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美容医疗机构主要以有限责任公司、股份有限公司的组织机构形式进行设立，名称通常为“某医疗美容医院有限公司”“某医疗美容医院股份有限公司”“某医疗美容门诊部有限公司”“某医疗美容诊所有限公司”等，设立该性质的美容医疗机构往往需要经过卫生健康主管部门、市场监督管理部门等批准。另外，设立企业性质的美容医疗机构如有限合伙企业、普通合伙企业等需要参照《公司法》《合伙企业法》等有关规定办理。
可以开展医疗美容服务的机构根据其性质可以分为事业单位、企业法人、社会团体以及在医疗机构内部设立科、室等。事业单位、社会团体性质的医疗美容服务机构设立时间均较早，数量较少，且已基本转为企业法人，讨论其设立流程意义不大，而在医疗机构内部设立科、室，是在已经具备相应主体资格的情况下开展业务，亦不具有典型意义，故不在本节讨论的范围内。
设立医疗美容类有限责任公司、股份有限公司需经卫生健康主管部门和市场监督管理部门的审批或备案，取得《医疗机构执业许可证》《营业执照》等后才可实施相应的医疗美容服务。设立医疗美容类有限责任公司、股份有限公司需由设立人提出申请，卫生健康主管部门依法受理后进行审查，对于材料齐全、符合法定形式、法律法规要求的，作出决定后在法定期限内进行送达；设立医疗美容诊所的，按照国务院卫生健康主管部门的规定，向所在地的县级人民政府卫生健康主管部门备案后可以执业。
根据《医疗美容服务管理办法》规定，申请设立美容医疗机构或医疗机构设置医疗美容科室必须同时具备下列条件：（1）具有承担民事责任的能力；（2）有明确的医疗美容诊疗服务范围；（3）符合《医疗机构基本标准（试行）》；（4）省级以上人民政府卫生健康主管部门规定的其他条件。
1.受理条件
申请材料齐全，符合法定形式，通常需要具备以下条件：
（1）有医疗机构设置批准书或者《设置医疗机构备案回执》；
（2）符合医疗机构的基本标准；
（3）有适合的名称、组织机构和场所；
（4）有与其开展的业务相适应的经费、设施、设备和专业卫生技术人员；
（5）有相应的规章制度；
（6）能独立承担民事责任。
2.不得申请设置医疗机构的情况
有下列情形之一的，不得申请设置医疗机构：
（1）不能独立承担民事责任的单位；
（2）正在服刑或者不具有完全民事行为能力的个人；
（3）发生二级以上医疗事故未满五年的医务人员；
（4）因违反有关法律、法规和规章，已被吊销执业证书的医务人员；
（5）被吊销及吊扣《医疗机构执业许可证》的医疗机构法定代表人或者主要负责人。
有上述第（2）、（3）、（4）、（5）项所列情形之一者，不得充任医疗机构的法定代表人或者主要负责人。
3.申请材料目录
（1）设置医疗机构申请书；
（2）设置可行性研究报告；
（3）医疗机构房屋土地使用凭证；
（4）设置单位或设置人符合申请条件的声明；
（5）选址报告和建筑设计平面图；
（6）共同申请设置医疗机构协议书（由两个以上法人或组织共同申请设置医疗机构以及两人以上合伙设置医疗机构的提交）；
（7）《设置医疗机构审核意见表》；
（8）设置人身份证明；
（9）受理机关需要提供的其他材料。
4.办理流程
外资美容医疗机构的设置与发展必须符合当地区域卫生规划和医疗机构设置规划，并执行原卫生部制定的《医疗机构基本标准（试行）》。根据设立的美容医疗机构的性质，中外合资，合作医疗机构，香港和澳门特别行政区服务提供者在内地设立独资医疗美容医院，台湾地区服务提供者在大陆设立独资医疗美容医院的，应同时依据《中外合资、合作医疗机构管理暂行办法》第6—17条、《香港和澳门服务提供者在内地设立独资医院管理暂行办法》第11—22条、《台湾服务提供者在大陆设立独资医院管理暂行办法》第11—22条的有关规定办理。
1.受理条件
