上帝拿来用于哲学思考，否则他就不是一个哲学家而是一个信仰者了。
对于笛卡尔，他首先要从理性上证明这个上帝一定是存在的。为什么存在? 还是要依靠我的思想，也就是要从“我在思考”中得到上帝存在的证明。可怎么证明呢? 他的基本思路是这样：在我的思想中，我总能想到一些东西比另外一些东西更加完满。比如认识比怀疑更加完满，吃得饱比挨饿更加完满，听音乐比挨打更加完满，你总能想象乃至感受到一个更完满的状态。问题在于我是从哪里得到的这个更完满的状态，尤其是比我本身更完满的状态呢? 人绝对是不完满的，他无法创造出一个比他自身更加完满者的观念（不完满者只能出于比它更完满者，而不是反过来，这是中世纪神学的通则）。所以一个更完满的乃至最完满的观念，一定是一个更完满者乃至最完满者放入我心里的。而这个最完满者只能是上帝。因此上帝必定存在。大家想想这个论证有没有道理? 如果这个上帝不存在，那我们心中就不可能出现一个最完满者的观念。但我们的确可以设想一个最为完满者的观念，那么这个观念一定是来自至高无上的上帝。这是一种认识论意义上的证明，不同于本体论意义的上帝存在证明。本体论证明是说，上帝是一个无与伦比的完满存在者，因此它就不能只在你脑子里存在，而必须同时在现实中也存在，因为同时在现实中与脑子里存在就比只在脑子里存在更为完满，所以上帝必定在任何意义上都存在，否则它就不是一个无与伦比者。
既然上帝存在得到了证明，那么，从我的清晰思想到现实的世界，其认识关系就上了保险，因为上帝就是这个“保险公司”的总裁。上帝既然是完满的，它就绝不会骗我（《选读上》，第377页），因此在我心中一切清楚自明的观念，就一定是真的。因为我自己无法达到这些观念，它们必定是上帝放到我心中的。关于这个世界，我的确能形成一些清楚明白的观念，比如关于物质广延的长宽高，这个东西一定有一个体积在这里，这一点是确切无疑的。这个观念的自明性由上帝的存在来保证，否则它就可以被怀疑。笛卡尔说：“我清楚地想像到哲学家们一般称为‘连续量’的那种量，或者有长宽高的广延……这些东西的真理性表现得非常明显，……我发现我的心里有无数个关于一定事物的观念，这些观念我们不能认为是纯粹的虚无，……[因为它们]不是我杜撰出来的，……凡是我清楚明白地认识到的都是真的。” （同上书，第380—381页）在他证明上帝之前，这些都不可能被最终断定，或者说被他的“怀疑一切”悬置了，但是现在都可用了。这是笛卡尔的大体论证思路。
因此，在笛卡尔看来，世界上有两种实体，一种就是“我作为一种思想实体”的存在，另一种就是通过上帝而得到保证的“物质实体”的存在。当然，第一种实体有更高的确定性。由此笛卡尔被视为近代哲学的创立者。由他开始，唯心论与唯物论的争论就有了一个新的支点。因为他的学说里包含了两种实体，而这两种实体之间有什么关系立马就成为一个新问题，是这个实体决定另一个实体还是被另一个实体决定等。唯心论与唯物论之争，在古希腊与中世纪的哲学中并不是一个主要的问题。
由此可见，近代西方哲学通过怀疑反思的方式找到了新的存在论的实体，就是 主体 ——作为思考者的“我”，这在古希腊哲学中是不曾见到的。它从哲学上呼应了当时的时代精神，就是对“人”的突出，对宗教全面统治学术与生活的一种反抗。但是，它的基本思想同古希腊的唯理论是一脉相承的，都是要在终极处消灭变化，达到认识者与被认识者的静态统一乃至互锁。可是这样一来，就消灭了认识的可能。之前讲过，认识主要是认识者与被认识者之间的一种变化关系。“学习悖论”就揭示了唯理论的思路无法进入这个变化的尴尬。按照巴门尼德与芝诺，终极实在之处是没有变化的，所以他们以及那些还带有这种思想品质的哲学，就都无法回应“学习悖论”。后来许多学说实际上都是“回忆说”——对于学习悖论的不成功回答——的变体。到了笛卡尔，他旨在更为彻底地消灭这个变化，而不是从正面回应这个变化是如何可能的，所以仍然还在走这条老路。而到了黑格尔之后的当代哲学，情况就不一样了。这种哲学的一个特点就是要正面回应类似“学习悖论”的问题，把以前的夹带之风更为彻底地扫除掉。由于“新酒”（我思）还是装在“旧瓶”（我的实体性存在）里，笛卡尔找到的是一个绝对自立自锁的我，一个绝对的孤立点。因此他的终极实在观实际上是巴门尼德与芝诺的一个近代版本，还需要上帝的帮助来突破他的理论困境。