根据我国《公司法》规定，设立有限责任公司，应当具备下列条件：
（1）股东符合法定人数；
（2）有符合公司章程规定的全体股东认缴的出资额；
（3）股东共同制定公司章程；
（4）有公司名称，建立符合有限责任公司要求的组织机构；
（5）有公司住所。
设立股份有限公司，应当具备下列条件：
（1）发起人符合法定人数；
（2）有符合公司章程规定的全体发起人认购的股本总额或者募集的实收股本总额；
（3）股份发行、筹办事项符合法律规定；
（4）发起人制定公司章程，采用募集方式设立的经创立大会通过；
（5）有公司名称，建立符合股份有限公司要求的组织机构；
（6）有公司住所。
2.申请材料目录
（1）内资公司设立登记申请书；
（2）公司章程；
（3）股东资格证件；
（4）法定代表人、董事、监事和经理的任职文件；
（5）《住所使用证明》；
（6）许可项目审批文件；
（7）《补充信息登记表》。
3.办理流程
涉及外资的，除依据《市场主体登记管理条例》进行登记外，还应同时依据《外商投资法》的有关规定办理。
《医疗机构管理条例》
第九条 单位或者个人设置医疗机构，按照国务院的规定应当办理设置医疗机构批准书的，应当经县级以上地方人民政府卫生行政部门审查批准，并取得设置医疗机构批准书。
第十一条 单位或者个人设置医疗机构，应当按照以下规定提出设置申请：
（一）不设床位或者床位不满100张的医疗机构，向所在地的县级人民政府卫生行政部门申请；
（二）床位在100张以上的医疗机构和专科医院按照省级人民政府卫生行政部门的规定申请。
第十四条 医疗机构执业，必须进行登记，领取《医疗机构执业许可证》；诊所按照国务院卫生行政部门的规定向所在地的县级人民政府卫生行政部门备案后，可以执业。
第十六条 医疗机构的执业登记，由批准其设置的人民政府卫生行政部门办理；不需要办理设置医疗机构批准书的医疗机构的执业登记，由所在地的县级以上地方人民政府卫生行政部门办理。
按照本条例第十三条规定设置的医疗机构的执业登记，由所在地的省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门办理。
机关、企业和事业单位设置的为内部职工服务的门诊部、卫生所（室）、诊所的执业登记或者备案，由所在地的县级人民政府卫生行政部门办理。
第五十二条 外国人在中华人民共和国境内开设医疗机构及香港、澳门、台湾居民在内地开设医疗机构的管理办法，由国务院卫生行政部门另行制定。
《医疗机构管理条例实施细则》
第四条 卫生防疫、国境卫生检疫、医学科研和教学等机构在本机构业务范围之外开展诊疗活动以及美容服务机构开展医疗美容业务的，必须依据条例及本细则，申请设置相应类别的医疗机构。
第十条 医疗机构不分类别、所有制形式、隶属关系、服务对象，其设置必须符合当地《医疗机构设置规划》。
第十二条 有下列情形之一的，不得申请设置医疗机构：
（一）不能独立承担民事责任的单位；
（二）正在服刑或者不具有完全民事行为能力的个人；
（三）发生二级以上医疗事故未满五年的医务人员；
（四）因违反有关法律、法规和规章，已被吊销执业证书的医务人员；
（五）被吊销《医疗机构执业许可证》的医疗机构法定代表人或者主要负责人；
（六）省、自治区、直辖市政府卫生计生行政部门规定的其他情形。
有前款第（二）、（三）、（四）、（五）项所列情形之一者，不得充任医疗机构的法定代表人或者主要负责人。
第十三条 在城市设置诊所的个人，必须同时具备下列条件：
（一）经医师执业技术考核合格，取得《医师执业证书》；
（二）取得《医师执业证书》或者医师职称后，从事五年以上同一专业的临床工作；
（三）省、自治区、直辖市卫生计生行政部门规定的其他条件。
医师执业技术标准另行制定。
在乡镇和村设置诊所的个人的条件，由省、自治区、直辖市卫生计生行政部门规定。
第十七条 由两个以上法人或者其他组织共同申请设置医疗机构以及由两人以上合伙申请设置医疗机构的，除提交可行性研究报告和选址报告外，还必须提交由各方共同签署的协议书。
第二十条 县级以上地方卫生计生行政部门依据当地《医疗机构设置规划》及本细则审查和批准医疗机构的设置。
申请设置医疗机构有下列情形之一的，不予批准：
（一）不符合当地《医疗机构设置规划》；
（二）设置人不符合规定的条件；
（三）不能提供满足投资总额的资信证明；
（四）投资总额不能满足各项预算开支；
（五）医疗机构选址不合理；
（六）污水、污物、粪便处理方案不合理；
（七）省、自治区、直辖市卫生计生行政部门规定的其他情形。
第二十六条 登记机关在受理医疗机构执业登记申请后，应当按照条例第十六条规定的条件和条例第十九条规定的时限进行审查和实地考察、核实，并对有关执业人员进行消毒、隔离和无菌操作等基本知识和技能的现场抽查考核。经审核合格的，发给《医疗机构执业许可证》；审核不合格的，将审核结果和不予批准的理由以书面形式通知申请人。
《医疗机构执业许可证》及其副本由国家卫生计生委统一印制。
条例第十九条规定的执业登记申请的受理时间，自申请人提供条例和本细则规定的全部材料之日算起。
第二十七条 申请医疗机构执业登记有下列情形之一的，不予登记：
（一）不符合《设置医疗机构批准书》核准的事项；
（二）不符合《医疗机构基本标准》；
（三）投资不到位；
（四）医疗机构用房不能满足诊疗服务功能；
（五）通讯、供电、上下水道等公共设施不能满足医疗机构正常运转；
（六）医疗机构规章制度不符合要求；
（七）消毒、隔离和无菌操作等基本知识和技能的现场抽查考核不合格；
（八）省、自治区、直辖市卫生计生行政部门规定的其他情形。
《医疗美容服务管理办法》
第五条 申请举办美容医疗机构或医疗机构设置医疗美容科室必须同时具备下列条件：
（一）具有承担民事责任的能力；
（二）有明确的医疗美容诊疗服务范围；
（三）符合《医疗机构基本标准（试行）》；
（四）省级以上人民政府卫生行政部门规定的其他条件。
第六条 申请举办美容医疗机构的单位或者个人，应按照本办法以及《医疗机构管理条例》和《医疗机构管理条例实施细则》的有关规定办理设置审批和登记注册手续。
卫生行政部门自收到合格申办材料之日起30日内作出批准或不予批准的决定，并书面答复申办者。
《中外合资、合作医疗机构管理暂行办法》
第十条 设置中外合资、合作医疗机构，应先向所在地设区的市级卫生行政部门提出申请，并提交以下材料：
（一）设置医疗机构申请书；
（二）合资、合作双方法人代表签署的项目建议书及中外合资、合作医疗机构设置可行性研究报告；
（三）合资、合作双方各自的注册登记证明（复印件）、法定代表人身份证明（复印件）和银行资信证明；
（四）国有资产管理部门对拟投入国有资产的评估报告确认文件。
设区的市级卫生行政部门对申请人提交的材料进行初审，并根据区域卫生规划和医疗机构设置规划提出初审意见，并与申请材料、当地区域卫生规划和医疗机构设置规划一起报所在地省级卫生行政部门审核。
第十一条 省级卫生行政部门对申请材料及设区的市级卫生行政部门初审意见进行审核后报卫生部审批。
报请审批，需由省级卫生行政部门向卫生部提交以下材料：
（一）申请人设置申请材料；
（二）设置地设区的市级人民政府批准发布实施的《医疗机构设置规划》及设置地设区的市级和省级卫生行政部门关于拟设置中外合资、合作医疗机构是否符合当地区域卫生规划和医疗机构设置规划的审核意见；
（三）省级卫生行政管理部门关于设置该中外合资、合作医疗机构的审核意见，其中包括对拟设置中外合资、合作医疗机构的名称、选址、规模（床位、牙椅）、诊疗科目和经营期限等的意见；
（四）法律、法规和卫生部规定的其他材料。
卫生部应当自受理之日起45个工作日内，作出批准或者不批准的书面决定。